[發(fā)明專利]circRNA_14707及其在分子輔助育種中應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810590214.7
• 申請日: 2018-06-08
• 公開（公告）號: CN108893540B
• 公開（公告）日: 2021-11-19
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 苗向陽;李嬡;解領(lǐng)麗;黃萬龍;張秀秀
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/113
• 代理公司: 北京預(yù)立生科知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11736
• 代理人: 李紅偉

本發(fā)明涉及circRNA_14707及其在分子輔助育種中應(yīng)用。本發(fā)明對大白豬和萊蕪豬皮下脂肪組織中circRNA表達(dá)情況進(jìn)行高通量測序并結(jié)合實驗室之前的miRNA和mRNA進(jìn)行整合分析，結(jié)果顯示，circRNA_14707及其相關(guān)的miRNA兩組中差異表達(dá)均非常明顯，可作為豬皮下脂肪含量檢測的分子標(biāo)志物，在預(yù)測或輔助預(yù)測豬肉品質(zhì)、選育具有不同肌肉品質(zhì)豬等領(lǐng)域具有很好的應(yīng)用前景。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及circRNA_14707及其在分子輔助育種中應(yīng)用。

背景技術(shù)

circRNA是一類由特殊選擇性剪切產(chǎn)生的環(huán)形內(nèi)源性分子，呈共價閉合的環(huán)形結(jié)構(gòu)，普遍存在于動植物組織和細(xì)胞中，含量豐富，且具有穩(wěn)定性，保守性和組織特異性。研究已證實circRNA參與動物經(jīng)濟性狀調(diào)控。Liang等在貴州迷你豬骨骼肌組織鑒定得到149circRNAs，參與肌肉發(fā)育、肌肉收縮、染色質(zhì)修飾等生物學(xué)過程，揭示circRNA參與肌肉發(fā)育和肌肉收縮調(diào)控。但是，circRNA是否參與脂肪沉積與代謝，仍不清楚。

隨著生物技術(shù)的迅速發(fā)展，利用高通量測序等先進(jìn)生物技術(shù)和信息技術(shù)手段，建立起了常規(guī)育種與分子育種相結(jié)合的平臺，使育種工作實現(xiàn)了由經(jīng)驗向科學(xué)的根本性轉(zhuǎn)變，大幅度的提高了育種效率。大白豬，作為典型的瘦肉型豬，有較低的皮下脂肪含量。而萊蕪豬肉色鮮紅，優(yōu)質(zhì)優(yōu)良，持水性良好，脂肪含量可高達(dá)10.32％。二者在脂肪沉積方面的顯著差異為脂肪代謝的機制研究提供了良好模型。

本發(fā)明對大白豬和萊蕪豬皮下脂肪組織中circRNA表達(dá)情況進(jìn)行高通量測序并結(jié)合實驗室之前的miRNA和mRNA進(jìn)行整合分析，結(jié)果顯示，circRNA_14707通過與相應(yīng)miRNA結(jié)合在脂肪沉積和脂質(zhì)代謝中發(fā)揮重要作用，為動物遺傳育種的研究提供了新靶點。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種與豬皮下脂肪相關(guān)的circRNA，命名為circRNA_14707，序列與SEQ ID NO.1具有90％以上序列同源性。

優(yōu)選的，circRNA_14707序列為SEQ ID NO.1。

一種檢測豬皮下脂肪含量的方法，包括：(1)選取豬皮下脂肪組織；(2)檢測樣品中circRNA_14707和/或其相關(guān)基因的表達(dá)量。

優(yōu)選的，相關(guān)基因為ssc-miR-1285、ssc-miR-874、或ssc-miR-874靶基因SMAD7和SCD。

本發(fā)明的目的在于提供一種檢測皮下脂肪的試劑，試劑采用測序技術(shù)、核酸雜交技術(shù)或核酸擴增技術(shù)檢測樣品circRNA_14707的表達(dá)水平。

本發(fā)明中的核酸雜交技術(shù)包括但不限于原位雜交(ISH)、微陣列和Southern或Northern印跡。

優(yōu)選的，采用高通量測序技術(shù)、探針雜交技術(shù)、基因芯片技術(shù)或熒光定量PCR技術(shù)檢測樣品circRNA_14707的表達(dá)水平。

優(yōu)選的，試劑含有與circRNA_14707雜交的探針或擴增circRNA_14707的特異性引物。

更優(yōu)選的，引物序列為SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3。

優(yōu)選的，樣品為豬皮下脂肪組織。

所述核酸擴增技術(shù)選自聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)、轉(zhuǎn)錄介導(dǎo)的擴增(TMA)、連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(LCR)、鏈置換擴增(SDA)和基于核酸序列的擴增(NASBA)。其中，PCR需要在擴增前將RNA逆轉(zhuǎn)錄成DNA(RT-PCR)，TMA和NASBA直接擴增RNA。

本發(fā)明的目的在于提供下述任意一項應(yīng)用：

circRNA_14707在預(yù)測或輔助預(yù)測豬肉品質(zhì)中的應(yīng)用；