[發(fā)明專利]與山羊產絨性狀相關的InDel分子標記及其應用

在審

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• 申請日: 2018-02-02
• 公開（公告）號: CN108410996A
• 公開（公告）日: 2018-08-17
• 發(fā)明（設計）人: 蔣琳;宋伸;李業(yè)芳;浦亞斌;劉雪雪;張艷麗;馬月輝
• 申請（專利權）人: 中國農業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;陳征

本發(fā)明涉及與山羊產絨性狀相關的InDel分子標記及其應用，該標記位于山羊第6號染色體第95454685?95455189bp之間，其多態(tài)性為?/插入片段，插入片段的序列如SEQ ID NO.1所示。本發(fā)明還提供了用于檢測該INDEL標記的特異性引物和方法，所述特異性引物對的序列如SEQ ID NO.2?3所示。利用本發(fā)明提供的特異性引物對，基于PCR和瓊脂糖凝膠電泳獲得的電泳條帶，以及Sanger測序進行分析和統(tǒng)計，根據InDel位點上的產絨山羊等位基因和非產絨山羊等位基因類型，鑒別山羊品種的產絨或者非產絨特性。本發(fā)明需用檢測樣品量少，方法簡便快捷，鑒定結果準確，具有良好的推廣應用前景。

技術領域

本發(fā)明涉及分子生物學技術領域，具體涉及與中國山羊產絨性狀相關的InDel分子標記、以及檢測產絨山羊和非產絨山羊的方法。

背景技術

插入缺失(InDel)多態(tài)性是指基因組中一種特殊類型的二等位基因遺傳標記，表現為基因組中插入或者缺失了不同大小的DNA片段，兼具STR和SNP的優(yōu)點。InDel的檢測方法，目前常用的包括，瓊脂糖凝膠電泳、sanger測序、以及最新的高通量二代測序等技術。通過檢測InDel多態(tài)性來檢測基因型是近些年興起的一種方法。InDel分子標記作為遺傳標記已經廣泛地應用于法醫(yī)鑒定、遺傳育種以及遺傳多樣性等研究領域。分子標記在動物育種中的應用已有一段時間，相比傳統(tǒng)育種方法，分子育種大大加快了選育效率，節(jié)省了育種時間，使得育種學家可以在分子水平上不斷探索并選育更優(yōu)良的家畜品種。

山羊大約在一萬年以前的新月沃土地區(qū)被馴化，為人類文明的發(fā)展作出了重大貢獻。經過長期的自然選擇與人工選擇，形成了多種多樣，各具特色的品種，在毛色、體型、繁殖力、絨毛等方面的表型差異很大。中國是世界上山羊存欄量最多的國家，而絨山羊是中國北方和西藏地區(qū)最為主要的山羊品種，產自絨山羊的羊絨通常被用來制作最為優(yōu)質的純天然紡織產品。一直以來，與產絨性狀相關的分子標記并未充分被挖掘。近年來，借助高通量技術尋找影響表型性狀的特定基因或基因組區(qū)域已成為動物遺傳學領域研究的熱點，也為我們挖掘與產絨性狀相關的分子標記提供了新的可能。

成纖維細胞生長因子5(Fibroblast growth factor-5,FGF5)，在中樞神經系統(tǒng)和皮膚中表達，在皮膚中抑制毛囊由興盛期向休止期轉化，FGF5基因敲除絨山羊的毛長和絨長明顯長于對照。其他動物如狗、貓和兔子的研究也表明FGF5的變異與被毛的長短有關。因此FGF5基因以及該基因附近的突變可能會影響山羊的產絨性狀。

由于產絨山羊和非產絨山羊在產絨性狀上有很大的差異，在產絨山羊與非產絨山羊混雜的地方，產絨山羊與非產絨山羊品種之間存在著遺傳滲入，導致一些雜合類型的出現。因此，為了能在分子水平進行準確鑒定產絨山羊的基因型，培育優(yōu)質、純合、穩(wěn)定遺傳的絨山羊群體。本發(fā)明利用從全基因組掃描定位得到的InDel分子標記，在不同山羊品種內對FGF5基因座位的多態(tài)性進行鑒定，為培育優(yōu)質絨山羊以及絨山羊品種選育提供理論基礎。

發(fā)明內容

本發(fā)明的第一個目的是提供一種精確和快速區(qū)分鑒定產絨山羊和非產絨山羊的方法。

本發(fā)明的另一個目的是提供與山羊產絨性狀相關的InDel分子標記及其應用。

本發(fā)明的第三個目的在于提供檢測與山羊產絨性狀相關的InDel標記的引物及含有該引物的試劑盒。

本發(fā)明提出鑒定產絨山羊和非產絨山羊的方法，是一種利用插入或缺失(InDel)分子標記鑒定山羊品種的方法。具體來說是利用產絨山羊與非產絨山羊之間DNA序列的特異性差異片段，設計擴增引物，對產絨山羊與非產絨山羊的等位基因型進行計算。所述InDel標記位于山羊第6號染色體第95454685-95455189bp處，該InDel分子標記的多態(tài)性為-/插入序列，所述插入序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

該InDel分子標記可通過序列如SEQ ID NO.2-3所述的特異性引物對擴增得到。