[發(fā)明專利]一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法在審
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201810533210.5 | 申請(qǐng)日： | 2018-05-29 |
| 公開(kāi)（公告）號(hào)： | CN108841801A | 公開(kāi)（公告）日： | 2018-11-20 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 李兆豐;班宵逢;顧正彪;李才明;程力;洪雁 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人： | 江南大學(xué) |
| 主分類號(hào)： | C12N9/10 | 分類號(hào)： | C12N9/10 |
| 代理公司： | 哈爾濱市陽(yáng)光惠遠(yuǎn)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 23211 | 代理人： | 張勇 |
| 地址： | 214000 江*** | 國(guó)省代碼： | 江蘇;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 酶蛋白 靜電 氨基酸殘基區(qū)域 氨基酸殘基 氨基酸位點(diǎn) 進(jìn)化過(guò)程 酶活力 蛋白質(zhì)工程技術(shù) 三維空間結(jié)構(gòu) 篩選 氨基酸序列 遺傳穩(wěn)定性 分布規(guī)律 基因序列 遺傳進(jìn)化 遺傳特征 多維度 統(tǒng)計(jì)學(xué) 位置處 進(jìn)化 分析 分類 | ||
1.一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法，其特征在于，所述方法為篩選酶中所有帶電荷的氨基酸殘基作為基準(zhǔn)氨基酸殘基；
將與基準(zhǔn)氨基酸殘基的位點(diǎn)數(shù)的差值小于5的氨基酸殘基篩選出來(lái)，作為與該基準(zhǔn)氨基酸殘基相應(yīng)的備選氨基酸殘基；
基準(zhǔn)氨基酸殘基以及與該基準(zhǔn)氨基酸殘基相應(yīng)的備選氨基酸殘基之間的位置關(guān)系需至少滿足以下要求中的一個(gè)：
(1)基準(zhǔn)氨基酸殘基與備選氨基酸殘基位于同一二級(jí)結(jié)構(gòu)中；所述二級(jí)結(jié)構(gòu)包含α-螺旋或β-折疊；
(2)處于同一α-螺旋結(jié)構(gòu)中的基準(zhǔn)氨基酸殘基與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基的位點(diǎn)數(shù)差值在2-10之間；或處于同一β-折疊結(jié)構(gòu)中的基準(zhǔn)氨基酸殘基與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基的位點(diǎn)數(shù)差值不超過(guò)4；
(3)基準(zhǔn)氨基酸殘基的Cα與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基的Cα之間的距離在之間；
(4)基準(zhǔn)氨基酸殘基與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基中至少有一個(gè)為保守氨基酸殘基；
滿足上述要求的備選氨基酸殘基即為酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基；
或?qū)M足上述要求的備選氨基酸殘基進(jìn)行分析，篩選出突變后有形成鹽橋可能性的氨基酸殘基，該備選氨基酸殘基即為酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基。
2.如權(quán)利要求1所述的一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法，其特征在于，所述方法為篩選酶中所有帶電荷的氨基酸殘基作為基準(zhǔn)氨基酸殘基；
將與不含有谷氨酸的基準(zhǔn)氨基酸殘基位點(diǎn)數(shù)差值為4或5的氨基酸殘基篩選出來(lái)，作為備選氨基酸殘基；或?qū)⑴c含有谷氨酸的基準(zhǔn)氨基酸殘基位點(diǎn)數(shù)差值為3或4的氨基酸殘基篩選出來(lái)，作為備選氨基酸殘基；
基準(zhǔn)氨基酸殘基以及與該基準(zhǔn)氨基酸殘基相應(yīng)的備選氨基酸殘基之間的位置關(guān)系需至少滿足以下要求中的一個(gè)：
(1)基準(zhǔn)氨基酸殘基與備選氨基酸殘基位于同一二級(jí)結(jié)構(gòu)中；所述二級(jí)結(jié)構(gòu)包含α-螺旋或β-折疊；
(2)處于同一α-螺旋結(jié)構(gòu)中的基準(zhǔn)氨基酸殘基與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基的位點(diǎn)數(shù)差值在2-10之間；或處于同一β-折疊結(jié)構(gòu)中的基準(zhǔn)氨基酸殘基與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基的位點(diǎn)數(shù)差值不超過(guò)4；
(3)基準(zhǔn)氨基酸殘基的Cα與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基的Cα之間的距離在之間；
(4)基準(zhǔn)氨基酸殘基與以其為基準(zhǔn)刪選出來(lái)的備選氨基酸殘基中至少有一個(gè)為保守氨基酸殘基；
滿足上述要求的備選氨基酸殘基即為酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基；
或?qū)M足上述要求的備選氨基酸殘基進(jìn)行分析，篩選出突變后有形成鹽橋可能性的氨基酸殘基，該備選氨基酸殘基即為酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基。
3.如權(quán)利要求1或2所述的一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法，其特征在于，所述與酶活力是指酶的活性、熱穩(wěn)定性、pH穩(wěn)定性、最適溫度或最適pH。
4.如權(quán)利要求1-3任一所述的一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法，其特征在于，所述酶活力是指酶的熱穩(wěn)定性。
5.如權(quán)利要求1-4任一所述的一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法，其特征在于，所述保守氨基酸殘基為保守性大于70％的氨基酸殘基。
6.如權(quán)利要求1-5任一所述的一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法，其特征在于，所述分析為采用PyMol分子制圖軟件系統(tǒng)進(jìn)行分析。
7.如權(quán)利要求1-6任一所述的一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法，其特征在于，所述酶為淀粉酶。
8.權(quán)利要求1-7任一所述的一種篩選酶中與酶活力相關(guān)的氨基酸殘基的方法在改變酶的酶活力方面的應(yīng)用。
9.一種改變酶熱穩(wěn)定性的方法，其特征在于，所述方法為將應(yīng)用權(quán)利要求1-7任一所述的方法篩選得到的氨基酸殘基進(jìn)行突變。
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