[發明專利]水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7DOD

有效

• 申請號: 201810409288.6
• 申請日: 2018-05-02
• 公開（公告）號: CN108570515B
• 公開（公告）日: 2021-08-31
• 發明（設計）人: 徐建龍;黎志康;孟麗君;王蕓;趙秀琴;崔彥茹;陳凱;申聰聰
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院作物科學研究所;中國農業科學院深圳農業基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 成都方圓聿聯專利代理事務所(普通合伙) 51241
• 代理人: 胡文莉

本發明公開了水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7^DOD的分子標記，為采用引物對RM20621以帶有秈稻品種Doddi血緣的育種材料基因組DNA為模版擴增出來的185bp核苷酸序列；引物對RM20621的正向引物序列如SEQ ID No.1所示，引物對RM20621的反向引物序列如SEQ ID No.2所示。本發明的分子標記可用于孕穗期育種群體的基因型選擇，有效地鑒別帶有該基因的耐冷個體，便于及時的雜交轉育，加快育種進程。

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7^DOD的分子標記。

背景技術

冷害是造成水稻產量損失、限制水稻種植分布的最重要非生物脅迫因素之一。當前，冷害頻繁發生，在中國每年因冷害造成的損失高達300–500萬噸。分子遺傳學研究表明，水稻對低溫的抗性是受多基因控制的數量性狀。與種子發芽期、苗期等時期相比，水稻在孕穗期(生殖期)耐冷性非常重要。迄今，已有108個孕穗期(生殖期)耐冷QTL被鑒定出來，可解釋的表型變異率從0.8％to 37.8％。在這108個QTL中,只有qCT8、qCTB7、qCTB3、 qCT-3-2、qLTB3和qCTB10-2等少數被精細定位，僅Ctb1和CTB4a兩個基因被克隆。上述促使水稻在孕穗期具有耐冷性的等位基因主要來源于自然變異，這些基因的定位和克隆有助于我們了解水稻對低溫抗性遺傳基礎，但目前可供利用的孕穗期耐冷優良基因非常匱乏。因此，挖掘優異的耐冷等位基因具有重要意義。

過去幾十年來，基于雙親本衍生群體的連鎖作圖是定位基因的常用策略。但雙親本衍生群體定位到的QTL，只能比較每個基因位點2個親本間的等位基因效應，無法鑒定出種質資源中存在的更優的有利等位基因，更為重要的是定位群體與育種群體的相互脫節，導致定位群體中定位到的QTL由于存在遺傳背景效應，在實際育種群體中很難應用。近年來，利用多個親本構建遺傳上相互關聯的高代互交系(multi-parents advancedgeneration inter-cross, MAGIC)群體及不同品種導入同一優良品種背景構建的重組自交系(Nested association mapping，NAM)或回交導入系(Backcross introgressionline,BIL)群體，在QTL定位和有利基因定位方面有越來越多的應用實例。多親本群體克服了雙親本群體無法挖掘有利等位基因的缺陷，而且可以比較QTL在不同遺傳背景的表達情況，同時能較好地解決QTL定位與育種群體脫節的問題。

利用大規模回交策略開展分子遺傳與分子育種相結合研究是本課題組的優勢之一。通過該策略，我們將不同來源的種質資源導入到優良品種背景，結合對非生物逆境如旱、鹽、冷等脅迫，培育抗逆極端選擇導入系群體，用于抗逆目標性狀的QTL定位。在此基礎上，根據目標選擇性狀表型及帶有的QTL有利等位基因信息，開展分子標記輔助設計聚合育種，實現了不同抗旱基因、耐鹽基因、耐低氮基因及抗旱與耐低氮基因的聚合，創制出一批耐不同非生物境逆的水稻種質材料。同時，開發了利用相同背景同一目標性狀的多個極端選擇導入系群體聯合偏分離檢測目標性狀QTL的方法，大大減少了假陽性，提高了QTL的檢測效率和可靠性。

發明內容

本發明所要解決的技術問題為：提供一種水稻孕穗期耐冷基因的分子標記。

本發明的技術方案為：水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7^DOD的分子標記，為采用引物對RM20621以帶有秈稻品種Doddi血緣的育種材料基因組DNA為模版擴增出來的185bp核苷酸序列；引物對RM20621的正向引物序列為：AAGGAATCCGCTCGAATCAACC(SEQ ID No.1所示)，引物對RM20621的反向引物序列為：CTCCTCCTCCTGCAACAACAACG (SEQ ID No.2所示)。

水稻孕穗期耐冷基因qCT6.7^DOD的分子標記的特異性引物對，該特異性引物對正向引物序列如SEQ ID No.1所示，反向引物序列如SEQ ID No.2所示。