[發明專利]一種脊尾白蝦EC16 SNP標記的檢測方法

有效

• 申請號: 201810798943.1
• 申請日: 2018-07-19
• 公開（公告）號: CN108570509B
• 公開（公告）日: 2020-06-05
• 發明（設計）人: 李吉濤;李健;劉萍;陳萍
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院黃海水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 青島致嘉知識產權代理事務所(普通合伙) 37236
• 代理人: 桑丹

本發明提出用于檢測脊尾白蝦EC16位點SNP標記的引物。本發明還提出脊尾白蝦EC16位點SNP標記的檢測方法，包括如下步驟：首先提取不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA備用；利用脊尾白蝦轉錄組文庫中的含有EC16 SNP標記的核心序列，在其序列兩端設計特異性引物；使用該引物對脊尾白蝦不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA進行PCR擴增，對PCR產物進行檢測；PCR產物進行限制性內切酶酶切反應，根據出現的條帶進行分析，確定每個個體的基因型，并獲得脊尾白蝦的遺傳多態性圖譜。本發明主要應用于脊尾白蝦群體間遺傳標記、系譜認證和遺傳圖譜的構建。

技術領域

本發明屬于脊尾白蝦DNA分子遺傳標記技術，是脊尾白蝦在EC16位點遺傳多態性的SNP標記檢測方法。

背景技術

本發明做出之前，國內外僅見脊尾白蝦微衛星遺傳標記的研究報道，國內朱曉宇（2010）等報道了近緣物種中國對蝦微衛星標記對脊尾白蝦的通用性，篩選出2個通用標記。賈舒雯等（2011，2012）采用人工合成的生物素標記(AG)15探針及磁珠富集法構建了脊尾白蝦基因組微衛星富集文庫，篩選出26個多態性微衛星標記；并利用其中12個微衛星標記分析了萊州灣、海州灣、象山脊尾白蝦野生群體的遺傳多樣性。微衛星標記同樣可用來揭示不同家系群體的遺傳變化規律。如王日芳（2016）利用33個微衛星標記對脊尾白蝦3個近交家系進行了評價，揭示了近交系的遺傳特性。劉九美等（2017）利用25個微衛星標記分析了脊尾白蝦回交家系的遺傳變異規律。王佳佳等（2017）基于高通量測序開發了60個脊尾白蝦多態性微衛星標記。關于脊尾白蝦SNP標記的報道僅見李吉濤發表的利用脊尾白蝦轉錄組文章（Molecular Biology Reports, 2015）。目前GenBank中尚未見注冊的脊尾白蝦SNP標記，可用于遺傳連鎖圖譜構建和系譜識別的SNP標記的數量仍極其缺乏，國內外尚未見有脊尾白蝦SNP多態性圖譜的構建、特異性遺傳標記等方面應用的研究報道。

發明內容

本發明其目的是提出一種脊尾白蝦DNA分子遺傳標記檢測方法，主要利用建立的脊尾白蝦轉錄組文庫中含有SNP標記的核心序列，在其兩端設計特異性引物進行PCR擴增，PCR產物通過限制性內切酶進行酶切反應，從而快速地檢測脊尾白蝦每個個體在此SNP位點的遺傳變異，獲得該引物的脊尾白蝦多態性圖譜，通過圖譜直觀地檢測出每個個體的基因型。

本發明提出用于檢測脊尾白蝦EC16位點SNP標記的引物，所述正向引物序列如SEQID NO.1所示，所述反向引物序列如SEQ ID NO.2所示。

此外，本發明還提出脊尾白蝦EC16位點SNP標記的檢測方法，包括如下步驟：首先提取不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA備用；利用脊尾白蝦轉錄組文庫中的含有EC16 SNP標記的核心序列，在其序列兩端設計特異性引物；使用該引物對脊尾白蝦不同地理群或脊尾白蝦群內個體的基因組DNA進行PCR擴增，對PCR產物進行檢測；PCR產物進行限制性內切酶酶切反應，根據出現的條帶進行分析，確定每個個體的基因型，并獲得脊尾白蝦的遺傳多態性圖譜；所述特異性引物序列分別為：正向引物序列為SEQ ID NO.1所示，反向引物序列為SEQ ID NO.2所示。

進一步的，PCR擴增體系為：脊尾白蝦基因組DNA 100ng；10X PCR Buffer，2.0μL；25mmol/L Mg²⁺，2μL；Taq酶，1U；dNTP，2μL；正反引物各2μL；加滅菌水至20μL。進一步的，PCR反應程序為：94℃變性5min；94℃ 40sec，55℃ 40sec，72℃ 40sec，35個循環；72℃延伸10min，4℃保存。