[發明專利]揚子鱷微衛星多態位點、鑒定方法及特異引物序列

有效

• 申請號: 201810578028.1
• 申請日: 2018-06-05
• 公開（公告）號: CN108588240B
• 公開（公告）日: 2019-09-13
• 發明（設計）人: 方盛國;萬秋紅;馬美英;夏金全
• 申請（專利權）人: 浙江大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 杭州求是專利事務所有限公司 33200
• 代理人: 鄭海峰

本發明提供了一種揚子鱷微衛星多態位點、鑒定方法及特異引物序列，及在此基礎上篩選出的13對特異引物序列，其序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.26所示。鑒定揚子鱷微衛星多態位點的方法利用揚子鱷基因組篩選出微衛星位點及高質量引物；將揚子鱷基因組測序read數據比對到揚子鱷參考基因組鑒定INDEL，根據INDEL鑒定結果和微衛星篩選結果，篩選出具有多態性的微衛星位點。本發明所提供的13對微衛星引物，均為多態性位點，具有較強的分辨能力。利用這套微衛星引物，可經濟、快速、正確地用于揚子鱷的親子鑒定，有助于對揚子鱷種群進行家族譜系重建和信息完善，從而制定科學的管理方案指導揚子鱷的后期保護工作。

技術領域

本發明屬于揚子鱷微衛星多態位點鑒定領域，具體涉及揚子鱷微衛星多態位點、鑒定方法及特異引物序列。

背景技術

揚子鱷，俗稱土龍、豬婆龍，1996年被世界自然保護聯盟(IUCN)紅色名錄列為極危，是中國特有的珍稀爬行動物。揚子鱷曾廣泛分布于全國各地，隨著時間的推移，揚子鱷分布北界逐漸南移，時至19世紀中葉，揚子鱷主要分布于長江中下游流域。接下來的一百年，是揚子鱷種群的急速衰退期。20世紀初的一項調查顯示，野生揚子鱷已不足130條，主要集中在保護區中。

為了保護揚子鱷，使其免遭滅絕，中國政府迅速制定并實施了多項保護措施，先后在浙江長興和安徽宣城建立了揚子鱷保護、研究中心。經過數十年的努力，揚子鱷野生種群數量基本得以穩定，活動范圍亦有擴大的跡象。安徽圈養種群數量已逾萬條，且每年快速增加，長興種群數量相對較少但也超過5000條，這為野外放歸工作的開展儲備了充足的資源。

盡管如此，揚子鱷保護工作依舊面臨著諸如野生揚子鱷數目較少、棲息地片段化、圈養種群缺乏完整譜系、遺傳多樣性喪失等難題。長興揚子鱷保護區在建立之初僅有11條揚子鱷奠基者，雖然在當地居民和科研工作人員的不懈努力下，保護區揚子鱷數量逐漸增減，初級保護工作卓見成效，但是由于鱷類具有多重交配機制，保護區內存在子代與親本間的親緣關系復雜的問題。為了更好地保護揚子鱷的遺傳多樣性，揭示種群內個體間的親緣關系，需要對保護區參與繁殖的親本及子代個體進行家族譜系的重建。科學有效的指導和管理揚子鱷的繁育工作，對該種群起到更好的保護作用。