[發(fā)明專(zhuān)利]一種基于序列比對(duì)的分析DNA突變類(lèi)型的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810264214.8
• 申請(qǐng)日: 2018-03-28
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN108573128B
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-08-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 高瑞;趙宇晴
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 山東大學(xué)
• 主分類(lèi)號(hào): G16B20/20
• 分類(lèi)號(hào): G16B20/20
• 代理公司: 濟(jì)南圣達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 37221
• 代理人: 王志坤

1.一種基于序列比對(duì)的分析DNA突變類(lèi)型的方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟1：在所述計(jì)算機(jī)中輸入野生型DNA1和突變型DNA2序列；

步驟2：比對(duì)野生型DNA1和突變型DNA2序列，確定第一個(gè)不同的突變堿基i，并比對(duì)i后三位堿基i+1、i+2和i+3是否相同，若DNA1和DNA2中i+1～i+3三位堿基比對(duì)相同轉(zhuǎn)步驟3；若不同則轉(zhuǎn)步驟4；

步驟3：判斷突變堿基i是否導(dǎo)致終止密碼子的形成，是則判斷突變類(lèi)型為無(wú)意義突變，計(jì)算機(jī)輸出結(jié)果，結(jié)束；否則判斷為錯(cuò)義突變，計(jì)算機(jī)輸出結(jié)果，結(jié)束；

步驟4：在堿基i的基礎(chǔ)上滑動(dòng)N個(gè)堿基，其中N≥1，直到發(fā)現(xiàn)DNA1和DNA2中i+1～i+3三位堿基比對(duì)相同，則滑動(dòng)停止，進(jìn)入步驟5；

步驟5：根據(jù)步驟4滑動(dòng)的堿基個(gè)數(shù)N進(jìn)行判斷，若滑動(dòng)堿基個(gè)數(shù)N＝1，則判斷突變類(lèi)型為插入突變和缺失突變，計(jì)算機(jī)輸出結(jié)果，結(jié)束；若滑動(dòng)堿基個(gè)數(shù)N≠1則進(jìn)行步驟6；

步驟6：判斷滑動(dòng)堿基個(gè)數(shù)N是否被3整除，是則判斷為重復(fù)延伸，輸出結(jié)果，結(jié)束；否則判斷為復(fù)制突變，計(jì)算機(jī)輸出結(jié)果，結(jié)束。

2.權(quán)利要求1所述的方法在判斷突變類(lèi)型、突變位置和堿基變化情況中的應(yīng)用。

3.一種基于序列比對(duì)的分析DNA突變類(lèi)型的方法的裝置，其特征在于，所述裝置包括：用于收集識(shí)別野生型DNA1和突變型DNA2序列信號(hào)的軟件，用于比對(duì)分析所述DNA序列的計(jì)算機(jī)，所述計(jì)算機(jī)被編程以便執(zhí)行如下步驟:

步驟1：比對(duì)野生型DNA1和突變型DNA2序列，確定第一個(gè)不同的突變堿基i，并比對(duì)i后三位堿基i+1、i+2和i+3是否相同，若DNA1和DNA2中i+1～i+3三位堿基比對(duì)相同轉(zhuǎn)步驟2；若不同則轉(zhuǎn)步驟3；

步驟2：判斷突變堿基i是否導(dǎo)致終止密碼子的形成，是則判斷突變類(lèi)型為無(wú)意義突變，結(jié)果輸出，結(jié)束；否則判斷為錯(cuò)義突變，結(jié)果輸出，結(jié)束；

步驟3：在堿基i的基礎(chǔ)上滑動(dòng)N個(gè)堿基，其中N≥1，直到發(fā)現(xiàn)三個(gè)相同的堿基滑動(dòng)停止，進(jìn)入步驟4；

步驟4：根據(jù)步驟3滑動(dòng)的堿基個(gè)數(shù)N進(jìn)行判斷，若滑動(dòng)堿基個(gè)數(shù)N＝1，則判斷突變類(lèi)型為，輸出結(jié)果，結(jié)束；若滑動(dòng)堿基個(gè)數(shù)N≠1則進(jìn)行步驟5；

步驟5：判斷滑動(dòng)堿基個(gè)數(shù)N是否被3整除，是則判斷為重復(fù)延伸，輸出結(jié)果，結(jié)束；否則判斷為復(fù)制突變，輸出結(jié)果，結(jié)束。

4.一個(gè)存儲(chǔ)有計(jì)算機(jī)程序的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，所述計(jì)箅機(jī)程序使計(jì)箅機(jī)執(zhí)行如權(quán)利要求1所述的步驟。