[發明專利]一種基于靶向擴增測序的微生物檢測方法和裝置

有效

• 申請號: 201811027464.6
• 申請日: 2018-09-04
• 公開（公告）號: CN110875082B
• 公開（公告）日: 2022-05-31
• 發明（設計）人: 王子榕;袁劍穎;孫瑞雪;毛宛司;王曉鳳;吳紅龍
• 申請（專利權）人: 深圳華大因源醫藥科技有限公司;華大生物科技（武漢）有限公司
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00;G16B30/00;G16B50/00;G16H50/20
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 孫銀行;彭家恩

1.一種基于靶向擴增測序的微生物檢測方法，其特征在于，所述方法包括：

獲取待檢樣本的靶向擴增測序序列，所述待檢樣本中包含可能存在的待檢微生物的至少一個特征標記，每個特征標記包括至少一個用于標識該特征標記的靶標；

將所述靶向擴增測序序列比對到靶標序列數據庫，所述靶標序列數據庫包括多個靶標，每個靶標用于標識一群微生物的多個特征標記中的一個，每個靶標具有設定的檢出閾值；

統計每個靶標的檢出序列數，所述檢出序列數包括僅比對到該靶標的序列數以及次優比對分數除以最優比對分數的結果小于設定值的序列數，其中最優比對分數為比對到該靶標的分數，次優比對分數為比對到其它靶標的分數；和

將每個靶標的檢出序列數與每個靶標的檢出閾值進行比較，所述檢出序列數大于所述檢出閾值即為檢出，根據每個靶標的檢出結果確定每個特征標記的檢出結果，即得所述待檢微生物的檢測結果。

2.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述靶標的檢出閾值是通過ROC曲線方法或陰性樣本檢出序列數分布方法確定的。

3.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述特征標記包括病原、耐藥基因、毒力因子中的一個或多個。

4.根據權利要求3所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述病原選自細菌、DNA/RNA病毒、真菌和原蟲中的一個或多個。

5.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，每個特征標記包括至少3個用于標識該特征標記的靶標。

6.據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，每個特征標記的靶標中大于50%的靶標檢出視為該特征標記檢出。

7.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述靶標序列數據庫還包括內參靶標，所述內參靶標選自所述微生物的宿主的保守基因序列。

8.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述一群微生物為一種癥候群。

9.根據權利要求8所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述癥候群選自血流感染癥候群、腦炎腦膜炎癥候群、呼吸道感染癥候群或腹瀉癥候群。

10.據權利要求9所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述癥候群選自血流感染癥候群或腦炎腦膜炎癥候群。

11.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述設定值為0.8。

12.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述靶向擴增測序序列還包括宿主序列，所述方法還包括：

將比對到所述靶標序列數據庫的序列去除以后的其它序列比對到宿主基因組數據庫，并計算所述待檢樣本中的宿主序列比例，以用于檢測結果的質控。

13.根據權利要求12所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述宿主基因組數據庫包含從NCBI官方網站下載的人類參考基因組以及從炎黃基因組公共數據庫官方網站下載的炎黃基因組序列兩部分。

14.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述方法包括同步檢測多個待檢樣本，并圖形化輸出同步檢測的多個待檢樣本中至少一個靶標的檢出結果以確定交叉污染的存在與否。

15.根據權利要求1所述的微生物檢測方法，其特征在于，所述待檢樣本為同批次同類型樣本。