[發明專利]一種與肉牛飼料轉化效率有關的牛AHSG基因SNP標志物

有效

• 申請號: 201811004979.4
• 申請日: 2018-08-30
• 公開（公告）號: CN109022594B
• 公開（公告）日: 2022-02-25
• 發明（設計）人: 曹陽;趙玉民;肖成;吳健;秦立紅;金海國;魏天
• 申請（專利權）人: 吉林省農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京君泊知識產權代理有限公司 11496
• 代理人: 王程遠

本發明公開了一種與肉牛飼料轉化效率有關的牛AHSG基因SNP標志物，該標志物為AHSG基因chr1:198654887位點C?T的突變。本發明還提供了用于檢測所述的SNP標志物的特異性引物。利用本發明所提供的方法可以通過對牛AHSG基因單堿基多態的判斷獲得肉牛料肉比性狀的優劣，從而為肉牛的育種工作提供指導，選育具有最低料肉比的TT型肉牛進行育種和培養。

技術領域

本發明涉及分子生物學技術領域，具體涉及一種肉牛飼料轉化率性狀相關的SNP標志物檢測方法及其應用。

背景技術

我國肉牛產業高速發展，在畜牧業中所占的產值比重逐年增高，已為畜牧業的支柱產業。肉牛養殖已成為農民增收的主要途徑。系統分析我國牛肉生產成本等諸多因素，飼料轉化效率為關鍵因素之一。飼料成本占養殖成本比例最大且可調控，因此提高飼料效率，降低飼養成本，能夠提升整個生產體系的效率，使養殖業利潤得到增加。

料肉比是反映飼料轉化效率的可遺傳性狀，獨立于生產水平、體格大小等性狀，被認為是測定飼料利用效率的主要參考方法。飼料轉化效率高的動物料肉比低或者為負值，飼料效率越高的動物，其料肉比越低。選擇低料肉比水平的家畜能夠在不影響動物的生長速度和繁殖性能以及肉質性狀的前提下，提高飼料的利用率，降低飼養成本，減少動物的糞便排放以及碳排放，從而實現減少飼料成本，降低空氣污染，提高養殖業利潤。因此找到影響料肉比的基因標記，結合表型進行標記輔助選擇有著非常重要的意義。

SNP為第三代遺傳標志，主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。具有數量多、分布廣泛、高頻率、低突變率等優點，適于快速、規模化篩查，現已應用于基因組分析、生物信息自動化檢測、簡單和復雜疾病的遺傳研究、畜牧育種遺傳標記研究等。牛α2-HS糖蛋白基因(AHSG)與骨密度、大小以及糖脂代謝等密切相關，但目前還沒有就該基因的單核苷酸多態性與飼料效率(料肉比)相關性的報道。

發明內容

基于背景技術存在的技術問題，本發明提出了一種與肉牛飼料轉化效率有關的牛AHSG基因SNP標志物及其檢測方法，依據多態性進行肉牛飼料利用效率的判定。

本發明的技術方案如下：

本發明的發明人研究了草原紅牛資源群體，測定了料肉比等生產性狀，對AHSG(NCBI登錄號：NC_019458.2)基因設計引物進行長片段PCR擴增，PCR產物膠回收后于金唯智生物有限公司Sanger測序平臺進行測序和NCBI-Blast篩選SNPs，結果在基因組位置為1號染色體正鏈198654887的位點找到一個C-T的突變，對應AHSG基因的CDS區(外顯子7的871bp處)發生CCC(脯氨酸)-CCT(脯氨酸)的同義突變。

以該SNP位點上下游序列為模板設計基因分型引物(F1和F2)，利用PCR測序的方法進行基因分型，利用SPSS 22.0統計軟件對不同基因型所對應的料肉比性狀均值進行差異顯著性檢驗。

CC型純合子的料肉比為6.01±0.98，CT型雜合子的料肉比為7.30±2.88，TT型純合子的料肉比為5.26±0.60，結果顯示TT型純合子的料肉比性狀顯著低于雜合子CT(P0.05)，低于CC型純合子。

由此，得到一種與牛料肉比性狀有關的牛AHSG基因SNP標志物，該標志物為AHSG基因chr1:198654887位點(外顯子7的871bp處)C-T的突變。

本發明的檢測方法具體通過以下技術方案實現：

本發明還提供了一種用于檢測所述的SNP標志物的特異性引物，所述的引物包括上游引物和下游引物：

1、所述的上游引物(F1)為：5'-AACGGTCCTCTTTCCTCCAGC-3'；

所述的下游引物(F2)為：5'-TGTGCCAAACCATCTCATCTCC-3'；