[發明專利]檢測染色體非整倍性的方法、裝置及系統

在審

• 申請號: 201810425695.6
• 申請日: 2018-05-07
• 公開（公告）號: CN108629152A
• 公開（公告）日: 2018-10-09
• 發明（設計）人: 曾立董;吳增丁;金歡;徐偉彬;李林森;趙陸洋;張萌;顏欽
• 申請（專利權）人: 深圳市瀚海基因生物科技有限公司
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18;G06F19/20;G06F19/28;C12M1/34;C12Q1/6869
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種檢測染色體非整倍性的方法，其特征在于，包括：

(1)對待測樣本中的至少一部分核酸進行測序，獲得包括讀段的測序結果；

(2)將所述讀段比對到第一參考序列，獲得比對結果，所述比對結果包括所述讀段定位于具體染色體的信息，所述第一參考序列為參考基因組上的比對能力為1的區域的集合，比對能力為1的區域為定位到所述參考基因組上唯一位置的區域；

(3)對于第一染色體，基于所述比對結果，確定定位到該第一染色體的讀段的量；

(4)比較所述定位到該第一染色體的讀段的量與陰性樣本中的定位到相應第一染色體的讀段的量，以判定該第一染色體的數目。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述區域的比對能力的確定包括：

以大小為L1的第一窗口對所述參考基因組進行滑窗，獲得多個所述區域，任選的，所述滑窗的步長為1bp；

將所述區域比對到所述參考基因組，基于所述區域比對到所述參考基因組的位置的數目計算該區域的比對能力；

任選的，

所述陰性樣本的數目不小于20個，任選的不小于30個；

任選的，

以如下方式確定陰性樣本中定位到相應第一染色體的讀段的量：

以陰性樣本替代待測樣本進行(1)-(3)，以確定定位到該陰性樣本的第一染色體的讀段的量；

以多個陰性樣本的第一染色體的讀段的量的均值作為陰性樣本中定位到相應第一染色體的讀段的量；

任選的，

所述第一參考序列為去除了下表所示區域的人參考基因組hg19序列中的至少一部分：

任選的，

所述第一參考序列為去除了符合以下條件的第二窗口對應的區域的參考基因組的至少一部分：該第二窗口的測序深度不小于所有第二窗口的測序深度的平均值的4倍，任選的，該第二窗口的測序深度不小于所有第二窗口的測序深度的平均值的6倍；

所述第二窗口通過利用大小為L2的窗口對所述參考基因組進行滑窗獲得，任選的，所述滑窗的步長為L2，所述第二窗口的測序深度為比對上該第二窗口的讀段的數目與該第二窗口大小的比值；

任選的，

所述第一參考序列為對參考基因組上第二窗口對應的區域進行以下處理的參考基因組的至少一部分進行以下處理：對百分位數大于98的第二窗口的測序深度賦值為百分位數等于98的第二窗口的測序深度，任選的，對百分位數大于99的第二窗口的測序深度賦值為百分位數等于99的第二窗口的測序深度；

所述第二窗口通過利用大小為L2的窗口對所述參考基因組進行滑窗獲得，任選的，所述滑窗的步長為L2，所述第二窗口的測序深度為比對上該第二窗口的讀段的數目與該第二窗口大小L2的比值；

任選的，

所述方法包括，在進行步驟(3)之前，進行如下(i)-(iii)中至少一項：

(i)去除所述測序結果中的長度不大于預定長度的讀段；

(ii)去除所述比對結果中非定位到第一參考序列唯一位置的讀段；

(iii)去除所述比對結果中錯誤率不小于預定錯誤率的讀段，讀段的錯誤率為比對后該讀段上為插入、缺失和錯配的堿基中的至少一種所占的比例。