[發明專利]與谷子脖長性狀相關的SNP標記及其檢測引物和應用

有效

• 申請號: 201810339807.6
• 申請日: 2018-04-16
• 公開（公告）號: CN108660240B
• 公開（公告）日: 2021-12-21
• 發明（設計）人: 趙治海;張曉磊;范光宇;李雙東;張耕耘;王峰;馮小磊;王德權;史高雷
• 申請（專利權）人: 張家口市農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭家恩

本申請公開了一種與谷子脖長性狀相關的SNP標記及其檢測引物和應用。本申請與谷子脖長性狀相關的SNP標記，該SNP標記位于第一條染色體第32154418bp至第32344151bp的bin標記內，SNP標記與谷子脖長緊密連鎖。本申請與谷子脖長性狀相關的SNP標記，可以用于谷子脖長性狀的分子標記輔助育種，通過該SNP標記檢測可以預測谷子脖長，為實現谷子脖長性狀的早期鑒定或篩選育種提供了科學依據，對加快谷子品種的遺傳選育或改良進程具有重要的理論和實踐指導意義。本申請檢測SNP標記的引物對，可以對谷子脖長進行分型，檢測SNP表達的差異。

技術領域

本申請涉及谷子育種技術領域，特別是涉及一種與谷子脖長性狀相關的 SNP標記及其檢測引物和應用。

背景技術

我國是谷子的原產地和世界上栽培面積最大、產量最高的國家，產量約占全世界總量的80％。同時，我國也是谷子遺傳資源數量最多、多樣性最豐富的國家。

多項研究表明，作物的穗莖長與植株抗旱性、穗花數呈明顯的正相關作用。因此谷子脖長等指標是影響谷子抗性和產量的重要因子，研究與控制谷子脖長等產量性狀相關的基因及其位置功能等，對于指導谷子遺傳育種具有重要的意義。

單核苷酸多態性(singlenucleotide polymorphism，SNP)是基因組水平上由單個核苷酸堿基的變異引起的DNA序列多態性，其在基因組中數量多，分布廣泛，遺傳穩定性好。隨著基因測序技術的發展和成本的降低，對不同個體同一基因或基因片段進行直接測序和序列比較，就能夠確定堿基是否存在變異。因此，SNP檢測有利于基因分型，適用于快速和規模化地篩查未知或已知SNP與某遺傳性狀的關系。

目前關于谷子數量性狀相關的QTL定位和SNP標記研究主要集中于SSR 標記的開發利用等途經，而利用群體自交系簡并基因組測序檢測多態性的SNP 分子標記的開發應用研究尚未有報道。因此，開展谷子數量性狀SNP分子標記的開發，并建立輔助選育體系，對于提高谷子產量，節約育種成本具有重要意義。

發明內容

本申請的目的是提供一種新的與谷子脖長性狀相關的SNP標記及其檢測引物和應用。

為了實現上述目的，本申請采用了以下技術方案：

本申請的一方面公開了一種與谷子脖長性狀相關的SNP標記，該SNP標記位于第一條染色體第32154418bp至第32344151bp的bin標記內，并且，SNP 標記與谷子脖長緊密連鎖。

需要說明的是，本申請經過研究發現了一段與谷子脖長緊密連鎖的序列，這段序列內的SNP標記直接影響谷子脖長性狀，這段序列即第一條染色體第 32154418bp至第32344151bp的bin標記。

進一步的研究發現，第一條染色體第32154418bp至第32344151bp的bin標記中，尤其是SNP標記的堿基為T或C，與谷子脖長緊密連鎖。

本申請的一種實現方式中，具體披露了其中一個SNP標記，即NL-01-805 位點，NL-01-805位點所在的序列如Seq ID No.1所示，NL-01-805位點是Seq ID No.1所示序列中自5’端起第104位堿基。

需要說明的是，第一條染色體第32154418bp至第32344151bp的bin標記與谷子脖長緊密連鎖，其中可能包含眾多SNP標記，NL-01-805位點只是本申請的一種實現方式中證實的與谷子脖長性狀相關的SNP標記，在本申請的指導下，不排除在該bin標記內還有其它的SNP標記。

優選的，本申請與谷子脖長性狀相關的SNP標記，對SNP標記，利用復合區間作圖法，采用5％的總體顯著水平，QTL檢測的LOD值為4.1534，表型變異解釋率為3.36％。

本申請的另一面公開了一種檢測本申請的SNP標記的引物對，該引物對的上游引物為Seq ID No.2所示序列，下游引物為Seq ID No.3所示序列；