[發明專利]一種微衛星生物標志物組合、檢測試劑盒及其用途

有效

• 申請號: 201811149015.9
• 申請日: 2018-09-29
• 公開（公告）號: CN109182525B
• 公開（公告）日: 2019-09-06
• 發明（設計）人: 漢雨生;劉成林;張之宏;張周;段飛蝶
• 申請（專利權）人: 廣州燃石醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 張曉飛

本發明涉及生物標志物組合，檢測其的試劑盒，及其在血漿樣本中的微衛星不穩定(MSI)檢測和癌癥，優選結直腸癌(例如腸癌)、胃癌或子宮內膜癌的無創診斷，預后評估，治療方案的選擇或遺傳篩查中的用途。本申請首次提供了血漿MSI檢測方法，可以以高準確度高靈敏度判斷樣本的微衛星(MS)狀態。

發明領域

本發明涉及生物標志物組合，檢測其的試劑盒，及其在血漿樣本中的微衛星穩定狀態檢測和癌癥，優選結直腸癌(例如腸癌)、胃癌或子宮內膜癌的無創診斷，預后評估，治療方案的選擇或遺傳篩查中的用途。

發明背景

微衛星是基因上含有的重復DNA短小序列或單核苷酸區域。在腫瘤細胞中，當DNA發生甲基化或基因突變致錯配修復基因缺失時,可導致微衛星重復序列錯配(微衛星突變)，導致其序列縮短或延長，從而引起微衛星不穩定(microsatellite instability，MSI)。根據MSI不穩定的程度，可分為微衛星高度不穩定(microsatellite instability-high,MSI-H)，微衛星低度不穩定(microsatellite instability-low,MSI-L)，和微衛星穩定(microsatellite stable，MSS)型。

大量研究表明，MSI參與惡性腫瘤的發生發展過程，與結直腸癌(例如腸癌)、胃癌、子宮內膜癌等發生密切相關。例如，約15％的結直腸癌患者存在MSI-H現象，其中典型的遺傳性非息肉病性結直腸癌(hereditary nonpolyposis colerectal cancer,HNPCC)患者90％以上存在MSI-H，表明MSI-H可作為檢測是否為HNPCC患者的重要標志物；與MSS(即微衛星穩定)的結直腸癌相比，攜帶有MSI-H的結直腸癌患者預后更好，并且二者藥物反應也不一樣，提示MSI-H可作為結直腸癌預后的獨立預測因子，因此，MSI檢測對結直腸癌患者意義重大。

2016年最新版美國國立綜合癌癥網絡(National Comprehensive CancerNetwork，NCCN，2016Version 2)的結直腸癌治療指南第一次明確指出“有結/直腸癌病史的全部患者均應檢測MMR(錯配修復)或MSI”，因為MSI-H(即高微衛星不穩定)的II期結直腸癌預后良好(單純手術5y-OS率為80％)，且不能從5FU輔助化療中獲益(反而有害)。并且指南首次將PD-1單抗Pembrolizumab和Nivolumab推薦用于具有dMMR/MSI-H分子表型的mCRC末線治療，充分說明了晚期結直腸癌中檢測MMR及MSI的重要性。同時，由于遺傳性結直腸癌相關基因較多，在2016最新的NCCN結直腸癌遺傳風險評價指南中，建議有明顯家族史的患者和家屬采用多基因組合(panel)測序進行首次檢測。

2017年，默沙東PD-1單抗Keytruda被美國FDA批準用于治療攜帶MSI-H或錯配修復缺陷(dMMR)的實體瘤患者,再次證明了MSI-H可以作為一種獨立于腫瘤發病位置的泛癌種癌癥標志物。因此，癌癥的MSI檢測至關重要。

目前MSI檢測方法局限于組織檢測，例如國內醫院中開展的MMR基因檢測通常僅包含MLH1和MSH2，部分同時包含MSH6以及PMS2，其陽性結果與MSI檢測結果吻合率較低；僅有極少數醫院開展了通過PCR法結合毛細管電泳法的MSI狀態檢測，且多為外送檢測。該方法通常選擇5-11個單核苷酸重復位點，長度為25bp左右，PCR擴增后通過毛細管電泳測量其長度分布區間，來確定樣本的微衛星(不)穩定狀態。該方法為目前的金標準檢測方法。近來，基于二代測序的組織MSI檢測方法已經證明與PCR-MSI有極高的一致率，可以在判斷MSI狀態的同時刻畫基因組圖譜，提供癌癥診斷更豐富的信息。然而，這些方法都需要足夠的腫瘤細胞占比。由于血漿循環腫瘤DNA(ctDNA)極少，基于組織的方法無法在血漿里推行。

腫瘤血檢具有組織不具有的無創性，實時性，非組織特異性等特征，具有重要的臨床意義。因此，本領域急需基于血漿的MSI檢測方法，尤其是用于癌癥，優選結直腸癌(例如腸癌)、胃癌或子宮內膜癌的無創診斷，預后評估，治療方案的選擇或遺傳篩查中腫瘤血檢MSI的方法。