[發明專利]用于檢測rs1695的引物探針組及其應用

在審

• 申請號: 201810969995.0
• 申請日: 2018-08-24
• 公開（公告）號: CN108949996A
• 公開（公告）日: 2018-12-07
• 發明（設計）人: 叢茜;劉婷婷;李朋;趙海文
• 申請（專利權）人: 山東德諾生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/686;C12N15/11
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本發明公開了一種用于檢測rs1695的引物探針組及其應用。本發明首先保護一種引物探針組，由引物F、引物R和探針P組成；引物F為序列表的序列1所示的單鏈DNA分子；引物R為序列表的序列2所示的單鏈DNA分子；探針P為一個末端具有熒光基團且另一個末端具有熒光淬滅基團的單鏈DNA分子，且DNA分子中的部分核苷酸為鎖核酸，DNA分子的核苷酸序列為序列表的序列3所示。本發明可用于檢測rs1695，判斷待測樣本基于該位點的基因型，從而指導用藥，具有重大的應用推廣價值。

技術領域

本發明涉及一種用于檢測rs1695的引物探針組及其應用。

背景技術

臨床中發現對分子分型、分期和病理類型相同的乳腺癌、結腸直癌、胰腺癌等給予標準方案化療后，療效及毒副反應的程度截然不同，差異的原因與藥物代謝酶基因多態性有關。谷胱甘肽轉移酶P1(Glutathione S-transferase P1,GSTP1)基因具有多態性，與藥物代謝酶的活力有關，可能影響一些癌癥化療的療效和毒性以及預后。

研究表明，GSTP1基因多態性是由于562位核苷酸由A突變為G，導致該位氨基酸由異亮氨酸突變為纈氨酸，從而引起對應谷胱甘肽轉移酶P1活性的改變。谷胱甘肽轉移酶P1屬于Ⅱ相代謝酶，是重要的外源性化學物質代謝酶，與一些致癌劑的體內代謝有關，參與機體解毒，其活性改變可以引起癌癥患者對化療藥物代謝能力改變。其中AG/GG基因型患者的化療療效優于AA基因型，攜帶G基因患者的化療有效率高于攜帶A基因的患者。其基因多態性也與癌癥患者化療后發生中性粒細胞減低并發癥有關，其中GSTP1 AG/GG基因型比AA基因型更易發生重度中性粒細胞減低毒性，且在聯合化療時該現象更為明顯。對AG/GG基因型的患者，化療后24小時后給予皮下注射G-CSF可保障患者如期完成化療。該位點的多態性在癌癥藥物如奧沙利鉑、卡培他濱、氟尿嘧啶、亞葉酸鈣、奧沙利鉑等的代謝中，AA基因型出現副作用的風險最高，生存率降低，其次是AG型，GG型毒副作用風險最低，生存率較高。

對該基因位點多態性進行基因分型分析，可以指導醫生對于不同癌癥患者采取更加具有針對性的治療方案，具有重要的臨床意義。

發明內容

本發明的目的是提供一種用于檢測rs1695的引物探針組及其應用。

本發明首先保護一種引物探針組，由引物F、引物R和探針P組成；

引物F為如下（a1）或（a2）：

（a1）序列表的序列1所示的單鏈DNA分子；

（a2）將序列1經過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列1具有相同功能的DNA分子；

引物R為如下（b1）或（b2）：

（b1）序列表的序列2所示的單鏈DNA分子；

（b2）將序列2經過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列2具有相同功能的DNA分子；

探針P為一個末端具有熒光基團且另一個末端具有熒光淬滅基團的單鏈DNA分子，且DNA分子中的部分核苷酸為鎖核酸，DNA分子的核苷酸序列為如下（c1）或（c2）：

（c1）序列表的序列3所示；

（c2）將序列3經過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加。

探針P為5’末端具有FAM熒光基團且3’末端具有BHQ1熒光淬滅基團的單鏈DNA分子。

具體來說，所述探針P的核苷酸序列如序列表的序列3所示，且第1-3位核苷酸和第26-28位核苷酸均為鎖核酸。

所述引物探針組中，引物F、引物R、探針P的摩爾配比為：5：20：10。

本發明還保護所述引物探針組在制備用于檢測rs1695的試劑盒中的應用。