[發明專利]無創檢測母體和胚胎遺傳異常的裝置

在審

• 申請號: 201810696892.1
• 申請日: 2018-06-29
• 公開（公告）號: CN108804873A
• 公開（公告）日: 2018-11-13
• 發明（設計）人: 王海龍;唐元華
• 申請（專利權）人: 首度生物科技（蘇州）有限公司
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18
• 代理公司: 蘇州創元專利商標事務所有限公司 32103
• 代理人: 范晴

1.一種無創檢測母體和胚胎遺傳異常的裝置，所述裝置包括：

檢測模塊:對來源母體的血漿游離DNA用全外顯子高深度測序，測序深度為平均100X～1000X；

計算模塊:從母體血漿游離DNA含量計算胚胎DNA含量,檢測母體血漿DNA中的所有DNA變異，計算每個變異的變異豐度；

具體為,檢測母體血漿DNA中的所有DNA變異，計算每個變異的變異豐度，設胚胎的DNA含量為u,母體DNA含量為1-u,用f(x|θ)＝a₁N(0,σ₁²)+a₂N(u/2,σ₂²)+a₃N(u,σ₃²)+a₄N(1-u/2,σ₄²)+a₅N((1-u)/2,σ₅²)+a₆N((1+u)/2,σ₆²)，∑a_i＝1,0<＝a_i<＝1，擬合常染色體變異豐度的分布，計算出最優擬合的參數，即得到胚胎DNA含量；其中參數的含義為:

u:孕婦血漿中胎兒DNA含量，a₁:假陽性的基因變異所占比例，a2:胎兒來自父親的基因變異所占的比例，a₃:胎兒與父母不同的純合基因變異所占的比例，a₄:母親純合且胎兒雜合的基因變異所占的比例，a₅:母親未遺傳給胎兒的雜合基因變異所占的比例，a₆:母親遺傳給胎兒的雜合基因變異所占的比例，1～σ6:每個分布模型的標準差，N是正態分布；

對比模塊一:使用計算模塊得到DNA數據檢測染色體非整倍體性，檢測數據中同時含有胚胎DNA與母體DNA，對每條染色體上的DNA片段數量計數；

判斷模塊一：從母體血漿游離DNA中識別胚胎單基因DNA上的異常；把所有檢測的DNA數據比對到人類參考基因組hg19或者hg38，找到檢測所得DNA片段在參考基因組上的位置及與參考基因組不匹配的堿基，檢測所有DNA變異，記錄每個變異的位置、堿基變化與變異豐度，根據計算模塊計算所得的參數，記胚胎純合變異豐度的分布X～N(u,σ₃²)，母體的雜合變異豐度的分布Y～N((1-u)/2,σ₅²),如果一個變異的豐度為x，計算p(X>x)與p(Y<x)，如果p(X>x)>p(Y<x)則可判定該變異來源于胚胎；

判斷模塊二：從母體血漿游離DNA中識別母體單基因DNA上的異常，和判斷模塊一相似，如果p(X>x)<p(Y<x)，則可判定該變異來源于母體。

2.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述計算模塊的公式中，或者將N正態分布換為二項分布或泊松分布。