[發明專利]一種與羅氏沼蝦體長和尾節寬相關的SNP分子標記及其應用

在審

• 申請號: 201810907413.6
• 申請日: 2018-08-10
• 公開（公告）號: CN109022589A
• 公開（公告）日: 2018-12-18
• 發明（設計）人: 馮藝;陳文強;袁啟志;李鎮養;李浩杰;張志浩;陳文堅;劉咸;何家爾;陳建酬
• 申請（專利權）人: 佛山科學技術學院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 王國標

本發明公開了屬于分子標記育種技術領域的一種與羅氏沼蝦體長和尾節寬相關的SNP分子標記及其應用。該SNP分子標記對應于羅氏沼蝦ND1基因A564G位點，此處堿基為A或G。本發明的SNP分子標記與羅氏沼蝦體長和尾節寬相關，是一個新的分子標記，通過確定待測羅氏沼蝦SNP位點的基因型從而根據體長和尾節寬對羅氏沼蝦進行早期選育，可有效節省生產成本并加快遺傳進展，更好地服務于羅氏沼蝦的選育，既能滿足巨大的市場需求，又具有很大的經濟應用價值和科研價值。

技術領域

本發明屬于分子標記育種技術領域，特別涉及一種與羅氏沼蝦體長和尾節寬相關的SNP分子標記及其應用。

背景技術

分子標記輔助育種(Marker Assisted Selection，MAS)是利用分子標記與決定目標性狀的基因緊密連鎖的特點，在動植物育種過程中篩選與重要的經濟性狀(如體重、生長速度、抗逆性等)相關的分子標記，并在育種過程中構建帶有相關分子標記的選育群體，以達到選擇目標性狀的目的的一種育種方法，其具有目標性強，準確性高的特點，能夠大幅度提高育種效率，縮短育種年限。

單核苷酸位點多態性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)是基因組上由單個核苷酸產生的堿基變異，其具有分布數量多、多態性豐富等特點，是繼微衛星分子標記之后又一重要的分子遺傳標記，被稱為第三代分子遺傳標記。該標記已廣泛應用于動植物標記輔助育種、基因定位、遺傳多樣性研究等領域。

ND1基因即編碼NADH脫氫酶亞基1的基因，NADH脫氫酶亞單位1(NADHdehydrogenase subunit 1，ND1)基因是mtDNA的蛋白編碼基因，包括細胞色素b、細胞色素氧化酶的3個亞基、ATP酶的2個亞基以及NADH脫氫酶的7個亞基的編碼序列，負責編碼的蛋白是NADH脫氫酶的亞基Ⅰ。NADH脫氫酶是呼吸鏈復合體Ⅰ的主要組成，通過在呼吸鏈中直接參與氫與電子傳遞并通過氧化磷酸化產生ATP去參與能量代謝作用。因而，一定程度上影響著動物外源營養物質的獲取、同化利用及轉運等生命代謝活動進而對動物的性狀起決定性的作用。國內外關于物種ND1基因多樣性研究較多，如三尾鳳蝶(Bhutanitis thaidina)、無蹼壁虎(Gekko swinhonis)、雨蛙(Hylid)等地理親緣關系和遺傳規律的探討。當前，候靈玲發現了雞NDl基因A4589G突變與盲腸長度、8周齡胸深、8周齡胸骨長和8周齡脛長、腿肌長度和腿肌寬度、葡萄糖、乳酸脫氫酶、腹脂、腹脂率和皮下脂肪厚度影響分別有顯著的相關性。

羅氏沼蝦，又稱馬來西亞大蝦，淡水大蝦，大長臂大蝦，隸屬于節肢動物門、軟甲綱、十足目、長臂蝦科、沼蝦屬，是世界上最大型的熱帶淡水蝦之一，具有生長快、食性廣、耐高溫、抗病力強、養殖周期短、口感鮮嫩以及營養成分豐富等特點而廣受消費者青睞。原產于印度太平洋地區，生活在各種類型的淡水或咸淡水水域，后來被不少國家和地區移養繁殖，成為當地主要淡水養殖蝦類。目前，羅氏沼蝦在中國的養殖面積高達60多萬畝，但羅氏沼蝦的良種數量遠不能滿足其龐大的產業規模和巨大的苗種需求，因此，羅氏沼蝦的早期選育顯得十分迫切和意義重大。

發明內容

為克服以上現有技術中的不足或缺陷，本發明提供了一種與羅氏沼蝦體長和尾節寬相關的SNP分子標記及其應用，可通過確定待測羅氏沼蝦SNP位點的基因型從而對羅氏沼蝦的體長和尾節寬進行早期選育，無需受羅氏沼蝦的年齡、性別等限制，可有效用于羅氏沼蝦的早期選育，促進羅氏沼蝦的選育進程。

本發明所采取的技術方案是：

一種與羅氏沼蝦體長和尾節寬相關的SNP分子標記，所述SNP分子標記位于羅氏沼蝦ND1基因A564G位點，此處堿基為A或G。

所述SNP分子標記在羅氏沼蝦早期選育中的應用。

一種羅氏沼蝦早期選育的方法，為根據羅氏沼蝦ND1基因A564G位點的基因型對羅氏沼蝦的體長和尾節寬進行早期選育，包括如下步驟：