[發明專利]一種基于多基因表達特征譜的胃癌個性化預后評估方法

有效

• 申請號: 201810440931.1
• 申請日: 2018-05-09
• 公開（公告）號: CN108470111B
• 公開（公告）日: 2022-01-18
• 發明（設計）人: 黃京飛;李文興;李功華;趙旭東;代紹興
• 申請（專利權）人: 中國科學院昆明動物研究所
• 主分類號: G16H50/30
• 分類號: G16H50/30;G16B20/00
• 代理公司: 北京權智天下知識產權代理事務所(普通合伙) 11638
• 代理人: 王新愛

本發明公開了一種基于多基因表達特征譜的胃癌個性化預后評估方法，包括以下步驟：獲取胃癌預后風險基因列表與基因權重；利用胃癌患者腫瘤組織轉錄組和生存數據構建預后評估模型；根據胃癌患者腫瘤組織的基因表達譜計算患者的風險得分；根據患者的風險得分計算患者每年的生存概率。本發明的方法得出的胃癌患者每年的生存概率與實際每年存活比率高度一致(線性相關R²＝0.980，P值＝1.62E?17)。證實了該方法具有很高的預測準確性，與實際生存狀態高度吻合。同時，對于每個腫瘤患者，本發明可以給出該患者特有的生存概率曲線。

技術領域

本發明屬于生物技術和醫學領域，具體地說，涉及一種基于多基因表達特征譜的胃癌個性化預后評估方法。

背景技術

胃癌是全球排名前五的惡性腫瘤。據統計，胃癌在男性人群中的發病率和死亡率高于女性，在發展中國家的發病率和死亡率高于發達國家。全球疾病負擔(Global Burdenof Disease,GBD)數據顯示，2016年全球患有胃癌的人數達到220萬，其中中國患病人數高達98萬。2016年全球胃癌患者的死亡人數為83萬，占總死亡人數的1.53％。中國2016年死亡患者數超過33萬，占總死亡人數的3.46％。統計結果顯示，從1990年到2016年全球胃癌患病率持續增長，中國患病率也持續增長且增長趨勢和全球增長趨勢相對一致。但是中國和全球胃癌患者的死亡人數近十幾年來沒有較大變化。

目前國際上通用的的腫瘤分期方法是TNM分期系統，該系統是美國癌癥聯合委員會(American Joint Committee on Cancer,AJCC)提出的一種惡性腫瘤分類方法。美國國家癌癥研究所(National Cancer Institute,NCI)對TNM分期的描述為：T指主要腫瘤的大小和范圍，主要腫瘤通常被稱為原發性腫瘤。N指患有癌癥的附近淋巴結的數目。M指癌癥是否已經轉移，即從原發性腫瘤擴散到身體的其他部位。根據以上指標可將惡性腫瘤大致分為I期，II期，III期和IV期，其中分期越高表示腫瘤的惡性程度越高。TNM分期系統對腫瘤患者的治療和預后評估有一定幫助。但是，由于不同個體中腫瘤的發生機制及體內微環境的不同，導致不同患者的生存時間差異巨大，TNM分期系統不能很好地反映出患者的預后狀況。研究發現，對于某些診斷為I期的患者可能只有較短的生存期(1-2年)，然而對于一些診斷為IV期的患者可能具有較長的生存期(5年及以上)。因此，TNM分期系統可能更傾向于描述一個癌癥患者群體的平均水平，對個性化的診斷和治療適用性較差。另一方面，對于診斷為晚期(III期、IV期)的患者，會給患者及醫務人員造成一定的治療方案選擇困難，導致很多本來可以長時間生存的腫瘤患者由于過度醫療或醫療失當而提前死亡；而另一些本應進行適當治療可以延長生存的患者由于放棄治療或治療不當同樣導致腫瘤患者提前死亡。

目前，有報道提出利用基因表達譜可以對腫瘤患者進行預后評估。但是，絕大多數報道只是使用單個或數個基因，只能對一個群體進行分類，對個體生存期只能進行定性的劃分(如預后好、預后差兩個指標)。因此，需要建立更精細的個性化腫瘤預后評估模型來評估患者的生存時間從而選擇合適的治療方案。

發明內容

有鑒于此，本發明提供了一種基于多基因表達特征譜的胃癌個性化預后評估方法，能夠準確預測胃癌患者每年的存活概率。

為了解決上述技術問題，本發明公開了一種基于多基因表達特征譜的胃癌個性化預后評估方法，

包括以下步驟：

步驟1、獲取胃癌預后風險基因列表與基因權重；

步驟2、利用胃癌患者腫瘤組織轉錄組和生存數據構建預后評估模型；

步驟3、根據胃癌患者腫瘤組織的基因表達譜計算患者的風險得分；

步驟4、根據患者的風險得分計算患者每年的生存概率。

可選地，所述步驟1中的獲取胃癌預后風險基因列表與基因權重具體為：