[發明專利]塞來昔布抑制血管新生靶點的篩選方法

在審

• 申請號: 201810172132.0
• 申請日: 2018-03-01
• 公開（公告）號: CN108280324A
• 公開（公告）日: 2018-07-13
• 發明（設計）人: 諶諧婉;孫建國;牛凱;廖榮霞
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍陸軍軍醫大學
• 主分類號: G06F19/16
• 分類號: G06F19/16
• 代理公司: 重慶百潤洪知識產權代理有限公司 50219
• 代理人: 劉立春

1.一種塞來昔布抑制血管新生靶點的篩選方法，其特征在于：

(1)確定受體蛋白數據庫

選取血管形成聚合酶鏈式反應芯片上包括ANG、ANGPT1、ANGPT2、ANPEP、TYMP、FGF1、FGF2(bFGF)、FIGF(VEGFD)、FLT1、JAG1、KDR、NRP1、NRP2、PGF、VEGFA、VEGFB、VEGFC、BAI1、COL4A3、IL8、ANGPTL4、F3、PECAM1、PF4、PROK2、SERPINE1(PAI-1)、SERPINF1、HIF1A、NOS3、SPHK1、CCL11(Eotaxin)、CCL2(MCP-1)、CXCL1、CXCL10(INP10)、CXCL5(ENA78/LIX)、CXCL6(GCP-2)CXCL9(MIG)、EDN1、IFNA1、IFNG、IL1B、IL6、MDK、TNF、CTGF、EFNA1、EFNB2、EGF、EPHB4、FGFR3、HGF、IGF1、ITGB3、PDGFA、S1PR1、TEK(TIE2)、TGFA、TGFB1、TGFB2、TGFBR1、CDH5、COL18A1、ENG(EVI-1)、ERBB2(HER2)、FN1、ITGAV、ITGB3、THBS1、THBS2、LECT1、LEP、MMP14、MMP2、MMP9、PLAU(uPA)、PLG、TIMP1、TIMP2、TIMP3、AKT1、PTGS1、PTGS2、MMP1、MMP3在內的84個基因表達的蛋白作為潛在受體蛋白數據庫。

(2)受體蛋白結構篩選

根據上述84個蛋白名稱，在PDB數據庫逐條檢索其3D結構，篩除沒有實驗晶體結構數據或NMR結構分辨率低的蛋白以及只有復合物結構且其中小分子結構也未知的蛋白，并結合UniProt數據庫進行篩選。

(3)受體蛋白結構預處理

使用MGLTools處理受體蛋白結構，增加極性氫原子，去掉非極性氫原子，保存為.pdbqt結構。在PubChem數據庫中下載塞來昔布的結構數據，使用MGLTools處理為.pdbqt格式。

(4)確定分子對接盒子

以整個蛋白質結構的中心為中心設置對接盒子，使得該盒子包含整個蛋白質分子，所有蛋白的對接盒子Spacing距離設為該距離與默認值的對接結果無顯著差異。

(5)對接計算

使用Autodock_vina作為分子對接工具，分別計算塞來昔布與每個蛋白質受體的結合位點自由能，選取每個蛋白質受體自由能最低的結合位點，進行排序。

(6)靶點選擇

根據排序，選取結合位點自由能小于-9.0kcal/mol的蛋白質受體作為靶點。

2.根據權利要求1所述方法獲得的塞來昔布抑制血管新生的靶點，其特征在于，靶點為APN(PDB#:4FYR)、AKT1(PDB#:4EJN)、NOS3(PDB#:4D1O)、SPHK1(PDB#:4V24)、TGFA(PDB#:3E50)、EPHB4(PDB#:3ZEW)、ITAV(PDB#:1JV2)。

3.根據權利要求2所述的優選靶點，其特征在于，進一步優選靶點為APN(PDB#:4FYR)、AKT1(PDB#:4EJN)、NOS3(PDB#:4D1O)、ITAV(PDB#:1JV2)。