[發(fā)明專利]用于基因組組裝及單體型定相的方法有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201810469575.6 | 申請日： | 2014-01-31 |
| 公開（公告）號： | CN108624668B | 公開（公告）日： | 2022-12-02 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 小R·E·格林;L·F·拉里奧 | 申請（專利權(quán)）人： | 加利福尼亞大學(xué)董事會 |
| 主分類號： | C12Q1/6869 | 分類號： | C12Q1/6869;G16B25/20;G16B30/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京安信方達知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262 | 代理人： | 楊淑媛 |
| 地址： | 美國加利*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 用于 基因組 組裝 體型 方法 | ||
1.一種方法，所述方法包括：
使樣本與交聯(lián)劑接觸，所述樣本包含與至少一種核酸結(jié)合蛋白復(fù)合的核酸分子；
將所述核酸切割成多個片段，所述多個片段包含至少第一片段和第二片段；
在多個接點處連接包含所述第一片段和所述第二片段的所述多個片段；
在所述多個接點的每一側(cè)獲得至少一些序列，以產(chǎn)生包含至少第一讀對的多個讀對；
將包含至少所述第一讀對的所述多個讀對定位至重疊群組，從而產(chǎn)生讀段定位數(shù)據(jù)；
利用所述讀段定位數(shù)據(jù)排列所述重疊群；以及
確定經(jīng)過重疊群組的路徑，所述路徑表示相對于彼此在基因組中的次序和/或定向。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法包括：
通過重疊群組裝分析因所述接點的每一側(cè)上的至少一些序列定位至共同的重疊群而排除所述第一讀對；并且，利用第二讀對確定經(jīng)過重疊群的路徑，所述路徑表示次序和/或?qū)蚪M的定向。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法包括：
在使所述樣本與所述交聯(lián)劑接觸之前，使所述樣本與抗體接觸。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法包括：
在使所述樣本與所述交聯(lián)劑接觸之后，使所述樣本與抗體接觸。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中將所述核酸切割成至少第一片段和第二片段包括使用至少一種限制性內(nèi)切酶切割所述核酸。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中將所述核酸切割成至少第一片段和第二片段包括剪切所述核酸。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中將所述核酸切割成至少第一片段和第二片段包括超聲處理所述核酸。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中使樣本與交聯(lián)劑接觸包括應(yīng)用紫外線。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中使樣本與交聯(lián)劑接觸包括使所述樣本與化學(xué)固定劑接觸。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述化學(xué)固定劑包括甲醛。
11.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中所述化學(xué)固定劑包括補骨脂素。
12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一種核酸結(jié)合蛋白包括天然染色質(zhì)組分。
13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一種核酸結(jié)合蛋白包括外源供應(yīng)的組蛋白。
14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中連接包括使用至少一些生物素標記的核苷酸補平粘性末端并連接平末端。
15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中確定所述經(jīng)過重疊群組的路徑，以使每個重疊群正好被訪問一次，所述路徑表示次序和/或?qū)蚪M的定向。
16.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中確定經(jīng)過所述重疊群組的路徑包括減少表示所述基因組混雜區(qū)域的重疊群的權(quán)重，所述路徑表示次序和/或?qū)蚪M的定向。
17.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中通過鳥槍測序法產(chǎn)生所述重疊群組。
18.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中確定經(jīng)過所述重疊群組的路徑包括單體型定相所述重疊群組，所述路徑表示次序和/或?qū)蚪M的定向。
19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的方法，其中單體型定相所述重疊群組包括鑒別多個讀對序列中的一個或多個雜合位點，其中通過鑒別含有成對的雜合位點的讀對，確定用于等位基因變異體的定相數(shù)據(jù)。
20.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述方法包括通過分析排除定位至共同的重疊群的讀對序列，以利用定位至不同重疊群的讀對確定經(jīng)過所述重疊群組的路徑，所述路徑表示次序和/或?qū)蚪M的定向。
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