[發(fā)明專利]一種與雞生長肉用性狀相關(guān)的SNP及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201811207111.4
• 申請日: 2018-10-17
• 公開（公告）號: CN109207609B
• 公開（公告）日: 2022-03-22
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 岳孝亭;林樹茂;劉咸;劉承鑫;許嘉慧;楊昌盛
• 申請（專利權(quán)）人: 佛山科學(xué)技術(shù)學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 廣州嘉權(quán)專利商標(biāo)事務(wù)所有限公司 44205
• 代理人: 王國標(biāo)

本發(fā)明公開了一種與雞生長肉用性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其在育種中的應(yīng)用，其所述SNP分子標(biāo)記對應(yīng)于雞let?7b前體區(qū)基因序列中的突變位點(diǎn)g.678 TC，該SNP位點(diǎn)的基因型為TT、TC和CC。本發(fā)明的SNP分子標(biāo)記，即雞let?7b前體區(qū)基因序列中的突變位點(diǎn)g.678 TC與雞屠體性狀、肉質(zhì)性狀和體尺性狀相關(guān)，是一個新的分子標(biāo)記，通過確定該雞SNP位點(diǎn)的基因型對雞屠體性狀、肉質(zhì)性狀和體尺性狀進(jìn)行早期選擇，可以節(jié)省生產(chǎn)成本并加快遺傳進(jìn)展，更好地應(yīng)用于雞的育種中，具有很大的經(jīng)濟(jì)應(yīng)用價值和科研價值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因檢測技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及一種與雞生長肉用性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

MicroRNA(miRNA)是一類約有22個左右核苷酸的內(nèi)源性非編碼單鏈RNA。隨著分子生物研究技術(shù)與方法的快速發(fā)展，研究人員發(fā)現(xiàn)了越來越多的miRNA。miRNA是由一段長度為70～80個核苷酸的且包含一段發(fā)夾結(jié)構(gòu)的miRNA前體(pre-miRNA)剪切后生成。MiRNA通過與其靶標(biāo)基因mRNA的3’端非編碼區(qū)域(3-untranslated region，3’UTR)互補(bǔ)導(dǎo)致該mRNA的翻譯受到抑制實(shí)現(xiàn)對基因的調(diào)控。miRNA雖然不直接編碼蛋白質(zhì)，但其編碼的RNA在生物的整個生命過程中發(fā)揮著重要作用。目前發(fā)現(xiàn)miRNAs能夠參與許多調(diào)節(jié)途徑，包括骨骼肌發(fā)育、病毒防御機(jī)制、造血過程、器官形成分化、細(xì)胞增殖和死亡、脂肪代謝等。

近些年來，隨著基因組學(xué)和全基因組關(guān)聯(lián)分析等技術(shù)的迅速發(fā)展，miRNA已然成為國內(nèi)外動物遺傳育種研究中的熱門領(lǐng)域。在國內(nèi)，金晶等利用高通量測序技術(shù)對荷斯坦牛泌乳期高乳品質(zhì)奶牛(H)和泌乳期低乳品質(zhì)奶牛(L)乳腺組織進(jìn)行了miRNA測序，通過差異表達(dá)分析篩選組間差異miRNAs，獲得56個差異表達(dá)miRNA(P0.05)，并對差異表達(dá)miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測，經(jīng)過對靶基因篩選，發(fā)現(xiàn)了4個已報道與乳蛋白、乳脂緊密相關(guān)的功能基因：CSN3、SCD、LALBA和DGAT2。靶基因聚集的生物學(xué)功能多數(shù)參與了蛋白質(zhì)和脂肪代謝，乳腺發(fā)育和分化，以及免疫功能。凌英會等對山羊肌肉組織進(jìn)行Solexa測序并進(jìn)行生物信息學(xué)分析，共鑒定出517個物種間保守的和2個山羊基因組特有的miRNA。本課題組前期通過靶標(biāo)預(yù)測軟件預(yù)測并通過雙熒光素酶靶標(biāo)驗(yàn)證系統(tǒng)驗(yàn)實(shí)GHR與IGF2BP3為let-7b的靶標(biāo)位點(diǎn)，let-7b的過表達(dá)會導(dǎo)致GHR、IGF2BP3的mRNA表達(dá)量明顯下調(diào)，證明let-7b對GHR、IGF2BP3基因具有負(fù)向調(diào)控作用，同時，發(fā)現(xiàn)let-7b通過介導(dǎo)GHR基因來影響JAK-STAT信號通路，從而調(diào)控骨骼肌的生長發(fā)育。還有許多報道表明，miRNAs廣泛的參與到雞胚的生長發(fā)育、性成熟、神經(jīng)細(xì)胞和肌肉細(xì)胞的增殖和分化和細(xì)胞遷移[29-33]等一系列生命活動中。

單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)是指生命個體基因組序列中單個核苷酸發(fā)生的突變。SNPs在DNA水平上出現(xiàn)的頻率非常高，在所有突變形式中高達(dá)九成以上，但其中很多突變都集中在非編碼區(qū)，其他很少的突變分布在基因的編碼區(qū)。有證據(jù)顯示，SNP可以對RNA、DNA和蛋白水平對基因的表達(dá)及功能產(chǎn)生影響，是導(dǎo)致個體與群體之間的包括疾病發(fā)生，藥物敏感與表型差異等的重要因素，其成熟體和前體序列上的SNP有改變其形成過程甚至改變成熟體的靶標(biāo)位點(diǎn)或改變與靶基因的結(jié)合強(qiáng)度，致使miRNA的功能發(fā)生變化，從而致使動物性狀的變異。每個miRNA都有不止一個靶標(biāo)位點(diǎn)，這就意味著位于miRNA上的SNP有著重要的意義，因此篩選miRNA成熟體序列和前體序列上的SNPs，揭示其功能是很有研究意義的。當(dāng)前查找篩選SNP是用sanger測序或者PCR-RFLP法來進(jìn)行的，由于這些技術(shù)方法的效率較低，近些年來迅速發(fā)展的genechip技術(shù)和High-throughputsequencing能夠在基因組水平上進(jìn)行高效率的篩查突變位點(diǎn)。研究表明位于miRNA種子區(qū)的SNP更是稀缺，而存在于miRNA前體區(qū)的SNP數(shù)量較多被廣泛應(yīng)用于遺傳學(xué)診斷、腫瘤易感性等領(lǐng)域。