[發(fā)明專利]動態(tài)搜索變異基因的方法、裝置及計算機可讀存儲介質(zhì)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810348557.2
• 申請日: 2018-04-18
• 公開（公告）號: CN108647496B
• 公開（公告）日: 2019-07-02
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 詹尼卡·王;龔雪;魏亮
• 申請（專利權(quán)）人: 成都仕康美生物科技有限公司
• 主分類號: G16B40/00
• 分類號: G16B40/00;G16B50/00
• 代理公司: 成都市集智匯華知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 51237
• 代理人: 李華;溫黎娟

1.一種動態(tài)搜索變異基因的方法，其特征在于，所述方法包括：

S1：獲取某種疾病類型的若干個病人基因數(shù)據(jù)集；

S2：統(tǒng)計各個所述病人基因數(shù)據(jù)集中的各個基因是否存在變異情況；其中，構(gòu)建一個行數(shù)等于基因總個數(shù)，列數(shù)等于病人基因數(shù)據(jù)集總個數(shù)的矩陣，每一行代表一個基因在各個病人基因數(shù)據(jù)集中的變異情況，每一列代表一個病人基因數(shù)據(jù)集中各個基因的變異情況；依次判斷各個病人基因數(shù)據(jù)集中的各個基因是否存在變異情況，若已變異，則將該病人基因數(shù)據(jù)集與該基因相交位置的矩陣值設(shè)為第一預設(shè)值，若未變異，則設(shè)為第二預設(shè)值；統(tǒng)計完所有的病人基因數(shù)據(jù)集中的各個基因是否存在變異情況后結(jié)束；

S3：計算各個所述基因在所述若干個病人基因數(shù)據(jù)集中的已變異頻率；其中，計算各個基因在若干個病人基因數(shù)據(jù)集中存在變異情況的變異總個數(shù)；將計算出的各個基因的變異總個數(shù)分別除以病人基因數(shù)據(jù)集的總個數(shù)獲得各個基因在若干個病人基因數(shù)據(jù)集中的已變異頻率；

S4：篩選所述已變異頻率最高的基因添加到變異基因列表中，刪除該基因以及刪除包含該基因已變異情況的病人基因數(shù)據(jù)集；其中，根據(jù)算出的各個基因的已變異頻率，將所有基因按已變異頻率降序排序；刪除排名第一的基因行以及刪除包含該基因已變異情況的病人基因數(shù)據(jù)集列；

S5：判斷所述若干個病人基因數(shù)據(jù)集是否刪除完畢，若否，則計算剩下的各個基因在剩下的病人基因數(shù)據(jù)集中的已變異頻率，返回S4；若是，則進入S6；

S6：輸出所述變異基因列表。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的動態(tài)搜索變異基因的方法，其特征在于，所述獲取某種疾病類型的若干個病人基因數(shù)據(jù)集的方法，包括：

從基因數(shù)據(jù)庫獲取某種疾病類型的若干個病人基因數(shù)據(jù)集，所述基因數(shù)據(jù)庫采用外顯子測序技術(shù)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的動態(tài)搜索變異基因的方法，其特征在于，所述篩選已變異頻率最高的基因添加到變異基因列表中的方法，包括：

當篩選出的已變異頻率最高的基因為多個時，將所述基因與基因臨床可行數(shù)據(jù)庫的基因目錄和/或基因功能注釋數(shù)據(jù)庫的基因目錄進行比對；

將基因臨床可行數(shù)據(jù)庫的基因目錄和/或基因功能注釋數(shù)據(jù)庫的基因目錄中已存在的基因作為篩選出的已變異頻率最高的基因添加到變異基因列表中。

4.一種動態(tài)搜索變異基因的裝置，其特征在于，所述裝置包括：

獲取模塊，用于獲取某種疾病類型的若干個病人基因數(shù)據(jù)集；

統(tǒng)計模塊，用于統(tǒng)計各個病人基因數(shù)據(jù)集中的各個基因是否存在變異情況；其中，構(gòu)建一個行數(shù)等于基因總個數(shù)，列數(shù)等于病人基因數(shù)據(jù)集總個數(shù)的矩陣，每一行代表一個基因在各個病人基因數(shù)據(jù)集中的變異情況，每一列代表一個病人基因數(shù)據(jù)集中各個基因的變異情況；依次判斷各個病人基因數(shù)據(jù)集中的各個基因是否存在變異情況，若已變異，則將該病人基因數(shù)據(jù)集與該基因相交位置的矩陣值設(shè)為第一預設(shè)值，若未變異，則設(shè)為第二預設(shè)值；統(tǒng)計完所有的病人基因數(shù)據(jù)集中的各個基因是否存在變異情況后結(jié)束；

計算模塊：用于計算各個基因在若干個病人基因數(shù)據(jù)集中的已變異頻率；其中，計算各個基因在若干個病人基因數(shù)據(jù)集中存在變異情況的變異總個數(shù)；將計算出的各個基因的變異總個數(shù)分別除以病人基因數(shù)據(jù)集的總個數(shù)獲得各個基因在若干個病人基因數(shù)據(jù)集中的已變異頻率；

篩選模塊，用于篩選已變異頻率最高的基因添加到變異基因列表中，刪除該基因以及刪除包含該基因已變異情況的病人基因數(shù)據(jù)集；其中，根據(jù)算出的各個基因的已變異頻率，將所有基因按已變異頻率降序排序；刪除排名第一的基因行以及刪除包含該基因已變異情況的病人基因數(shù)據(jù)集列；

判斷模塊，用于判斷若干個病人基因數(shù)據(jù)集是否刪除完畢，若否，則計算剩下的各個基因在剩下的病人基因數(shù)據(jù)集中的已變異頻率，返回篩選模塊；若是，則進入輸出模塊；

輸出模塊，用于輸出變異基因列表。

5.一種動態(tài)搜索變異基因的裝置，其特征在于，包括：

存儲器，用于存儲計算機程序；

處理器，用于執(zhí)行所述計算機程序以實現(xiàn)如權(quán)利要求1至3中任一項所述動態(tài)搜索變異基因的方法的步驟。

6.一種計算機可讀存儲介質(zhì)，其特征在于，所述計算機可讀存儲介質(zhì)存儲有計算機程序，所述計算機程序被處理器執(zhí)行時實現(xiàn)如權(quán)利要求1至3中任一項所述動態(tài)搜索變異基因的方法的步驟。