[發(fā)明專(zhuān)利]下一代利用堿基序列分析的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)方法及預(yù)測(cè)系統(tǒng)

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810448347.0
• 申請(qǐng)日: 2018-05-11
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN110070915B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-08-04
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 韓元湜;李漢星;樸仁愛(ài);柳漢碩;安世鉉;李宗源;李璽瞥;李熙真;金愛(ài)利;金廷烈;尹晟老;金渲;權(quán)善榮;金旻秀;曺正熙
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 株式會(huì)社遞希真
• 主分類(lèi)號(hào): G16B30/10
• 分類(lèi)號(hào): G16B30/10;G16B40/10;G16H50/30;G16H50/20
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11204
• 代理人: 王達(dá)佐;洪欣

1.一種下一代利用堿基序列分析的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)方法，包括：

由計(jì)算機(jī)裝置利用受試者組織的RNA測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)測(cè)定靶基因的表達(dá)量；

由所述計(jì)算機(jī)裝置向預(yù)先設(shè)定的人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)輸入所述靶基因的表達(dá)量；及

由所述計(jì)算機(jī)裝置基于所述人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的輸出值來(lái)對(duì)所述受試者推定乳腺癌預(yù)后，

所述人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)預(yù)先設(shè)定為，將多個(gè)樣品的靶基因表達(dá)量作為輸入值，輸出基于所述多個(gè)樣品的致癌類(lèi)型的復(fù)發(fā)分?jǐn)?shù)的結(jié)果，

其中所述靶基因包括：

ACTB、APOBEC3B、ASF1B、ASPM、AURKA、AURKB、BAG1、BCL2、BIRC5、BLM、BUB1、BUB1B、C14orf45、C16orf61、C7orf63、CACNA1D、CCNA2、CCNB1、CCNB2、CCNE1、CCNE2、CCT5、CD68、CDC20、CDC25A、CDC45、CDC6、CDCA3、CDCA8、CDK1、CDKN3、CENPA、CENPE、CENPF、CENPM、CENPN、CEP55、CHEK1、CIRBP、CKS2、CRIM1、CTSL2、CX3CR1、CYBRD1、DBF4、DDX39、DLGAP5、DNMT3B、DONSON、DTL、E2F1、E2F8、ECHDC2、ERBB2、ERCC6L、ESPL1、ESR1、EXO1、EZH2、FAM64A、FANCI、FBXO5、FEN1、FOXM1、GAPDH、GINS1、GRB7、GSTM1、GTSE1、GUSB、HJURP、HMMR、HN1、IFT46、KIF11、KIF13B、KIF14、KIF15、KIF18A、KIF18B、KIF20A、KIF23、KIF2C、KIF4A、KIFC1、KPNA2、LMNB1、LMNB2、LRIG1、LRRC48、LRRC59、MAD2L1、MARCH8、MCM10、MCM2、MCM6、MELK、MKI67、MLF1IP、MMP11、MYBL2、NCAPG、NCAPG2、NCAPH、NDC80、NEK2、NUP93、NUSAP1、OIP5、PBK、PDSS1、PGR、PKMYT1、PLK1、PLK4、PRC1、PTTG1、RACGAP1、RAD51、RAD51AP1、RAI2、RFC4、RPLP0、RRM2、SCUBE2、SETBP、SF3B3、SHCBP1、SHMT2、SLC25A1、SLC7A5、SPAG5、SPC25、SQLE、STARD13、STIL、STMN1、SYNC、TACC3、TFRC、TK1、TOP2A、TPX2、TRIP13、TROAP、TTK、UBE2C、UBE2S和ZWINT。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的下一代利用堿基序列分析的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)方法，其中，

所述計(jì)算機(jī)裝置以NGS方法來(lái)測(cè)定所述靶基因的表達(dá)量。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的下一代利用堿基序列分析的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)方法，其中，

所述靶基因包括用于致癌類(lèi)型復(fù)發(fā)分?jǐn)?shù)運(yùn)算的16個(gè)基因及與所述復(fù)發(fā)分?jǐn)?shù)的相關(guān)度為基準(zhǔn)值以上的附加基因，

所述附加基因選擇如下基因：對(duì)于ER受體為良性且淋巴結(jié)未轉(zhuǎn)移的樣品的多個(gè)基因分別執(zhí)行所述復(fù)發(fā)分?jǐn)?shù)和相關(guān)分析、且相關(guān)系數(shù)在基準(zhǔn)值以上的多個(gè)基因。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的下一代利用堿基序列分析的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)方法，其中，

所述RNA測(cè)序數(shù)據(jù)包括在多個(gè)樣品數(shù)據(jù)中共通表達(dá)的守恒外顯子區(qū)域。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的下一代利用堿基序列分析的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)方法，其中，

所述計(jì)算機(jī)裝置利用TMM方法將所述靶基因的表達(dá)量歸一化，并將歸一化的表達(dá)量向所述人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)輸入。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的下一代利用堿基序列分析的基于機(jī)器學(xué)習(xí)的乳腺癌預(yù)后預(yù)測(cè)方法，其中，

所述人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)包括全連接構(gòu)造(fully?connected)的三個(gè)隱藏層，對(duì)應(yīng)各層而應(yīng)用批量歸一化。