[發明專利]辣椒熟性SNP分子標記及其應用

有效

• 申請號: 201810555673.1
• 申請日: 2018-06-01
• 公開（公告）號: CN108486276B
• 公開（公告）日: 2021-01-05
• 發明（設計）人: 袁欣捷;陳學軍;方榮;周坤華
• 申請（專利權）人: 江西省農業科學院蔬菜花卉研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;陳征

本發明公開了辣椒熟性SNP分子標記及其應用，所述辣椒熟性SNP分子標記含有如SEQ ID NO.1所示的序列。本發明利用BSR?Seq(Bulked Segregant RNA?Seq)技術，快速鑒定控制始花節位的染色體位點，針對該位點特定SNP開發辣椒熟性分子標記。利用本發明提供的分子標記及其擴增引物，結合特定的限制性內切酶處理，可在子葉期快速、準確篩選出特早熟辣椒，實現辣椒熟性育種的分子標記輔助選擇，提高育種選擇效率，在辣椒熟性育種中具有重要應用價值。

技術領域

本發明涉及分子生物學及植物分子育種領域，具體地說，涉及辣椒熟性SNP分子標記及其應用。

背景技術

辣椒(Capsicum spp.)是茄科重要經濟作物，在世界各地廣泛種植，辣椒是我國主要蔬菜作物之一。辣椒植株為合軸分枝結構，主莖生長到一定時候停止生長，其頂端分生組織轉化為花序分生組織，花序分生組織在適宜的內在條件和外在環境(如日照長度和溫度)下發育為單生花，開花標志著主莖生長的終止，由側生分生組織生長發育為新枝，不久新枝又停止生長，繼續由新枝頂端的側生分生組織代替頂端分生組織生長，不斷重復形成合軸分枝。

辣椒第一朵花的著生節位稱為始花節位，一般以主莖上從子葉到第一朵花之間的真葉(節位)數來度量。始花節位是辣椒的重要熟性性狀，是辣椒品種改良的主要目標之一。始花節位低的辣椒品種往往開花坐果早，在春茬種植中能提早上市，適度規避雨水和病蟲害，降低農藥使用量，提高種植經濟效益；在秋茬種植中可規避后期低溫環境，減少設施栽培能耗。始花節位高的辣椒品種開花坐果晚，能避開上市旺季，滿足市場多樣化需求。

基于始花節位開發辣椒熟性分子標記能進行超早期選擇，加快育種進程，對辣椒熟性育種具有重要指導作用。自然變異中辣椒始花節位受少數主效基因和部分微效基因控制，同時也受溫度和光照等環境影響，為數量性狀，傳統的表型選擇精準性不高。目前已有的辣椒始花節位分子標記多與目標基因遺傳距離較遠，或在使用上局限性較大。

發明內容

為解決現有技術中存在的問題，本發明的目的是提供一種辣椒熟性分子標記及其應用。

本發明提供一種辣椒熟性分子標記，其含有位于辣椒CM334基因組(v1.55)第2號染色體142,998,685處的多態性為T/C的核苷酸序列或含有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述核苷酸序列的第457位多態性為T/C。

本發明利用BSR-seq技術發現辣椒早熟植株中一個AP2家族轉錄調控因子的起始密碼子發生突變，該特定的SNP位點的堿基由T突變為堿基C。所述特定SNP位點位于已測序辣椒CM334基因組(v1.55)第2號染色體142,998,685處，即如SEQ ID NO.1所示序列的第457位，該位點堿基為CC的純合基因型對應辣椒早熟性狀，為堿基TT的純合基因型或CT雜合基因型對應辣椒晚熟性狀。根據該SNP位點開發所述辣椒熟性分子標記。

所述辣椒熟性分子標記可以由如下引物擴增得到：

SEQ ID NO.2：TAAAAGTGGCCTAGTCCATGTCTG

SEQ ID NO.3：GCCATATCTATAGGCTTAGCCAATC

進一步地，本發明提供所述辣椒熟性分子標記的擴增引物。

優選地，其具有如下核苷酸序列：

SEQ ID NO.2：TAAAAGTGGCCTAGTCCATGTCTG

SEQ ID NO.3：GCCATATCTATAGGCTTAGCCAATC

利用本發明提供的分子標記，可以實現辣椒熟性的快速準確鑒定。

因此，本發明還提供了所述的辣椒熟性分子標記或其引物在鑒定辣椒熟性性狀中的應用。