[發(fā)明專利]基于NGS技術(shù)的糞便DNA結(jié)直腸腫瘤多基因預(yù)測模型

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810272503.2
• 申請日: 2018-03-29
• 公開（公告）號: CN108251532B
• 公開（公告）日: 2021-12-28
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 毛瑞芳;陳璟;王云霞;王君;秦楠
• 申請（專利權(quán)）人: 上海銳翌生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12M1/00;C12M1/34
• 代理公司: 北京清亦華知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

1.檢測KRAS基因SEQ ID NO:1中的第120位至第125位堿基突變水平的試劑和檢測NDRG4基因SEQ ID NO:2中第6個(gè)和第10個(gè)CpG島甲基化連鎖水平的試劑在制備確定待測樣本中是否存在結(jié)直腸腫瘤細(xì)胞的試劑中的用途，其特征在于，

所述檢測KRAS基因SEQ ID NO:1中的第120位至第125位堿基突變水平的試劑和所述檢測NDRG4基因SEQ ID NO:2中第6個(gè)和第10個(gè)CpG甲基化連鎖水平的試劑通過測序技術(shù)實(shí)現(xiàn)，

包括：

分別獲得待測樣本的KRAS基因和NDRG4基因，并將所述NDRG4基因進(jìn)行甲基化處理；

分別對所述KRAS基因和經(jīng)甲基化處理的NDRG4基因進(jìn)行測序，獲得KRAS基因測序結(jié)果和NDRG4基因測序結(jié)果；

將所述KRAS基因測序結(jié)果中第一目標(biāo)靶點(diǎn)位置的基因序列與第一參考序列進(jìn)行第一比對，計(jì)算出KRAS基因突變率，所述第一目標(biāo)靶點(diǎn)為SEQ ID NO:1中第120位至第125位堿基，所述第一參考序列為SEQ ID NO:1；

將所述NDRG4基因測序結(jié)果中第二目標(biāo)靶點(diǎn)位置的基因序列與第二參考序列進(jìn)行第二比對，計(jì)算出NDRG4基因甲基化連鎖比率，所述第二目標(biāo)靶點(diǎn)為SEQ ID NO:2中第6個(gè)和第10個(gè)CpG島甲基化連鎖水平，所述第二參考序列為SEQ ID NO:2；

基于所述KRAS基因突變率和NDRG4基因甲基化連鎖比率，采用邏輯回歸算法建立檢測模型，確定所述待測樣本是否存在結(jié)直腸腫瘤細(xì)胞；

基于下列標(biāo)準(zhǔn)，確定所述待測樣本是否存在結(jié)直腸腫瘤細(xì)胞：

KRAS基因突變率大于0.0021且NDRG4基因甲基化連鎖比率大于0.00115，是所述待測樣本存在結(jié)直腸腫瘤細(xì)胞的指示；

KRAS基因突變率不大于0.0021或NDRG4基因甲基化連鎖比率不大于0.00115，是所述待測樣本不存在結(jié)直腸腫瘤細(xì)胞的指示；

所述待測樣本來源于糞便。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其特征在于，所述結(jié)直腸腫瘤細(xì)胞為人源腸道上皮腫瘤細(xì)胞。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其特征在于，所述甲基化處理是采用亞硫酸氫鹽進(jìn)行的。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其特征在于，分別獨(dú)立地將所述KRAS基因和經(jīng)甲基化處理的NDRG4基因進(jìn)行測序所得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制、過濾、比對、拼接以及質(zhì)量值校正，以便獲得所述KRAS基因測序結(jié)果和NDRG4基因測序結(jié)果。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用途，其特征在于，所述測序的測序深度不少于20000×。