[發(fā)明專利]大豆抗炸莢主效QTLqPD05及其定位方法和應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810375333.0
• 申請日: 2018-04-24
• 公開（公告）號: CN108441576B
• 公開（公告）日: 2019-05-07
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 邱麗娟;韓德志;韓佳楠;閆洪睿;蘇伯鴻
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京高沃律師事務(wù)所 11569
• 代理人: 劉奇

1.用于大豆抗炸莢主效QTLqPD05的分子標(biāo)記的擴增引物，其特征在于，所述主效QTL被定位在大豆第5號染色體上，物理位置在40448596-40703417之間；

所述40448596-40703417的遺傳距離為29.653～30.04cM；

所述分子標(biāo)記的擴增引物包括正向引物和反向引物；所述正向引物具有如序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；所述反向引物具有如序列表中SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

2.大豆抗炸莢主效QTLqPD05的定位方法，其特征在于，包括以下步驟：

(1)以炸莢大豆和抗炸莢大豆為親本構(gòu)建第五代和第六代重組自交系，將炸莢大豆、抗炸莢大豆與所述第五代重組自交系同時播種，將炸莢大豆、抗炸莢大豆與所述第六代重組自交系同時播種，得到兩年的炸莢大豆、抗炸莢大豆和重組自交系大豆樣本；

(2)分別提取兩年的炸莢大豆、抗炸莢大豆和重組自交系大豆樣本的DNA，得到炸莢大豆、抗炸莢大豆和重組自交系大豆的基因組DNA；

(3)利用所述炸莢大豆、抗炸莢大豆和重組自交系大豆的每個樣本基因組DNA分別構(gòu)建SLAF文庫，將構(gòu)建的SLAF文庫單獨測序，得到原始測序數(shù)據(jù)；

(4)對所述原始測序數(shù)據(jù)進行過濾，選擇每個reads中間4～103bp作為分析數(shù)據(jù)；

(5)將所述分析數(shù)據(jù)比對到參考基因組，每個reads的雙端比對到同一個位置的reads為同一個SLAF標(biāo)簽，然后根據(jù)等位基因數(shù)和基因序列之間的差異對所述SLAF標(biāo)簽進行多態(tài)性分析，得到多態(tài)性SLAF標(biāo)簽；

(6)將所述多態(tài)性SLAF標(biāo)簽進行過濾，得到篩選后的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽；

所述過濾是刪除具有以下情況的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽：

a.所述親本測序深度10×以下的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽；

b.含大于5個SNP位點的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽；

c.不足以覆蓋所有子代70％的基因型個體的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽；

(7)將所述篩選后的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽與參考基因組比對定位，所述篩選后的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽定位到20條染色體，以每個染色體作為連鎖群，計算每個連鎖群上相鄰的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽間的遺傳距離，得到高密度遺傳圖譜；

(8)根據(jù)高密度遺傳圖譜采用完備區(qū)間作圖法，對兩年的大豆炸莢表型與炸莢性狀的相關(guān)性進行QTL定位，得到大豆抗炸莢主效QTL區(qū)間qPD05；

所述主效QTL被定位在大豆第5號染色體上，物理位置在40448596-40703417之間；

所述40448596-40703417的遺傳距離為29.653～30.04cM。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步驟(2)中重組自交系大豆樣本的數(shù)量為200～300個。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步驟(1)中炸莢大豆作為父本；所述抗炸莢大豆作為母本。

5.根據(jù)權(quán)利要求2或4所述的定位方法，其特征在于，所述炸莢大豆的品種為黑河18號；所述抗炸莢大豆的品種為黑河43號。

6.根據(jù)權(quán)利要求2所述的定位方法，其特征在于，步驟(3)中單獨測序時，炸莢大豆SLAF文庫的測序深度為39.74×；抗炸莢大豆SLAF文庫的測序深度為34.87×；重組自交系大豆SLAF文庫的測序深度為12.35×。

7.根據(jù)權(quán)利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步驟(4)中過濾的標(biāo)準(zhǔn)如下：過濾掉含有接頭序列的reads；過濾掉N含量超過該條read長度比例10％的reads。

8.根據(jù)權(quán)利要求2所述的定位方法，其特征在于，所述步驟(7)中在遺傳距離計算前還包括對所述多態(tài)性SALF標(biāo)簽進行第二過濾；所述第二過濾的標(biāo)準(zhǔn)是通過計算兩兩多態(tài)性SLAF標(biāo)簽之間的MLOD值，過濾掉MLOD值均低于5的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽。

9.權(quán)利要求1所述大豆抗炸莢主效QTLqPD05的分子標(biāo)記的擴增引物在擴增大豆抗炸莢主效QTLqPD05的分子標(biāo)記中的應(yīng)用。