[發明專利]用于富集低頻DNA突變的DNA探針及其應用

有效

• 申請號: 201810845111.0
• 申請日: 2018-07-27
• 公開（公告）號: CN109161543B
• 公開（公告）日: 2021-07-23
• 發明（設計）人: 林銳;濮悅
• 申請（專利權）人: 杭州瑞普基因科技有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6886;C12Q1/6806
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

1.一種用于富集低頻DNA突變的DNA探針，其特征在于，所述DNA探針與包含所述低頻DNA突變的序列互補且具有LNA修飾；

所述探針具有如下序列的至少之一：

SEQ ID NO:1～3所示的核苷酸序列，所述SEQ ID NO:1～3所示的核苷酸序列具有LNA修飾。

2.根據權利要求1所述的DNA探針，其特征在于，所述LNA修飾發生在突變位點互補核苷酸或與突變位點互補核苷酸臨近的1、2、3、4或5位的核苷酸上。

3.根據權利要求1所述的DNA探針，其特征在于，所述互補為完全互補。

4.根據權利要求1所述的DNA探針，其特征在于，所述探針進一步結合有生物素。

5.權利要求1～4任一項所述的探針在制備試劑盒中的用途，所述低頻DNA突變為癌癥相關突變，所述試劑盒用于診斷癌癥，所述癌癥為肺癌。

6.一種試劑盒，其特征在于，包括權利要求1～4任一項所述的DNA探針。

7.一種富集低頻DNA突變的方法，其特征在于，包括：

1)對DNA片段進行第一PCR擴增處理，以便獲得第一PCR擴增產物；

2)對第一PCR擴增產物進行變性處理，以便獲得變性產物；

3)將所述變性產物與權利要求1～4任一項所述的DNA探針進行雜交處理；

4)將雜交處理產物進行第二PCR擴增處理，以便獲得第二PCR擴增產物，所述第二PCR擴增產物構成低頻DNA突變集。

8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，在步驟3)之后、步驟4)之前，進一步包括：將所述雜交處理產物進行純化處理。

9.根據權利要求8所述的方法，其特征在于，所述純化處理通過鏈霉素親和性磁珠純化進行的。

10.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，所述DNA片段來源于血液游離ctDNA。

11.一種檢測低頻DNA突變的方法，所述方法不用于診斷或治療目的，其特征在于，包括：

1)根據權利要求7～10任一項所述的方法，富集預定低頻DNA突變，以便獲得預定低頻DNA突變集；

2)對所述預定低頻DNA突變集進行測序，以便獲得測序結果，所述測序結果由至少一個測序讀段構成；以及

3)將所述測序讀段與參考序列進行比對，以便確定預定低頻DNA突變位點是否存在突變。

12.根據權利要求11所述的方法，其特征在于，將所述測序讀段與參考序列進行比對后，進一步包括確定預定低頻DNA突變位點的堿基峰，所述預定低頻DNA突變位點的突變堿基峰出現在相應野生型DNA堿基峰的位置是存在預定低頻DNA突變位點的指示。

13.根據權利要求12所述的方法，其特征在于，所述預定低頻DNA突變位點的突變堿基峰出現在野生型DNA堿基峰的位置，是預定低頻DNA突變位點為點突變的指示；

所述預定低頻DNA突變位點的突變堿基峰出現在野生型DNA堿基峰的周邊位置，是預定低頻DNA突變位點為插入或缺失突變的指示。