[發明專利]一種應用于人群復雜親緣關系鑒定的無創高通量檢測方法

有效

• 申請號: 201810816125.X
• 申請日: 2018-07-24
• 公開（公告）號: CN108998507B
• 公開（公告）日: 2022-03-29
• 發明（設計）人: 黃凱鈴;陳夢麟;駱穎筠
• 申請（專利權）人: 廣州萬德基因醫學科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 譚英強

本發明公開了一種鑒定親緣關系的無創高通量檢測方法，本發明對每個染色體選取500個SNP，且SNP的MAF的頻率在0.4到0.6之間。并且是在500份中的每份區域里面選取1個MAF值在在0.4到0.6范圍的tagSNP；且在檢測過程中特殊地加入了142個線粒體SNP和37特殊基因，有利于復雜親緣關系的鑒定。SNP位點數高達11714個，大大提高了親權鑒定的有效SNP數量。本發明SNP位點覆蓋整個基因組區域的不同區域，避免了個體可能的微缺失微重復導致的大量SNP信息丟失的情況。本發明方法可適用同胞/非同胞姐妹等的親權關系的鑒定。

技術領域

本發明屬于基因工程領域和法庭科學領域，具體涉及一種應用于人群復雜親緣關系鑒定的無創高通量檢測方法，可用于無創親子關系鑒定，同時能應用于同胞/非同胞兄弟姐妹的母系追蹤，因此，特別地，本方法能適用于第三代試管嬰兒(非卵子供體受孕)的特殊的無創親子關系鑒定(僅用于為法庭糾紛提供基因證據)。同時，本方法集中捕獲中國人群的高頻SNP位點，更適合中國人群的親緣關系鑒定。

背景技術

1.親權鑒定

親權鑒定指應用醫學、生物學和人類學的方法檢測遺傳標記，并依據遺傳學理論進行分析，從而對被檢者之間是否存在生物學親緣關系所作的科學判定。親權鑒定涉及的范圍非常廣泛，即包括兩代直系間親緣關系的判定，也包括同胞間、隔代直系間，以及旁系個體(叔侄、姨甥等)間親緣關系的判定。

2.SNP及分型

SNP主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種。占所有已知多態性的90％以上。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500～1000個堿基對中就有1個，估計其總數可達300萬個甚至更多。SNP全稱Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因組上單個核苷酸的變異，包括轉換、顛換、缺失和插入，形成的遺傳標記，其數量很多，多態性豐富。從理論上來看每一個SNP位點都可以有4種不同的變異形式,但實際上發生的只有兩種，即轉換和顛換,二者之比為2：1。SNP在CG序列上出現最為頻繁，而且多是C轉換為T,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自發地脫氨成為胸腺嘧啶。一般而言,SNP是指變異頻率大于1％的單核苷酸變異。在人類基因組中大概每1000個堿基就有一個SNP,人類基因組上的SNP總量大概是3×10^6個。因此,SNP成為第三代遺傳標志,人體許多表型差異、對藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關。

3.線粒體DNA與母系遺傳

線粒體中有遺傳物質DNA，稱為母系遺傳。線粒體DNA與存在于細胞核的DNA不同，它們遺傳自雙親，而線粒體DNA只來源于母體基因。線粒體只能通過母親遺傳給孩子得從精子與卵子的生成說起。卵子和精子都是由生殖細胞(卵原細胞)經過減數分裂而成，卵原細胞通過增殖和分化形成初級卵母細胞。一個初級卵母細胞經過減數第一次分裂形成一個次級卵母細胞和一個極體(第一極體)，次級卵母細胞減數第二次分裂形成一個卵細胞和一個極體(第二極體)，最后兩個極體都死亡，只留下卵細胞。卵原細胞在兩次分裂時大部分細胞中的物質都集中在卵細胞中，只有很少的一部分留在極體中，所以極體是沒有用的，會死亡，留下卵細胞，卵細胞中細胞核，線粒體等遺傳物質和細胞器，還有營養物質，用于胎兒最初的發育。而精子的減數分裂和卵細胞是不一樣的，雖然也經歷兩次減數分裂，但是精子在分裂過程中是均勻分裂，分為四個精子，而沒有極體生產，而且在分裂過程中所有的細胞器和營養物質都會被遺棄，只留下細胞核，就是遺傳物質。簡單來說就是，女性的的生殖細胞雖然分裂的四個細胞，但只留下了一個卵子，并留下了線粒體和遺傳物質以及營養物質，卵子比較大；而男性的生殖細胞經過兩次分裂留下4個精子，但是精子中只有遺傳物質。所以卵子比較少，比較大，精子比較多比較小。

4.高通量目標區域測序