[發(fā)明專(zhuān)利]一種與雞冠發(fā)育性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其檢測(cè)方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810935927.2
• 申請(qǐng)日: 2018-08-16
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN108866208B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-08-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 束婧婷;劉一帆;鄒劍敏;章明;屠云潔;姬改革;單艷菊;巨曉軍;張笛;盛中偉;肖芹
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 江蘇省家禽科學(xué)研究所
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南京源點(diǎn)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 32545
• 代理人: 王佳妹

本發(fā)明公開(kāi)了一種與雞冠發(fā)育性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其檢測(cè)方法，所述SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，且SEQ ID NO:1的第302位為G或A。本發(fā)明的SNP分子標(biāo)記與雞冠發(fā)育性狀相關(guān)，是一個(gè)新的分子標(biāo)記，通過(guò)檢測(cè)待測(cè)雞SNP位點(diǎn)的基因型，對(duì)雞冠發(fā)育性狀進(jìn)行早期選擇，可以節(jié)省生產(chǎn)成本并加快遺傳進(jìn)展，更好地服務(wù)于優(yōu)質(zhì)雞的育種，具有很大的經(jīng)濟(jì)價(jià)值和科研價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于家禽基因工程的技術(shù)領(lǐng)域，更具體地，涉及一種與雞冠發(fā)育性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其檢測(cè)方法。

背景技術(shù)

對(duì)于優(yōu)質(zhì)雞來(lái)說(shuō)，要求上市的肉雞具有冠大、臉紅等性成熟的外觀，因?yàn)橹挥薪咏猿墒鞎r(shí)其脂肪沉積較多，肉質(zhì)最鮮美，風(fēng)味最濃郁。而雞冠的發(fā)育是雞第二性征中最明顯、最重要的特征，可作為衡量性成熟程度的指標(biāo)，也是屠宰上市后區(qū)分優(yōu)質(zhì)雞和快大雞的重要指標(biāo)。同時(shí)早熟性與雞肉品質(zhì)之間也有較大的相關(guān)，雞冠的發(fā)育程度通常是優(yōu)質(zhì)雞銷(xiāo)售的等級(jí)和價(jià)格的重要影響因素之一，因此，雞冠將是優(yōu)質(zhì)雞育種工作者重點(diǎn)關(guān)注和加強(qiáng)選擇的性狀。目前，對(duì)于雞冠的選種尚停留在常規(guī)選育水平，即待雞冠發(fā)育到一定程度后，根據(jù)雞冠的大小，淘汰小雞冠個(gè)體，這種選種方式無(wú)形中增加了飼養(yǎng)成本，從而影響了經(jīng)濟(jì)效益。

應(yīng)用分子標(biāo)記的現(xiàn)代育種技術(shù)是加快良種選育和提高種群遺傳品質(zhì)的重要途徑。隨著高通量基因型測(cè)定平臺(tái)的發(fā)展，通過(guò)分子標(biāo)記手段從遺傳上對(duì)雞冠發(fā)育進(jìn)行早期選擇成為可能。應(yīng)用分子標(biāo)記育種首先是在DNA水平上篩查和檢測(cè)與雞冠發(fā)育密切相關(guān)的遺傳標(biāo)記，其次是建立其基因多態(tài)性的快速檢測(cè)方法，然后實(shí)現(xiàn)雞冠發(fā)育性狀的早期選擇，節(jié)省生產(chǎn)成本并加快遺傳進(jìn)展，更好地服務(wù)于優(yōu)質(zhì)雞的育種。因此，研究新的與雞冠發(fā)育性狀相關(guān)的分子標(biāo)記具有重要意義。

軟骨樣基因(chondroadherin-like，CHADL)為發(fā)明人前期利用RNA-Seq技術(shù)對(duì)雞冠發(fā)育差異顯著的群體中篩選出的顯著差異表達(dá)基因，該基因的表達(dá)在大雞冠群體中極顯著上調(diào)。CHADL基因定位于雞1號(hào)染色體上與雞冠發(fā)育相關(guān)的QTL區(qū)域內(nèi)。在哺乳動(dòng)物中，Tillgren等(2015)研究發(fā)現(xiàn)CHADL基因在軟骨代謝中具有重要作用。研究發(fā)現(xiàn)，雞冠發(fā)育與軟骨沉積具有顯著的正相關(guān)關(guān)系(Wright et al.,2008；Johnsson et al.,2014)，由此可見(jiàn)，CHADL基因可能在雞冠發(fā)育中發(fā)揮著重要作用。目前，尚無(wú)CHADL基因遺傳變異與雞冠發(fā)育性狀的相關(guān)報(bào)道。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決現(xiàn)有技術(shù)存在的不足，本發(fā)明提供了一種與雞冠發(fā)育性狀相關(guān)的分子標(biāo)記及其檢測(cè)方法。

本發(fā)明的技術(shù)方案如下：

本發(fā)明提供了一種與雞冠發(fā)育性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，所述SNP分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，且SEQ ID NO:1的第302位為G或A。

本發(fā)明還提供了檢測(cè)所述的SNP分子標(biāo)記的引物組，所述引物組包括SEQ ID NO:2所示的上游引物、SEQ ID NO:3所示的下游引物和SEQ IDNO:4所示的單堿基延伸引物。

本發(fā)明還提供了包含所述的引物組的檢測(cè)試劑盒。

本發(fā)明還提供了檢測(cè)所述的SNP分子標(biāo)記的方法，該方法包括以下步驟：

(1)提取待測(cè)雞的基因組DNA，加入上、下游引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；

(2)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)測(cè)序后，獲得所述SNP分子標(biāo)記的基因型。

需要進(jìn)一步說(shuō)明的，步驟(1)中，上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。

進(jìn)一步的，步驟(3)中，檢測(cè)得到所述SNP分子標(biāo)記的基因型為G或A。

本發(fā)明又提供了所述的引物組或所述的檢測(cè)試劑盒在雞遺傳育種中的應(yīng)用。