[發明專利]宮頸癌的判斷方法及系統

在審

• 申請號: 201810874322.7
• 申請日: 2018-08-03
• 公開（公告）號: CN109988833A
• 公開（公告）日: 2019-07-09
• 發明（設計）人: 魏國鵬
• 申請（專利權）人: 南京格致基因生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 中國國際貿易促進委員會專利商標事務所 11038
• 代理人: 鄭天松

1.用于對宮頸癌進行篩查、診斷或風險分級的一組染色體，該組染色體包含第2、3、5、8、11、17和18號染色體中至少1條。

2.權利要求1的一組染色體，其為第2、3、5和8號染色體的組合，第2、3、5、8和18號染色體的組合，第3、5和11號染色體的組合，或者第3、5、11、17和18號染色體的組合。

3.計算機可讀介質，其上存儲有指令，其中當所述指令被處理器執行時，使得計算機執行以下操作：

判斷來自受試者(例如人)的樣品的第2、3、5、8、11、17和18號染色體中至少1條是否存在染色體不平衡(例如染色體長臂拷貝數與短臂拷貝數的差異是否高于或等于閾值，再如染色體長臂覆蓋度與短臂覆蓋度的差異是否高于或等于閾值)；

例如，將來自受試者的樣品的第2、3、5、8、11、17和18號染色體中至少1條的染色體結構信息(例如測定染色體不平衡、染色體長臂拷貝數與短臂拷貝數的差異、或染色體長臂覆蓋度與短臂覆蓋度的差異所需的結構信息)與來自健康個體的相應染色體的染色體結構信息進行比較，以確定來自所述個體的樣品中上述染色體是否存在染色體不平衡(在染色體不平衡(例如染色體長臂拷貝數與短臂拷貝數的差異高于或等于閾值，再如染色體長臂覆蓋度與短臂覆蓋度的差異高于或等于閾值)的情況下，判斷為受試者患有宮頸癌或者存在患宮頸癌的風險)。

4.權利要求3的計算機可讀介質，其中通過以下方式判斷染色體不平衡：

將受試者(例如人)的全基因組數據序列(例如高通量測序技術獲得的全基因組數據序列)比對到參考基因組(例如人的參考基因組Hg19)，并例如按照10～1000kb/段(優選50～800kb/段，更優選100～500kb/段，更優選150～300kb/段，最優選200kb/段)，平均分成多個段(例如bin)；

分別計算第i號染色體長臂覆蓋到的段(例如bin)的讀長(reads)的平均數(cov_Chrip)和染色體短臂覆蓋到的段(例如bin)的讀長(reads)的平均數(cov_Chriq)；

根據以下公式，計算R值：

或

其中p代表長臂，q代表短臂，Chr為染色體(chromosome)的縮寫，i選自2、3、5、8、11、17和18。

5.權利要求4的計算機可讀介質，其中

進一步基于上述人第i號染色體(Chri)的R值(R_Chri)，根據以下公式2計算人第i號染色體(Chri)的Z分(Z_Chri)：

其中，

μR_Chri是對應于健康群體的R值的平均值；

σR_Chri是對應于健康群體的R值的標準偏差，以及

任選地進一步基于上述Z分(Z_Chri)，根據以下公式3計算C分(CScore)：

6.權利要求3～5之任一項的計算機可讀介質，其中所述i選自2、3、5和8，選自2、3、5、8和18，選自3、5和11，或者選自3、5、11、17和18。

7.權利要求3～6之任一項的計算機可讀介質，其中

在Z分的絕對值≥3的情況下，判斷為該第i號染色體有染色體不平衡；在Z分的絕對值<3的情況下，判斷為該第i號染色體無染色體不平衡；而

當滿足以下條件之一時，判斷為受試者患宮頸癌的風險高：

Z分的絕對值≥3；或者

C分>0；

當滿足以下條件之一時，判斷為受試者患宮頸癌的風險低：

Z分的絕對值<3；或者

C分＝0。

8.計算設備，其包含：

權利要求3～7之任一項的計算機可讀介質、及

處理器。