[發明專利]一種利用數字PCR鑒定單拷貝基因突變基因型的方法

在審

• 申請號: 201810388580.4
• 申請日: 2018-04-26
• 公開（公告）號: CN108384843A
• 公開（公告）日: 2018-08-10
• 發明（設計）人: 祝令香;朱宏艷;楊文軍;王勇斗
• 申請（專利權）人: 新羿制造科技（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12Q1/6851;C12Q1/6881
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種利用數字PCR鑒定單拷貝基因突變基因型的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：

步驟一：對樣品的待測單拷貝基因突變位點設計數字PCR擴增引物和探針；

步驟二：對樣品的單拷貝管家基因設計數字PCR擴增引物和探針；

步驟三：對步驟一的突變位點和步驟二的管家基因進行雙通道的雙重數字PCR反應；和

步驟四：通過單拷貝基因突變位點的數字PCR反應擴增有無確定待測樣品是否存在所述單拷貝基因突變位點；如果存在所述單拷貝基因突變位點，通過比較待測單拷貝基因和單拷貝管家基因的拷貝數來鑒定待測單拷貝基因的基因型。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括以下步驟：如果待測單拷貝基因的拷貝數和單拷貝管家基因的拷貝數的比值在1±15％范圍內，則判定待測單拷貝基因為純合型；如果待測單拷貝基因的拷貝數和單拷貝管家基因的拷貝數比值在0.5±15％范圍內，則判定單拷貝基因為雜合型。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括以下步驟：如果待測單拷貝基因的拷貝數和單拷貝管家基因的拷貝數的比值在理論值1的90％以上的置信區間內，則判定待測單拷貝基因為純合型；如果待測單拷貝基因的拷貝數和單拷貝管家基因的拷貝數比值在理論值0.5的90％以上置信區間內，則判定單拷貝基因為雜合型。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述方法還包括以下步驟：如果待測單拷貝基因的拷貝數和單拷貝管家基因的拷貝數的比值在理論值1的95％的置信區間內，則判定待測單拷貝基因為純合型；如果待測單拷貝基因的拷貝數和單拷貝管家基因的拷貝數比值在理論值0.5的95％置信區間內，則判定單拷貝基因為雜合型。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述待測單拷貝基因選自GJB2、SLC26A4、MTRNR1、GJB3、HBA1、HBA2、HBB、PAH、HLA、TRIO、SMN1、DMD中的任一個；和/或單拷貝管家基因選自ACTB、ALDOA、GAPD、NPGK1、LDHA、RPS27A、RPL19、RPL11、NONO、ARHGDIA、RPPH1、GAPDH、NAGK、TUFMP1、LINE1、UBBP4和EFTUD2中的任一個。

6.根據權利要求5所述的方法，所述待測單拷貝基因是HLA-B27，和/或所述單拷貝管家基因是RPPH1、GAPDH或NAGK。

7.根據權利要求6所述的方法，所述待測單拷貝基因是HLA-B27突變位點的數字PCR擴增的上游引物選自SEQ ID NOs：1-9中的任一個；下游引物選自SEQ ID NOs：10-12中的任一個；和檢測探針選自SEQ ID NOs：13-16中的任一個。

8.根據權利要求7所述的方法，所述檢測探針5’端標記熒光染料，優選的是FAM或VIC熒光染料；和3’端標記MGB。

9.根據權利要求6所述的方法，所述單拷貝管家基因的數字PCR擴增的上游引物選自SEQ ID NOs：17、19、21中的任一個；下游引物選自SEQ ID NOs：18、20、22中的任一個；和檢測探針選自SEQ ID NOs：23-25中的任一個。

10.根據權利要求9所述的方法，所述檢測探針5’端標記熒光染料，優選的是VIC或TET熒光染料；和3’端標記MGB或BHQ1。