[發明專利]核酸探針和檢測基因組片段的方法

有效

• 申請號: 201810535249.0
• 申請日: 2014-11-26
• 公開（公告）號: CN108707652B
• 公開（公告）日: 2022-04-15
• 發明（設計）人: C·O·F·達爾;J·O·埃瑞克森
• 申請（專利權）人: 蘇州新波生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6876
• 分類號: C12Q1/6876;C12Q1/6816;C12N15/11
• 代理公司: 中國貿促會專利商標事務所有限公司 11038
• 代理人: 唐宏

本文尤其提供一種處理核酸樣本的方法。在一些實施方案中，所述方法包括：a)使包含靶片段的樣本與核酸探針雜交，所述核酸探針包含：i.頭部序列和尾部序列，其中所述頭部序列和所述尾部序列在第一寡核苷酸分子的末端處；以及ii.夾板序列，所述夾板序列依次包含：與所述頭部序列互補的上游側翼序列、與所述靶片段互補的靶標互補序列以及與所述尾部序列互補的下游側翼序列；從而產生雜交產物，其中所述靶片段的末端可連接地鄰近所述第一寡核苷酸分子中的頭部序列和尾部序列的末端；以及b)將所述靶片段的末端連接至所述第一寡核苷酸分子的頭部序列和尾部序列的末端，從而產生包含所述靶片段以及所述頭部序列和尾部序列的環狀產物。還提供用于進行所述方法的探針和試劑盒。

本申請是申請日為2014年11月26日、申請號為 201480072154.X的同名申請的分案申請。

交叉引用

本申請要求2013年12月2日提交的英國申請號1321191.7的權益，所述申請以引用的方式并入本文。

發明領域

本公開涉及用于檢測生物樣本中的特定核酸序列的探針，尤其是用于在并行檢測多個特定序列的多重方法中使用的探針，并且涉及其中這類探針用于檢測核酸的片段的方法。具體地說，本公開涉及靶向來自特定染色體的DNA片段以供下游分析。

背景

人單倍體基因組包含包裝在23條染色體中的30億個堿基對，并且二倍體基因組具有在23對染色體中的60億個堿基對。現代測序技術的快速性和便利性使得許多診斷問題能夠使用個體的整個基因組或樣本中的DNA的總量的高通量測序來研究。然而，對于許多DNA診斷應用來說，僅需要研究基因組的子組，從而集中于已知與所研究的特定病癥相關的一個或多個區域。

已描述了用于在分析之前降低基因組的復雜性的許多技術。在僅需要分析基因組的單個短區的情況下，這可使用直接PCR來使用任一側上的已知區域的引物擴增序列來進行。然而，當希望擴增基因組樣本的許多區域以供分析時，擴增假象可作為在同一反應混合物中一起執行多個不同擴增的結果出現。

WO2003/044216(Parallele Bioscience,Inc.)和US20090004701A1 (MalekFaham)描述了一種多重擴增靶核酸的方法，其中常見寡核苷酸引物被連接至單鏈核酸片段內部的位點。共同引發位點被附加至多個不同靶序列中的每個以允許其化學計量擴增。

WO2005/111236(Olink AB)也描述了一種通過擴增特定靶序列鑒別人基因組中的序列的方法。所述方法涉及將基因組樣本片段化成具有至少一個確定的末端序列的片段。使全部包含引物對基序的選擇子構建體(selector construct)與所述片段相接觸。在連接之后，使用對與選擇子共有的引物對基序具有特異性的引物對并行擴增所選擇的靶序列。在WO2005/111236中描述的選擇子構建體具有與短寡核苷酸雜交的長寡核苷酸，每個選擇子構建體具有與含有靶序列的片段的限定末端序列互補的一個或兩個突出末端。使所述選擇子與靶片段接觸導致所述靶片段在一個或多個選擇子的突出末端之間的雜交。在具有兩個突出末端的單個選擇子的情況下，這種雜交產生環化構建體。在各自具有一個突出端的一對選擇子的情況下，這形成線性構建體。含有靶片段的選擇子構建體的連接和測序允許測定靶序列。因為選擇子構建體僅與含有靶序列的片段的末端部分雜交(或與一個末端部分和一個內部部分雜交)，因此所述方法允許選擇在非雜交部分中不同的靶序列，以使得每個選擇子分子能夠與多種不同的靶序列雜交。然后通過對構建體進行擴增和測序來確定精確靶標的身份。 WO2005/111236提議在分析遺傳變異性的方法中使用選擇子或使用選擇子用于DNA拷貝數測量。