[發(fā)明專利]一種基于QSAR/QEcoSAR方法聯(lián)用預(yù)測有機磷阻燃劑對斑馬魚急性毒性的方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201810466921.5 | 申請日: | 2018-05-16 |
| 公開(公告)號: | CN108733970A | 公開(公告)日: | 2018-11-02 |
| 發(fā)明(設(shè)計)人: | 楊彥;劉帥帥 | 申請(專利權(quán))人: | 常州大學 |
| 主分類號: | G06F19/00 | 分類號: | G06F19/00 |
| 代理公司: | 暫無信息 | 代理人: | 暫無信息 |
| 地址: | 213164 *** | 國省代碼: | 江蘇;32 |
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| 摘要: | |||
| 搜索關(guān)鍵詞: | 聯(lián)用 有機磷阻燃劑 急性毒性 斑馬魚 化學品 定量構(gòu)效關(guān)系 多元線性回歸 化學反應(yīng)原理 化合物分子 定量結(jié)構(gòu) 風險評價 化學硬度 環(huán)境監(jiān)管 活性關(guān)系 實驗測試 數(shù)據(jù)支持 現(xiàn)實意義 有機磷類 預(yù)測結(jié)果 最小能量 電負性 化學力 描述符 親電性 訓(xùn)練集 預(yù)測 構(gòu)建 生態(tài) 管理 | ||
1.一種基于QSAR/QEcoSAR方法聯(lián)用預(yù)測有機磷阻燃劑對斑馬魚急性毒性的方法,其特征在于,包括以下步驟:
步驟1,通過進行毒性試驗或者通過查閱毒性數(shù)據(jù)庫和相關(guān)文獻,獲得有機磷阻燃劑的水生急性毒性數(shù)據(jù):半數(shù)致死劑量LD50,半數(shù)致死濃度LC50或半數(shù)最大效應(yīng)濃度EC50;
步驟2,使用半經(jīng)驗方法,MM+(分子力學)方法產(chǎn)生初始結(jié)構(gòu),可以使用HyperChemProfessional軟件7.0版(http://www.hyper.com/Products/tabid/354)優(yōu)化有機磷阻燃劑的結(jié)構(gòu),獲得有機磷阻燃劑的分子描述符;
步驟3,將步驟1得到的毒性數(shù)據(jù)按其毒性大小抽取1/5作為驗證集數(shù)據(jù),其余為訓(xùn)練集數(shù)據(jù),訓(xùn)練集用來構(gòu)建預(yù)測模型,驗證集用來驗證模型的預(yù)測能力;
步驟4,以步驟2獲得的分子描述符為自變量,有機磷阻燃劑對斑馬魚的96h急性毒性數(shù)據(jù)的自然對數(shù)值logLC50為因變量,建立QSAR模型,最后獲得如下回歸方程:
-logLC50=18.1008+0.422(χ+η)
步驟5,對模型進行驗證和表征分為兩步:①Q(mào)SAR模型擬合優(yōu)度和穩(wěn)健性評價;②對模型進行應(yīng)用域評價,性能評價,機理解釋
步驟6,對模型進行應(yīng)用,預(yù)測新型有機磷化合物對斑馬魚的急性毒性。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于QSAR/QEcoSAR方法聯(lián)用預(yù)測有機磷阻燃劑對斑馬魚急性毒性的方法,其特征在于,所述步驟1中,搜集得到有機化合物的急性毒性值,如果一種化合物的急性毒性值有多個來源,則取其幾何平均值。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于QSAR/QEcoSAR方法聯(lián)用預(yù)測有機磷阻燃劑對斑馬魚急性毒性的方法,其特征在于,所述步驟2中,構(gòu)建有機磷阻燃劑分子結(jié)構(gòu)描述符數(shù)據(jù)集,包括電負性(χ)、化學硬度(η)、化學力及親電性(ω)、相對分子質(zhì)量(MW)、最高占有軌道能(HOMO)、最低空軌道能(LUMO)共7種參數(shù)作為分子描述符;其中,電負性(χ)用公式(1)通過基線最小電負性原理計算,化學硬度(η)以公式(2)計算,化學力以公式(3)計算,親電性(ω)以公式(4)計算,各公式如下:
公式中,HOMO是有機污染物的最高占據(jù)軌道能,LUMO是有機污染物的最低未占據(jù)軌道能。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于QSAR/QEcoSAR方法聯(lián)用預(yù)測有機磷阻燃劑對斑馬魚急性毒性的方法,其特征在于,所述步驟3中,訓(xùn)練集數(shù)據(jù)包括50個,驗證集數(shù)據(jù)包括13個,訓(xùn)練集中的有機化合物用于構(gòu)建模型,驗證集中的有機化合物用于模型構(gòu)建后的外部驗證。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于QSAR/QEcoSAR方法聯(lián)用預(yù)測有機磷阻燃劑對斑馬魚急性毒性的方法,其特征在于,所述步驟4中,以50個訓(xùn)練集的分子描述符為自變量,有機磷阻燃劑對斑馬魚的96h急性毒性數(shù)據(jù)的自然對數(shù)值logLC50為因變量,逐步回歸分析,得到模型的線性關(guān)系如下:
-logLC50=18.1008+0.422(χ+η)
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G06F19-16 ..用于分子結(jié)構(gòu)的,例如:結(jié)構(gòu)排序,結(jié)構(gòu)或功能關(guān)系,蛋白質(zhì)折疊,結(jié)構(gòu)域拓撲,用結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的藥靶,涉及二維或三維結(jié)構(gòu)的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質(zhì)組學的,例如:基因型–表型關(guān)聯(lián),不均衡連接,種群遺傳學,結(jié)合位置鑒定,變異發(fā)生,基因型或染色體組的注釋,蛋白質(zhì)相互作用或蛋白質(zhì)核酸的相互作用





