[發(fā)明專利]用于鑒定辣椒熟性的InDel分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810146800.2
• 申請(qǐng)日: 2018-02-12
• 公開（公告）號(hào): CN108165653B
• 公開（公告）日: 2020-11-06
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 袁欣捷;陳學(xué)軍;方榮;周坤華
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 江西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;黃爽

本發(fā)明提供一種用于鑒定辣椒熟性的InDel分子標(biāo)記及其應(yīng)用。本發(fā)明基于特早熟辣椒自交系B₉₄₃₁和晚熟自交系A(chǔ)₁₄₅構(gòu)建F₂群體，運(yùn)用BSR?Seq(Bulked Segregant RNA?Seq)技術(shù)，快速鑒定控制始花節(jié)位的染色體位點(diǎn)，針對(duì)該位點(diǎn)特定InDel開發(fā)分子標(biāo)記(SEQ ID NO:4)，利用該分子標(biāo)記可在苗期快速、準(zhǔn)確篩選出始花節(jié)位1?4節(jié)的早熟基因型辣椒和始花節(jié)位＞4的晚熟基因型辣椒，實(shí)現(xiàn)辣椒熟性育種分子標(biāo)記輔助選擇，提高育種選擇效率，在辣椒熟性育種中具有重要應(yīng)用價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子標(biāo)記檢測技術(shù)，具體地說，涉及一種用于鑒定辣椒熟性的InDel分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

辣椒(Capsicum spp.)是茄科的重要經(jīng)濟(jì)作物，在世界各地廣泛種植，中國是辣椒的重要生產(chǎn)大國，辣椒是我國主要蔬菜作物之一。辣椒植株為合軸分枝結(jié)構(gòu)，主莖生長到一定時(shí)候停止生長，其頂端分生組織轉(zhuǎn)化為花序分生組織，花序分生組織在適宜的內(nèi)在條件和外在環(huán)境(如日照長度和溫度)下發(fā)育為單生花，開花標(biāo)志著主莖生長的終止，由側(cè)生分生組織生長發(fā)育為新枝，不久新枝又停止生長，繼續(xù)由新枝頂端的側(cè)生分生組織代替頂端分生組織生長，不斷重復(fù)形成合軸分枝。

辣椒第一朵花的著生節(jié)位稱為始花節(jié)位，一般以主莖上從子葉到第一朵花之間的真葉(節(jié)位)數(shù)來度量。始花節(jié)位是辣椒的重要熟性性狀，是辣椒品種改良的主要目標(biāo)之一。始花節(jié)位低的辣椒品種往往開花坐果早，在春茬種植中能適度規(guī)避雨水和病害，降低農(nóng)藥使用量，增加早期產(chǎn)量，在秋茬種植中規(guī)避后期低溫環(huán)境，減少設(shè)施栽培能耗，提高產(chǎn)量；始花節(jié)位高的辣椒品種開花坐果晚，能避開上市旺季，滿足市場多樣化需求。

基于始花節(jié)位開發(fā)辣椒熟性分子標(biāo)記能進(jìn)行超早期選擇，加快育種進(jìn)程，對(duì)辣椒熟性育種具有重要指導(dǎo)作用。自然變異中辣椒始花節(jié)位受少數(shù)主效基因和部分微效基因控制，同時(shí)也受溫度和光照等環(huán)境影響，為數(shù)量性狀，傳統(tǒng)的表型選擇準(zhǔn)確性不高。目前已有的辣椒始花節(jié)位分子標(biāo)記多與目標(biāo)基因遺傳距離遠(yuǎn)，或在使用上局限性較大。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種用于鑒定辣椒熟性的InDel分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明目的，本發(fā)明提供的用于鑒定辣椒熟性的InDel分子標(biāo)記，所述InDel分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。其獲得方法如下：

以特早熟辣椒B₉₄₃₁為母本，晚熟辣椒A₁₄₅為父本雜交得到F₁代，F(xiàn)₁植株自交得到F₂群體，種植該F₂群體植株297株，選取其中始花節(jié)位極低的早熟辣椒30株，始花節(jié)位極高的晚熟辣椒30株，構(gòu)建早熟總RNA極端混池和晚熟總RNA極端混池，分別進(jìn)行BSR-seq測序，用SAMtools軟件分析得到兩個(gè)混池的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)位點(diǎn)和InDel(insertion and deletion)位點(diǎn)。分別計(jì)算兩個(gè)混池中各SNPs位點(diǎn)的頻率及兩個(gè)混池中對(duì)應(yīng)SNPs頻率的差值(即delta值)，再以3MB為窗口，1MB為步長計(jì)算染色體各區(qū)域的delta值均值，在該值出現(xiàn)峰值處即為始花節(jié)位調(diào)控位點(diǎn)。設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增調(diào)控位點(diǎn)候選基因5’UTR序列，針對(duì)兩親本中該5’UTR序列中的InDel設(shè)計(jì)引物獲得多態(tài)性分子標(biāo)記。

具有本發(fā)明所述InDel分子標(biāo)記插入片段的純合基因型對(duì)應(yīng)的辣椒早熟，缺失所述插入片段的純合基因型或雜合基因型對(duì)應(yīng)的辣椒晚熟。

本發(fā)明還提供用于檢測所述InDel分子標(biāo)記的引物，包括正向引物FFN1-5UF5、反向引物FFN1-e1R1和反向引物FFN1-PA-R，引物序列分別如SEQ ID NO:1-3所示。