[發明專利]預測失重骨丟失腰椎骨密度下降風險的方法與DNA甲基化標志物

在審

• 申請號: 201811128974.2
• 申請日: 2018-09-27
• 公開（公告）號: CN109055542A
• 公開（公告）日: 2018-12-21
• 發明（設計）人: 梁峰吉;熊江輝;吳峰;朱月星;盧亮;元艷宏;陳穎;宋錦蘋;萬玉民;戴鐘銓;曲麗娜;陳曉萍;陳善廣;李瑩輝
• 申請（專利權）人: 中國航天員科研訓練中心
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.預測失重骨丟失腰椎骨密度下降風險的DNA甲基化標志物，包括下述一個或多個基因，其位點注釋信息如下：

2.預測失重骨丟失腰椎骨密度下降風險的方法，所述方法不以疾病的診斷和治療為目的，其特征在于：包括下述步驟：確定受試者樣品中腰椎骨密度風險基因位點的DNA甲基化水平，并將該基因位點的甲基化水平與對照樣品進行比較，從而預測受試者在失重條件腰椎骨密度下降風險；

其中所述腰椎骨密度風險基因選自權利要求1中的一個或多個基因；

所述對照樣品選自失重條件下腰椎骨密度下降幅度＜6％的樣品；

作為優選，所述確定DNA甲基化水平的方法包括全基因組甲基化篩選分析、芯片平臺的甲基化圖譜分析、甲基化特異性PCR分析、飛行質譜檢測(Sequenome)、亞硫酸鹽處理后的基因組測序分析、聯合亞硫酸氫鹽限制性內切酶分析、甲基化特異性內切酶酶切和定量聚合酶鏈反應聯合分析、甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析或焦磷酸測序法檢測分析方法。

3.權利要求1中所述基因的甲基化檢測試劑在制備預測失重骨丟失腰椎骨密度下降風險診斷產品中的應用，其特征在于：所述診斷產品包含檢測權利要求1中一種或多種基因的甲基化水平檢測試劑，所述試劑通過檢測受試者樣品中權利要求1中所述基因的甲基化水平，來判斷受試者在失重條件下腰椎骨密度是否具有下降風險；

作為優選，所述試劑是基于全基因組甲基化篩選分析、芯片平臺的甲基化圖譜分析、甲基化特異性PCR分析、飛行質譜檢測(sequenome)、亞硫酸鹽處理后的基因組測序分析、聯合亞硫酸氫鹽限制性內切酶分析、甲基化特異性內切酶酶切和定量聚合酶鏈反應聯合分析、甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析或焦磷酸測序法檢測分析所需的試劑。

4.根據權利要求3所述的應用，其特征在于：所述基因的甲基化水平是在標記基因的開放閱讀框架的上游區域，特別是啟動子區域確定的；或在下述中的一種：

(a)由權利要求1中所示染色體位點所定義的核酸；

(b)包含核酸a的CpG位點；

(c)與上述核酸a相距距離不超過1000個核苷酸內的核酸(a)。

5.根據權利要求3或4所述的應用，其特征在于：所述試劑包括特異性擴增包含甲基化位點在內的權利要求1中所述基因的引物；

作為優選，所述診斷產品是試劑盒、芯片或測序平臺。

6.一組核酸引物和/或雜交探針，其對權利要求1中所述一個或多個基因的潛在甲基化區域是特異性的；

作為優選，所述引物和/或雜交探針是特定于擴增標記基因開放閱讀框架的甲基化上游區域，特別是啟動子區域；或甲基化的下述中的一種：

(a)由權利要求1中所示染色體位點所定義的核酸；

(b)包含核酸a的CpG位點；

(c)與上述核酸a相距距離不超過1000個核苷酸內的核酸(a)。

7.一種試劑盒，其特征在于：所述試劑盒包括權利要求6所述的一組核酸引物或雜交探針，還包括甲基化特異性限制性酶和/或用于亞硫酸氫鹽核苷酸脫胺的試劑。

8.一種預測失重骨丟失腰椎骨密度下降風險的診斷產品，其特征在于：所述診斷產品包括能夠檢測權利要求1中所述基因甲基化水平的試劑；

作為優選，所述檢測權利要求1中所述基因甲基化水平的試劑包括用于全基因組甲基化篩選分析的試劑、用于基于芯片的甲基化圖譜分析的試劑、用于甲基化特異性PCR分析的試劑、用于飛行質譜檢測(sequenome)的試劑、用于亞硫酸鹽處理后的基因組測序分析的試劑、用于聯合亞硫酸氫鹽限制性內切酶分析的試劑、用于甲基化特異性內切酶酶切和定量聚合酶鏈反應聯合分析的試劑、用于甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析的試劑或用于焦磷酸測序法檢測分析的試劑。