[發(fā)明專(zhuān)利]一種與杜洛克種豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記及其用途

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810184679.2
• 申請(qǐng)日: 2018-03-06
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN108330197B
• 公開(kāi)（公告）日: 2018-12-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 吳珍芳;楊杰;阮曉芳;蔡更元;丁榮榮;鄭恩琴
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 廣東廣信君達(dá)律師事務(wù)所 44329
• 代理人: 楊曉松

本發(fā)明屬于分子生物技術(shù)和分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，涉及一種影響杜洛克豬背膘厚的SNP分子標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記的位點(diǎn)為國(guó)際豬參考基因組11.1版本2號(hào)染色體上第81306158個(gè)核苷酸位點(diǎn)，該點(diǎn)的堿基是A或C。本發(fā)明通過(guò)優(yōu)選該SNP的優(yōu)勢(shì)等位基因，能夠加速杜洛克背膘厚的遺傳進(jìn)展，從而有效提高種豬育種的經(jīng)濟(jì)效益。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物技術(shù)和分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，本發(fā)明涉及一種影響杜洛克種豬背膘厚的分子標(biāo)記及其用途。

背景技術(shù)

豬的背膘厚指的是豬的皮下脂肪厚度，皮下脂肪是位于真皮層以下、筋膜層以上的皮下脂肪組織。養(yǎng)殖企業(yè)通常在種豬達(dá)100kg體重時(shí)進(jìn)行背膘厚測(cè)定，測(cè)定位置位于倒數(shù)第3-4肋間、左側(cè)距背中線5cm處，通過(guò)B型超聲儀形成聲像圖，再通過(guò)計(jì)算機(jī)測(cè)算背膘厚度。

背膘厚是衡量豬生長(zhǎng)性能的一個(gè)重要指標(biāo)，背膘厚度過(guò)高或過(guò)低，對(duì)種豬生長(zhǎng)性能和繁殖性能都產(chǎn)生較大影響；另外，背膘厚往往作為反映瘦肉率的間接指標(biāo)，背膘越厚瘦肉率越低，反之越高。近年來(lái)由于消費(fèi)水平的提高，消費(fèi)者對(duì)高瘦肉率的不斷追求，對(duì)豬薄背膘的選擇被廣泛應(yīng)用于遺傳改良。

然而，背膘厚屬于中等遺傳力的性狀，傳統(tǒng)的選育方法僅僅單純的對(duì)表型進(jìn)行選擇如人為將背膘過(guò)厚的個(gè)體本身進(jìn)行淘汰或者盡量不選擇將其同胞和半同胞留種，實(shí)際效果不佳。分子標(biāo)記輔助育種成為改良這一性狀的不錯(cuò)選擇。

目前，利用候選基因法和QTL定位兩種方法已經(jīng)確定了不少與背膘厚度相關(guān)的候選基因和QTL。候選基因有二酰基甘油轉(zhuǎn)酰基酶(Diacyl Glycerol Acyl Transferase-1,DGAT1),脂肪肥胖相關(guān)基因(Fat-mass and Obesity-associated Gene,FTO),脂肪細(xì)胞分化和決定因子1(Adipocyte Determination and Differentiation factor-1,ADD1)等，QTL數(shù)量更是超過(guò)200個(gè)。但是，候選基因法的由于候選基因的選擇具有一定的隨機(jī)性，可能是主效基因，也可能是與實(shí)際QTL處于緊密連鎖不平衡狀態(tài)中間接對(duì)性狀起作用的基因，這給家畜育種帶來(lái)了部分風(fēng)險(xiǎn)，此外候選基因法的選擇還具有群體異質(zhì)性；而QTL定位獲得的QTL遺傳距離跨度很大，往往包含上百個(gè)基因，這極大地限制了QTL定位方法在家畜重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳改良中的應(yīng)用。如今，全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide Association Study,GWAS)已經(jīng)逐步在復(fù)雜性狀的遺傳改良方面顯示出獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。如提高奶牛產(chǎn)奶量等。相對(duì)候選基因法和QTL定位，GWAS可以更準(zhǔn)確的定位和識(shí)別新基因，且能直接運(yùn)用到家畜動(dòng)物的遺傳改良中。

此外，不少研究均表明，背膘厚度與生長(zhǎng)速度存在著負(fù)相關(guān),因此背膘厚度的遺傳規(guī)律改良對(duì)改善豬肉質(zhì)性狀和提高生產(chǎn)效率同樣具有重要意義。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記及其用途。

為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明所采取的技術(shù)方案：

一方面，本發(fā)明提供了一種與種豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記，所述分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是A或C，導(dǎo)致豬背膘厚的不同。

進(jìn)一步地，所述SNP標(biāo)記的位點(diǎn)為國(guó)際豬參考基因組11.1版本2號(hào)染色體上第81306158個(gè)核苷酸位點(diǎn)A>C突變。。

所述分子標(biāo)記的SNP位點(diǎn)為SEQ IDNO:1序列標(biāo)注位置為217的A217-C217的核苷酸突變；進(jìn)一步地，所述的分子標(biāo)記的SNP位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于國(guó)際豬基因組11.1版本參考序列2號(hào)染色體上第81306158個(gè)核苷酸位點(diǎn)A>C突變。

另一方面，本發(fā)明還提供了一種用于鑒定上述影響豬背膘厚性狀的分子標(biāo)記的引物對(duì)，所述引物對(duì)的核苷酸序列如下所示：

正向引物序列如SEQ ID NO：2所示；