[發明專利]一種快速預測目標miRNA的靶基因的方法有效
| 申請號： | 201810122291.X | 申請日： | 2018-02-07 |
| 公開（公告）號： | CN110164505B | 公開（公告）日： | 2021-06-22 |
| 發明（設計）人： | 朱欠華;楊林峰;黎萬順;萬勝青 | 申請（專利權）人： | 深圳華大基因科技服務有限公司 |
| 主分類號： | G16B25/00 | 分類號： | G16B25/00 |
| 代理公司： | 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245 | 代理人： | 關暢 |
| 地址： | 518303 廣東省深圳市鹽田區*** | 國省代碼： | 廣東;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 快速 預測 目標 mirna 基因 方法 | ||
1.一種預測目標miRNA的靶基因的方法，包括如下步驟：
（1）k-mer切分物種基因組的序列，得到k-mer組合甲；k-mer切分目標miRNA，得到k-mer組合乙；
（2）將k-mer組合甲中的各個k-mer及在物種基因組中相應的靶基因信息進行存儲，獲得數據庫；
（3）將k-mer組合乙中各個k-mer的反向互補序列在所述數據庫中檢索，根據檢索結果預測目標miRNA的靶基因；
所述步驟（1）中，k-mer切分的長度設定為4-10；
所述步驟（1）中，k-mer切分目標miRNA為：將目標miRNA中的U轉換為T，然后k-mer切分。
所述步驟（2）中，靶基因信息包括靶基因的名稱和在靶基因中位置。
2.如權利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟（1）中，物種基因組為人類參考基因組。
3.如權利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟（1）中，k-mer切分的長度設定為5。
4.如權利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟（3）中，根據檢索結果預測目標miRNA的靶基因包括如下步驟：
（3-a）記錄k-mer組合乙中各個k-mer對應的靶基因及在靶基因上的位置；
（3-b）將各個靶基因和步驟（3-a）的記錄結果進行比對，獲得各個靶基因的標記信息；
（3-c）根據步驟（3-b）獲得的標記信息，篩選目標miRNA的靶基因。
5.如權利要求4所述的方法，其特征在于：所述步驟（3-b）中，獲得每個靶基因的標記信息的步驟如下：
①將靶基因和第一個記錄該靶基因的k-mer在靶基因上的位置確定為匹配；
②將“該靶基因和步驟①記錄的位置”與k-mer組合乙中各個k-mer對應的靶基因及在靶基因上的位置進行比較，如果一致、則記錄為匹配，如果不一致、則記錄為不匹配；
每個靶基因的標記信息即為記錄信息。
6.如權利要求5所述的方法，其特征在于：所述步驟②中，按照k-mer在目標miRNA上從5’至3’的順序進行比對。
7.權利要求1至6任一所述方法在預測目標miRNA的靶基因中的應用。
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