[發(fā)明專利]一種構(gòu)建基于淋巴瘤基因檢測的高通量測序文庫的方法及其應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810587424.0
• 申請日: 2018-06-06
• 公開（公告）號: CN108823640A
• 公開（公告）日: 2018-11-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 周劍峰;何旭華;肖敏
• 申請（專利權(quán)）人: 珠海鉑華生物工程有限公司
• 主分類號: C40B50/06
• 分類號: C40B50/06;C12Q1/6869
• 代理公司: 廣州嘉權(quán)專利商標(biāo)事務(wù)所有限公司 44205
• 代理人: 俞梁清

1.一種構(gòu)建基于淋巴瘤基因檢測的高通量測序文庫的方法，其特征在于：包括以下步驟：

針對目的基因建立引物庫，利用所述引物庫中的引物獲取目標(biāo)DNA片段構(gòu)建形成所述高通量測序文庫，其中，所述目的基因包括ABL1、ACTG1、AKT1、ARID1A、ATM、ATP6AP1、ATP6V1B2、B2M、BCL10、BCL11B、BCL2、BCL6、BCOR、BIRC3、BRAF、BTG1、BTG2、BTK、CARD11、CASP10、CCND1、CCND3、CCR4、CCR7、CD28、CD58、CD70、CD79A、CD79B、CD83、CDKN1B、CDKN2A、CHD2、CNOT3、CREBBP、CRLF2、CTNNB1、CXCR4、DDX3X、DIS3、DNM2、DNMT3A、DTX1、DUSP2、EBF1、EED、EGR1、EGR2、EIF2A、EP300、ETV6、EZH2、FAM46C、FAS、FAT1、FBXW7、FGFR3、FLT3、FOXO1、FYN、GATA3、GNA13、GNAQ、GPR183、HIF1A、HIST1H1B、HIST1H1C、HIST1H1D、HIST1H1E、HNRNPA2B1、HRAS、HVCN1、ID3、IDH1、IDH2、IGLL5、IKBKB、IKZF1、IKZF3、IL7R、IRF4、ITPKB、JAK1、JAK2、JAK3、KDM6A、KIT、KLF2、KLHL6、KMT2C、KMT2D、KRAS、LTB、MAP2K1、MAP3K14、MAPK1、MAX、MED12、MEF2B、MYC、MYD88、NF1、NFE2、NFKBIE、NOTCH1、NOTCH2、NRAS、NT5C2、PAX5、PHF6、PIK3CA、PIK3R1、PIM1、PLCG1、PLCG2、POT1、POU2AF1、POU2F2、PRDM1、PRKCB、PTEN、PTPN1、PTPN11、RB1、RHOA、RPL10、RPS15、RRAGC、SAMHD1、SETD2、SF3B1、SGK1、SH2B3、SMARCA4、SMARCB1、SOCS1、STAT3、STAT5B、STAT6、TBL1XR1、TCF3、TET1、TET2、TMSB4X、TNFAIP3、TNFRSF14、TNFRSF1B、TP53、TRAF3、TRRAP、U2AF1、USP7、VAV1、VMA21、WHSC1、WT1和XPO1。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建基于淋巴瘤基因檢測的高通量測序文庫的方法，其特征在于：所述引物庫是選取所述目的基因的外顯子區(qū)域或熱點(diǎn)區(qū)域，進(jìn)行多重PCR引物設(shè)計(jì)，根據(jù)設(shè)計(jì)好的引物進(jìn)行引物合成并混合后構(gòu)建而成的。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的構(gòu)建基于淋巴瘤基因檢測的高通量測序文庫的方法，其特征在于：所述引物庫包括多對引物對，所述多對引物對中至少一對引物對的正向引物與反向引物中的特異性序列分別包含核苷酸序列如SEQ ID No.m與SEQ ID No.(m+93)所示的特異性序列，其中，m為從1到93的任意一個自然數(shù)。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的構(gòu)建基于淋巴瘤基因檢測的高通量測序文庫的方法，其特征在于：所述獲取目標(biāo)DNA片段的操作是通過多重PCR擴(kuò)增法或雜交捕獲法得到目標(biāo)DNA片段。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的構(gòu)建基于淋巴瘤基因檢測的高通量測序文庫的方法，其特征在于：所述多重PCR擴(kuò)增法的具體操作為：在每個多重PCR反應(yīng)后的裝置中，添加不同的NGS測序標(biāo)簽，然后再在兩端連接含有測序所需的接頭，并利用磁珠進(jìn)行純化，最終得到帶測序接頭的目標(biāo)DNA片段混合體，即構(gòu)建形成所述高通量測序文庫。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的構(gòu)建基于淋巴瘤基因檢測的高通量測序文庫的方法，其特征在于：所述測序標(biāo)簽采用Illumina的測序標(biāo)簽序列，其最終文庫結(jié)構(gòu)為：測序接頭I-XX-AA-測序接頭II，其中，測序接頭I和測序接頭II為Illumina測序所需的兩端接頭核苷酸序列，所述測序接頭I的核苷酸序列如SEQ ID No:187所示，所述測序接頭II的核苷酸序列如SEQID No:188所示；所述XX為不同序列的index；所述AA為PCR產(chǎn)物。