[發明專利]一種基因序列比對方法、PE配置控制器及可讀存儲介質有效
| 申請號： | 201810581126.0 | 申請日： | 2018-06-07 |
| 公開（公告）號： | CN108875301B | 公開（公告）日： | 2021-10-22 |
| 發明（設計）人： | 趙健;崔星辰;尹云峰 | 申請（專利權）人： | 鄭州云海信息技術有限公司 |
| 主分類號： | G16B30/10 | 分類號： | G16B30/10 |
| 代理公司： | 北京集佳知識產權代理有限公司 11227 | 代理人： | 羅滿 |
| 地址： | 450018 河南省鄭州市*** | 國省代碼： | 河南;41 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 基因 序列 方法 pe 配置 控制器 可讀 存儲 介質 | ||
1.一種基因序列比對方法，其特征在于，基于FPGA板卡，包括：
獲取待測基因，所述待測基因包括第一堿基序列、第二堿基序列和第三堿基序列，且所述第二堿基序列的長度值大于所述第一堿基序列的長度值，小于所述第三堿基序列的長度值；
選取PE陣列中數量值與第一堿基序列、第二堿基序列和第三堿基序列的長度值分別相同的目標PE陣列，并根據所述第一堿基序列的長度值為第二類目標PE陣列和第三類目標PE陣列設置多路選擇器的節點位置；
依次比較當前種子序列的待擴展長度值和第一堿基序列、第二堿基序列和第三堿基序列之間的長度值大小關系，將所述當前種子序列發送至滿足長度差值條件的目標PE陣列中進行擴展；
其中，第一類目標PE陣列中的PE數量值與所述第一堿基序列的長度值相同；所述第二類目標PE陣列中的PE數量值與所述第二堿基序列的長度值相同；所述第三類目標PE陣列中的PE數量值與所述第三堿基序列的長度值相同；所述將所述當前種子序列發送至滿足長度差值條件的目標PE陣列中進行擴展包括：
當所述當前種子序列的待擴展長度值小于所述第一堿基序列的長度值，將所述當前種子序列發送至所述第一類目標PE陣列中進行擴展；
當所述當前種子序列的待擴展長度值大于所述第一堿基序列的長度值，且小于所述第二堿基序列的長度值，將所述當前種子序列發送至所述第二類目標PE陣列中進行擴展；
當所述當前種子序列的待擴展長度值大于所述第二堿基序列的長度值，且小于所述第三堿基序列的長度值，將所述當前種子序列發送至所述第三類目標PE陣列中進行擴展。
2.根據權利要求1所述的基因序列比對方法，其特征在于，還包括：
判斷是否存在未分配種子序列的空閑目標PE陣列；
若是，則根據空閑目標PE陣列的PE數量值，選取符合所述長度差值條件的待分配種子序列，發送至所述空閑目標PE陣列中進行擴展。
3.根據權利要求1或2所述的基因序列比對方法，其特征在于，所述根據所述第一堿基序列的長度值為第二類目標PE陣列和第三類目標PE陣列設置多路選擇器的節點位置包括：
為所述第二類目標PE陣列設置第一多路選擇器，所述第一多路選擇器的節點位置分別設置在第k*m1，k＝1，2，3…個PE之后，m1為所述第一類目標PE陣列的PE數量值；
為所述第三類目標PE陣列設置第二多路選擇器，所述第二多路選擇器的節點位置分別設置在第k*m1，k＝1，2，3…個PE之后，和第k*m2，k＝1，2，3…個PE之后，m2為所述第二類目標PE陣列的PE數量值。
4.根據權利要求3所述的基因序列比對方法，其特征在于，所述第一類目標PE陣列的個數為多個，所述第二類目標PE陣列的個數為多個；所述第三類目標PE陣列的個數為多個。
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