[發明專利]大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法

在審

• 申請號: 201811123784.1
• 申請日: 2018-09-26
• 公開（公告）號: CN109295172A
• 公開（公告）日: 2019-02-01
• 發明（設計）人: 劉慧慧;王君如;遲長鳳;黃偉
• 申請（專利權）人: 浙江海洋大學
• 主分類號: C12Q1/6851
• 分類號: C12Q1/6851;C12Q1/6876;G16B30/00
• 代理公司: 杭州浙科專利事務所(普通合伙) 33213
• 代理人: 吳秉中

1.大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法，其特征在于：包括，

獲得大黃魚清道夫受體家族基因；

利用密碼子偏好性分析軟件Codon W統計所有基因的第三位密碼子頻率和密碼子第三位為G或C的頻率，同時計算所述受體家族基因的偏好性指數，得出清道夫受體家族在進化中的密碼子偏好性使用情況；

所述獲得的清道夫受體家族基因中有A家族中的SCARA3、SCARA5和MARCO；B家族中的SCARB1和CD163；D家族中的CD68；F家族中的SREC-I和SREC-II共8個基因。

2.根據權利要求1所述的大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法，其特征在于：所述獲得的SCARA3、SCARA5、MARCO、SCARB1、CD163、CD68、SREC-I和SREC-II的cDNA外顯子長度分別為1938bp、1677bp、1218bp、1527bp、1086bp、972bp、3024bp、2832bp。

3.根據權利要求1所述的大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法，其特征在于：所述偏好性指數包括GC含量和GCn。

4.根據權利要求1所述的大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法，其特征在于：所述偏好性指數還包括相對同義密碼子使用度、密碼子適應指數、有效密碼子數、密碼子偏愛指數、密碼子偏好參數、對應分析、高頻密碼子、高表達密碼子、最優密碼子使用頻率。

5.根據權利要求1所述的大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法，其特征在于：所述分析方法還包括大黃魚清道夫受體家族的表達調控分析，具體步驟為：

1)大黃魚腹腔注射溶藻弧菌菌液，收集大黃魚各類樣品，提取總RNA；

2)采用熒光定量PCR法，以β-actin為內參，分析大黃魚清道夫受體家族基因mRNA在組織中的組織差異表達分布。

6.根據權利要求5所述的大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法，其特征在于：所述家族基因選自LycSCARA3、LycSCARA5、LycMARCO、LycCD163、LycSCARB1、LycCD68、LycSREC1或LycSREC2。

7.根據權利要求5所述的大黃魚清道夫受體家族基因的密碼子偏好性分析方法，其特征在于：所述β-actin為：

β-actin-F：5'-TCGTCTGTCGTCACAGCCATCAG-3'；

β-actin-R：5'-ATGCCGTGCGGCAGAGCATAACC-3'。