[發明專利]乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群及診斷產品和應用

在審

• 申請號: 201810791877.5
• 申請日: 2018-07-18
• 公開（公告）號: CN109385474A
• 公開（公告）日: 2019-02-26
• 發明（設計）人: 周彤;胡志元;周偉慶
• 申請（專利權）人: 上海善準生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/12;C12N15/11;C12Q1/6851
• 代理公司: 上海邦德專利代理事務所(普通合伙) 31312
• 代理人: 余昌昊

1.一組乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群，其特征在于，其包括24個分子分型及遠處轉移風險評估相關基因，和1個看家基因；其中，所述24個分子分型及遠處轉移風險評估相關基因包括：基底細胞相關基因EGFR、KRT14、KRT17、KRT5、和SFRP1，雌激素受體相關基因BCL2、ESR1、NAT1、PGR和SCUBE2，HER2相關基因ERBB2和GRB7，免疫相關基因CCL5、CXCL9、GZMA、HLA-DMA和IL2RG，和增殖相關基因AURKA、BIRC5、CCNB1、CDC20、MKI67、TOP2A、UBE2C；所述看家基因為ACTB。

2.如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群作為標志物在評估乳腺癌分子分型及遠處轉移風險中的應用。

3.如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群作為標志物在制備對乳腺癌進行分子分型及評估遠處轉移風險的產品中的應用。

4.檢測如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群的基因表達水平的試劑在制備對乳腺癌進行分子分型及評估遠處轉移風險的體外診斷產品中的應用。

5.一種對乳腺癌進行分子分型及評估遠處轉移風險的體外診斷產品，其特征在于，所述體外診斷試劑包括特異性檢測如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群的基因表達水平的試劑。

6.如權利要求5所述的體外診斷產品，其特征在于，所述體外診斷產品包括檢測試劑盒、基因芯片和蛋白質陣列。

7.如權利要求6所述的體外診斷產品，其特征在于，所述檢測試劑盒為多重定量PCR檢測試劑盒，其包括擴增如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群的引物和/或探針；所述基因芯片由權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群的cDNA或寡核苷酸探針點樣于固相支持物表面制備而成。

8.如權利要求7所述的體外診斷產品，其特征在于，所述引物為Taqman引物，包括正向引物和反向引物，所述正向引物的序列如SEQ ID NO.1～25所示，所述反向引物的序列如SEQ ID NO.26～50所示；所述探針為Taqman探針，所述探針的序列如SEQ ID NO.51～75所示。

9.用于檢測如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群表達的引物和探針組，其特征在于，所述引物為Taqman引物，包括正向引物和反向引物，所述正向引物的序列如SEQ ID NO.1～25所示，所述反向引物的序列如SEQ ID NO.26～50所示；所述探針為Taqman探針，所述探針的序列如SEQ ID NO.51～75所示，其中，所述探針通過特異性地與如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群中的基因雜交來檢測出所述基因。

10.如權利要求9所述的引物和探針組在用于制備對乳腺癌進行分子分型及評估遠處轉移風險的產品中的應用。

11.如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群或如權利要求2～4、10之任一項所述的應用或如權利要求5～8之任一項所述的體外診斷產品或如權利要求9所述的引物和探針組，其特征在于，所述乳腺癌包括管腔A型、管腔B型、HER2富集型及基底細胞型。

12.一組免疫相關基因，其特征在于，其包括：CCL5、CXCL9、GZMA、HLA-DMA和IL2RG。

13.如權利要求12所述的免疫相關基因在制備評估乳腺癌遠處轉移風險的體外診斷產品中的應用。

14.一種用于非診斷目的的檢測如權利要求1所述的乳腺癌分子分型及遠處轉移風險基因群的方法，其特征在于，其包括以下步驟：

(1)利用針對不同樣本的RNA提取試劑盒提取檢測對象的總RNA；

(2)對步驟(1)所得對應每個基因的RNA進行一步法實時多重熒光定量RT-PCR檢測。

其中，步驟(2)所述一步法實時多重熒光定量RT-PCR檢測的方法為Taqman實時多重熒光定量RT-PCR，對24個靶基因和1個看家基因分成8個反應體系分別進行熒光定量RT-PCR檢測。每個反應體系包含3個靶基因和1個看家基因，4個探針分別標記不同熒光。反應體系配制如下：

如上所述RNA樣本2μl(總量100-400ng)，如上所述的4對正向、反向兩條特異性引物(10μM)各0.4μl，4個Taqman熒光探針(10μM)各0.2μl，反應混合液6μl，酶混合液4μl，DEPC水4μl；其中，逆轉錄反應在50℃15-20分鐘，預變性95℃5分鐘；擴增反應包括變性95℃10秒，退火、延伸及熒光檢測60℃45-60秒，進行45個循環，其中60℃熒光檢測通道為FAM/HEX/VIC/ROX/Cy5；擴增反應結束后，記錄每個基因的Ct值，代表了各個基因的表達水平；

其中，所述方法還包括步驟(3)，將所得檢測結果進行統計分析，根據自主開發并優化的計算方法來進行乳腺癌亞型分型，并結合增殖指數和免疫指數計算乳腺癌的遠處轉移風險。