[發(fā)明專利]一種基于多基因表達(dá)特征譜的結(jié)腸癌個性化預(yù)后評估方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810440932.6
• 申請日: 2018-05-09
• 公開（公告）號: CN108320806B
• 公開（公告）日: 2022-04-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李文興;李功華;黃京飛;趙旭東;代紹興
• 申請（專利權(quán)）人: 中國科學(xué)院昆明動物研究所
• 主分類號: G16H50/30
• 分類號: G16H50/30;G16H50/50
• 代理公司: 北京權(quán)智天下知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11638
• 代理人: 王新愛

本發(fā)明公開了一種基于多基因表達(dá)特征譜的結(jié)腸癌個性化預(yù)后評估方法，包括以下步驟：獲取結(jié)腸癌預(yù)后風(fēng)險基因列表與基因權(quán)重；利用結(jié)腸癌患者腫瘤組織轉(zhuǎn)錄組和生存數(shù)據(jù)構(gòu)建預(yù)后評估模型；根據(jù)結(jié)腸癌患者腫瘤組織的基因表達(dá)譜計(jì)算患者的風(fēng)險得分；根據(jù)患者的風(fēng)險得分計(jì)算患者每年的生存概率。本發(fā)明的方法得出的結(jié)腸癌患者每年的生存概率與實(shí)際每年存活比率高度一致(線性相關(guān)R²＝0.988，P值＝7.35E?39)。證實(shí)了該方法具有很高的預(yù)測準(zhǔn)確性，與實(shí)際生存狀態(tài)高度吻合。同時，對于每個腫瘤患者，本發(fā)明可以給出該患者特有的生存概率曲線。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，具體地說，涉及一種基于多基因表達(dá)特征譜的結(jié)腸癌個性化預(yù)后評估方法。

背景技術(shù)

結(jié)腸癌是中國及全球高發(fā)的惡性腫瘤。統(tǒng)計(jì)顯示結(jié)腸直腸癌在全球男性癌癥患者中排第三，在全球女性癌癥患者中排第二。全球疾病負(fù)擔(dān)(Global Burden of Disease,GBD)數(shù)據(jù)顯示，2016年全球患有結(jié)腸直腸癌的人數(shù)達(dá)到632萬，其中中國患病人數(shù)高達(dá)147萬。2016年全球結(jié)腸直腸癌患者的死亡人數(shù)為83萬，占總死亡人數(shù)的1.52％。中國2016年死亡患者數(shù)超過16萬，占總死亡人數(shù)的1.73％。統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示，從1990年到2016年全球結(jié)腸直腸癌患病率和死亡率持續(xù)增長，中國的患病率和死亡率增長較快，尤其是近幾年中國的患病率和死亡率均超過全球平均水平。

目前國際上通用的的腫瘤分期方法是TNM分期系統(tǒng)，該系統(tǒng)是美國癌癥聯(lián)合委員會(American Joint Committee on Cancer,AJCC)提出的一種惡性腫瘤分類方法。美國國家癌癥研究所(National Cancer Institute,NCI)對TNM分期的描述為：T指主要腫瘤的大小和范圍，主要腫瘤通常被稱為原發(fā)性腫瘤。N指患有癌癥的附近淋巴結(jié)的數(shù)目。M指癌癥是否已經(jīng)轉(zhuǎn)移，即從原發(fā)性腫瘤擴(kuò)散到身體的其他部位。根據(jù)以上指標(biāo)可將惡性腫瘤大致分為I期，II期，III期和IV期，其中分期越高表示腫瘤的惡性程度越高。TNM分期系統(tǒng)對腫瘤患者的治療和預(yù)后評估有一定幫助。但是，由于不同個體中腫瘤的發(fā)生機(jī)制及體內(nèi)微環(huán)境的不同，導(dǎo)致不同患者的生存時間差異巨大，TNM分期系統(tǒng)不能很好地反映出患者的預(yù)后狀況。研究發(fā)現(xiàn)，對于某些診斷為I期的患者可能只有較短的生存期(1-2年)，然而對于一些診斷為IV期的患者可能具有較長的生存期(5年及以上)。因此，TNM分期系統(tǒng)可能更傾向于描述一個癌癥患者群體的平均水平，對個性化的診斷和治療適用性較差。另一方面，對于診斷為晚期(III期、IV期)的患者，會給患者及醫(yī)務(wù)人員造成一定的治療方案選擇困難，導(dǎo)致很多本來可以長時間生存的腫瘤患者由于過度醫(yī)療或醫(yī)療失當(dāng)而提前死亡；而另一些本應(yīng)進(jìn)行適當(dāng)治療可以延長生存的患者由于放棄治療或治療不當(dāng)同樣導(dǎo)致腫瘤患者提前死亡。

目前，有報道提出利用基因表達(dá)譜可以對腫瘤患者進(jìn)行預(yù)后評估。但是，絕大多數(shù)報道只是使用單個或數(shù)個基因，只能對一個群體進(jìn)行分類，對個體生存期只能進(jìn)行定性的劃分(如預(yù)后好、預(yù)后差兩個指標(biāo))。因此，需要建立更精細(xì)的個性化腫瘤預(yù)后評估模型來評估患者的生存時間從而選擇合適的治療方案。

發(fā)明內(nèi)容

有鑒于此，本發(fā)明提供了一種基于多基因表達(dá)特征譜的結(jié)腸癌個性化預(yù)后評估方法，該方法能夠準(zhǔn)確預(yù)測患者每年的存活概率。

為了解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明公開了一種基于多基因表達(dá)特征譜的結(jié)腸癌個性化預(yù)后評估方法，包括以下步驟：

步驟1、獲取結(jié)腸癌預(yù)后風(fēng)險基因列表與基因權(quán)重；

步驟2、利用結(jié)腸癌患者腫瘤組織轉(zhuǎn)錄組和生存數(shù)據(jù)構(gòu)建預(yù)后評估模型；

步驟3、根據(jù)結(jié)腸癌患者腫瘤組織的基因表達(dá)譜計(jì)算患者的風(fēng)險得分；

步驟4、根據(jù)患者的風(fēng)險得分計(jì)算患者每年的生存概率。

可選地，所述步驟1中的獲取結(jié)腸癌預(yù)后風(fēng)險基因列表與基因權(quán)重具體為：