[發明專利]基因變異解讀的方法及裝置

在審

• 申請號: 201811027768.2
• 申請日: 2018-09-04
• 公開（公告）號: CN109182483A
• 公開（公告）日: 2019-01-11
• 發明（設計）人: 李雷;單光宇;胡楊枝榮;趙琳;臧晚春;成崗;蔣智
• 申請（專利權）人: 天津諾禾致源生物信息科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6806
• 代理公司: 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240
• 代理人: 韓建偉;金田蘊

本發明公開了一種基因變異解讀的方法及裝置。其中，該方法包括以下步驟：S1，獲取目標區域內的測序信息；S2，對目標區域內的突變位點進行多標準致病性評價，并綜合每個突變位點不同標準的判定結果確定該突變位點的臨床意義；S3，根據S2中確定的突變位點的臨床意義確定目標區域中突變位點的致病性。應用本發明的技術方案，可以實現機器的自動解讀，從而解決人工解讀差異較大的技術問題，并且可以極大的提高解讀的效率。

技術領域

本發明涉及生物醫學技術領域，具體而言，涉及一種基因變異解讀的方法及裝置。

背景技術

乳腺癌以及卵巢癌患者可能攜帶BRCA1/2易感基因變異，通過對白細胞樣本進行高通量測序可以識別這些變異，對這類變異準確地進行解讀十分重要。目前，通常從白細胞樣本中提取DNA，捕獲人類BRCA1/2基因全外顯子組，進行高通量測序，結合中國食品藥品檢定研究院的解讀標準進行自動化解讀。

目前常用的解讀方法是人工解讀，即由受過遺傳學訓練的學者基于2015年美國醫學遺產學與基因組學學會(ACMG，American College of Medical Genetics andGenomics)ACMG提出的28條判定標準進行人工解讀，不同機構人工解讀差異較大。

發明內容

本發明旨在提供一種基因變異解讀的方法及裝置，以解決現有技術中人工解讀差異較大的技術問題。

為了實現上述目的，根據本發明的一個方面，提供了一種基因變異解讀的方法。該方法包括以下步驟：S1，獲取目標區域內的測序信息；S2，對目標區域內的突變位點進行多標準致病性評價，并綜合每個突變位點不同標準的判定結果確定該突變位點的臨床意義；S3，根據S2中確定的突變位點的臨床意義確定目標區域中突變位點的致病性。

進一步地，S2具體包括：根據已有的研究或臨床數據對突變位點及突變位點的組合根據致病性的強弱進行分類。

進一步地，目標區域為BRCA1/2易感基因，根據已有的研究或臨床數據對突變位點及突變位點的組合根據致病性的強弱進行分類如下：

進一步地，S1具體包括：S11，待測樣本預處理并提取DNA；S12，根據目標區域捕獲原理使用探針捕獲腫瘤相關基因；S13，通過高通量的方法進行測序，得到目標區域內的測序信息。

進一步地，S3中在根據S2中確定的突變位點的臨床意義確定目標區域中突變位點的致病性前還包括：S31，過濾掉低質量的序列，利用比對軟件將高通量測序序列比對到參考基因組上，未比對上的序列形成軟截斷，根據比對的位置進行排序，并建立index；S32，對比對上的序列進行變異檢測，并對檢出的變異進行注釋。

根據本發明的另一個方面，提供一種基因變異解讀的裝置。該裝置包括：測序信息獲取模塊，用于獲取目標區域內的測序信息；標準形成模塊，用于對目標區域內的突變位點進行多標準致病性評價，并綜合每個突變位點不同標準的判定結果確定該突變位點的臨床意義；解讀模塊，根據標準形成模塊中確定的突變位點的臨床意義確定目標區域中突變位點的致病性。

進一步地，標準形成模塊具體用于根據已有的研究或臨床數據對突變位點及突變位點的組合根據致病性的強弱進行分類。

進一步地，目標區域為BRCA1/2易感基因，標準形成模塊根據已有的研究或臨床數據對突變位點及突變位點的組合根據致病性的強弱進行分類如下：

進一步地，測序信息獲取模塊具體包括：DNA提取子模塊，用于待測樣本預處理并提取DNA；目標區域捕獲子模塊，用于根據目標區域捕獲原理使用探針捕獲腫瘤相關基因；測序子模塊，用于通過高通量的方法進行測序，得到目標區域內的測序信息。