[發明專利]一種LCT基因突變的檢測方法及其引物組

在審

• 申請號: 201810143745.1
• 申請日: 2018-02-12
• 公開（公告）號: CN110144385A
• 公開（公告）日: 2019-08-20
• 發明（設計）人: 裘敏燕
• 申請（專利權）人: 上海聯吉醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明涉及分子生物學基因技術領域和醫學領域，具體公開了一種用于LCT基因突變的檢測方法及其引物組。本發明對LCT基因的2個熱點突變位點的核酸序列進行分析，設計相應的引物，對樣本基因組DNA特定位點經過多重PCR擴增，最后以Ion Torrent半導體芯片測序技術進行檢測。本發明的檢測方法具有通量大，特異性及靈敏度高，結果穩定，重復性好，檢測速度快等優點。為先天性乳糖酶缺乏癥遺傳學方面的檢測、測試、分析和評估提供了一條快速、可靠、準確的新途徑，從而為該類疾病的臨床診斷提供理論基礎。

技術領域

本發明涉及分子生物學基因技術領域和醫學領域，涉及用分子生物學方法對LCT基因突變位點檢測的引物組，特別涉及用Ion Torrent半導體芯片測序技術對LCT基因突變進行定性、定量檢測的相關引物組及其試劑盒。

背景技術

乳糖不耐癥主要有四種。

第一種稱為原發性乳糖酶缺乏癥（Primary lactose intolerance），占全部病例的約70%，病因與乳糖酶表達時信使RNA的缺失有關。這種情況在不同地區所占比例和乳糖不耐發生年齡差異很大，工業和商品乳制品不普遍的亞洲和非洲很多地區比較常見，在亞洲和美洲印第安人中約占100%。2002年，芬蘭的研究人員還曾發現了基因多樣性與成人乳糖不耐癥之間的緊密聯系。在接受調查的236個芬蘭人中，編碼乳糖水解酶的基因上游不遠處的一個堿基的突變與乳糖不耐癥有100%的正相關——也就是說，我們幾乎可以肯定這個基因突變是造成這些受試者乳糖不耐癥的原因。同時，在這些受試者中，還發現另一處突變與229人的乳糖不耐癥形成有關。

第二種是繼發性乳糖酶缺乏癥（Secondary Lactase Deficiency），也多為環境因素導致，例如胃腸道的各種疾病。小腸中的寄生蟲感染可以導致乳糖酶的合成被永久破壞。腸胃炎也是導致暫時性的乳糖不耐癥的一個常見原因，尤其是輪狀病毒（rotavirus）感染導致的腸胃炎（也有感染后不發病的報道）。嬰幼兒嚴重營養不良也可能會導致繼發性乳糖不耐癥。

第三種即發育（新生兒）乳糖酶缺乏癥（Developmental (Neonatal) LactaseDeficiency）。妊娠34周后胃腸道才能產生乳糖酶和其他的二糖酶。多見于嬰兒，調整飲食對患兒有幫助。

第四種即先天性乳糖酶缺乏癥（Congenital Lactase Deficiency），即某種基因缺陷導致乳糖不耐者不能合成乳糖酶。在嬰兒中比較罕見，但對于母乳喂養的患兒來說卻是致命的，因為對他們而言母乳或牛奶是主要的能量來源；而這時他們卻不能獲得維持生存的足夠能量?；加羞@種乳糖不耐癥的嬰兒只能依靠食用經過處理脫去了乳糖的商品奶制品。該疾病是常染色體隱性遺傳的新生兒胃腸道疾患。在小腸粘膜乳糖酶活性降的很低，導致哺乳或進食配方奶后發生大量的水樣腹瀉，但是十二指腸形態、麥芽糖酶、蔗糖酶及異麥芽糖酶活性均正常；這些嬰兒發生嚴重的滲透性腹瀉常伴隨脫水、酸中毒和體重下降。盡管這些，先天性乳糖酶缺乏的嬰兒在攝入無乳糖酶食物，這些癥狀可以迅速的平息，能夠正常的身體和精神的成長。

先天性乳糖酶缺乏癥主要通過介導無意義的LCT基因的mRNA降解完成，LCT基因位于2q21染色體上。

乳糖不耐癥在不同地區的發生率差異顯著。亞洲人（包括北美印第安人）患乳糖酶缺失癥的比例高于歐美人。在泰國，大約97%的人不能耐受乳糖；而在丹麥只有3%；非洲某些地區的原住民也很少發生該病。

先天性乳糖酶缺乏癥致病基因突變位點：

人群覆蓋比例： LCT(p.Y1390X)覆蓋超過約80%的異常型攜帶者。

目前檢測LCT基因突變位點的方法有主要為經典測序等，存在通量低、成本貴等問題，對PCR產物長度也有一定限制。