[發(fā)明專利]檢測(cè)C8orf34基因rs1517114位點(diǎn)多態(tài)性的人工模擬核酸分子信標(biāo)與試劑盒

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811050329.3
• 申請(qǐng)日: 2018-09-10
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN110885887B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-04-19
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 葛猛;潘世讓;余倩;杜柏均;王宏偉
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 北京福安華生物科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 關(guān)暢;陳曉慶

本發(fā)明公開(kāi)了一種C8orf34基因rs1517114位點(diǎn)多態(tài)性的分型檢測(cè)方法與試劑盒。本發(fā)明采用C8orf34基因特異性的引物SEQ1和SEQ2擴(kuò)增C8orf34基因片段，同時(shí)在C8orf34基因特異性的引物界定的擴(kuò)增區(qū)域內(nèi)設(shè)計(jì)C8orf34基因特異性人工模擬核酸分子信標(biāo)SEQ3?FAM和SEQ4?VIC。本發(fā)明提供的基于基因特異性PCR結(jié)合人工模擬核酸分子信標(biāo)判斷C8orf34基因rs1517114位點(diǎn)多態(tài)性的方法不僅準(zhǔn)確率高，而且還具有檢測(cè)速度快、操作簡(jiǎn)單、結(jié)果判讀客觀、閉管反應(yīng)污染少等優(yōu)點(diǎn)，非常適合于在臨床中大規(guī)模開(kāi)展。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及C8orf34基因rs1517114位點(diǎn)多態(tài)性的分型檢測(cè)方法與試劑盒。

背景技術(shù)

肺癌是一種常見(jiàn)的肺部惡性腫瘤，絕大多數(shù)肺癌起源于支氣管粘膜上皮。肺癌已成為人類因癌癥死亡的主要原因，肺癌死亡人數(shù)約占所有癌癥死亡人數(shù)的三分之一，超過(guò)因乳腺癌、前列腺癌和結(jié)腸直腸癌死亡人數(shù)總和。結(jié)直腸癌是胃腸道中常見(jiàn)的惡性腫瘤，早期癥狀不明顯，晚期則表現(xiàn)貧血、體重減輕等全身癥狀。

伊立替康(Irinotecan)是結(jié)直腸癌和肺癌患者最常用的化療藥物之一。伊立替康為半合成水溶性喜樹堿類衍生物。本品及其代謝產(chǎn)物SN38為DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶Ⅰ抑制劑，其與拓?fù)洚悩?gòu)酶Ⅰ及DNA形成的復(fù)合物能引起DNA單鏈斷裂，阻止DNA復(fù)制及抑制RNA合成，為細(xì)胞周期S期特異性。然而一些患者卻遭受著與伊立替康相關(guān)的藥物毒性的影響，如腹瀉和中性粒細(xì)胞減少癥。因此，鑒定具有嚴(yán)重腹瀉和中性粒細(xì)胞減少癥高風(fēng)險(xiǎn)的患者在臨床中是十分必要的。

C8orf34編碼與cAMP依賴性蛋白激酶調(diào)節(jié)劑相關(guān)的蛋白質(zhì)，cAMP依賴性蛋白激酶途徑介導(dǎo)腸道的分泌過(guò)程，會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的腹瀉。這表明C8orf34的遺傳變異與治療相關(guān)的嚴(yán)重腹瀉有關(guān)。全基因組關(guān)聯(lián)研究顯示，C8orf34基因3號(hào)內(nèi)含子中的rs1517114位點(diǎn)與伊立替康引起的三級(jí)腹瀉有強(qiáng)烈的相關(guān)性。rs1517114位點(diǎn)為CC基因型的非小細(xì)胞肺癌患者，相比于GG基因型，有較重的腹瀉風(fēng)險(xiǎn)。因此，開(kāi)展C8orf34基因rs1517114位點(diǎn)多態(tài)性檢測(cè)，對(duì)于評(píng)估化療患者伊立替康用藥風(fēng)險(xiǎn)具有重要的指導(dǎo)意義。

目前，基因多態(tài)性檢測(cè)的方法主要有PCR-Sanger測(cè)序法、芯片雜交法、高分辨率溶解曲線法等。這些方法雖然都可以在一定程度上檢測(cè)基因多態(tài)性，但都有不可忽視的局限性。Sanger測(cè)序法步驟較多，需要PCR后處理，不僅操作繁瑣，還易產(chǎn)生污染，并不能滿足臨床的需求。芯片雜交法操作繁瑣，其檢測(cè)還依賴于昂貴的設(shè)備儀器，導(dǎo)致成本較高。高分辨率溶解曲線法對(duì)儀器要求高，需要具有安裝高分辨率軟件、溫度比較敏感的機(jī)器才能使用，臨床推廣存在困難。基于Taqman水解探針的熒光定量PCR，利用Taq酶的外切酶活性，切斷探針產(chǎn)生熒光信號(hào)，由于Taqman探針熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)并不緊密靠近，導(dǎo)致熒光淬滅不徹底，存在背景熒光信號(hào)。此外，Taqman探針對(duì)于單堿基錯(cuò)配識(shí)別能力較差，極易生成非特異熒光信號(hào)，干擾結(jié)果判讀，進(jìn)而影響檢測(cè)的準(zhǔn)確性。因此，臨床上迫切需要一種簡(jiǎn)便易行、靈敏度高、準(zhǔn)確可靠的檢測(cè)基因多態(tài)性的方法。