[發明專利]與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記及其應用

有效

• 申請號: 201810102498.0
• 申請日: 2018-02-01
• 公開（公告）號: CN108192990B
• 公開（公告）日: 2021-01-01
• 發明（設計）人: 趙勝杰;劉文革;豆峻嶺;路緒強;何楠
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院鄭州果樹研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;A01H1/04
• 代理公司: 鄭州大通專利商標代理有限公司 41111
• 代理人: 陳勇

本發明屬于生物技術領域，具體涉及與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記及其應用。SNP位點位于西瓜基因組第4號染色體第48456位核苷酸。SNP分子標記能夠用于鑒定西瓜果皮底色，具有較高的準確率。利用該SNP分子標記對1個雜交F2群體進行西瓜果皮底色鑒定，結果表明，該SNP分子標記對雜交群體后代的西瓜果皮底色鑒定準確率為100%。利用該SNP分子標記對20份西瓜種質資源進行果皮底色鑒定，結果表明，該SNP分子標記對黃色果皮底色的西瓜和綠色果皮底色的西瓜鑒定的準確率均為100%。這說明，利用本發明開發的SNP分子標記能夠快速準確地鑒定出西瓜果皮底色，可以在生產中大規模應用。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，具體涉及與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記及其應用。

背景技術

在植物傳統育種過程中，人們通常只能依靠表現型進行田間選擇和后續的培育，不單依賴育種家的經驗，而且經常受到基因型和環境互作的影響。由于很難獲知后代的基因型，這種選擇往往耗時較長且可能與基因型有偏差，僅適用于對簡單的質量性狀進行選擇。但對數量性狀而言，因表現型與基因型之間缺乏明確的對應關系，極易造成選擇的不準確性和效率低下。分子標記輔助選擇是將分子標記應用于作物品種改良過程中進行選擇的一種輔助手段，主要包括對目標性狀的前景選擇和對遺傳材料的背景選擇?？梢钥焖贆z測到目標基因或者與目標性狀基因緊密連鎖的位點，達到選擇目標性狀的目的，具有快速、準確、不受環境條件干擾的優點。可以顯著加快選擇速度，縮短育種時間。

西瓜是重要的園藝作物，我國是世界第一西瓜生產大國，然而現階段我國西瓜育種仍以傳統育種為主，分子標記輔助選擇應用較少，育種效率較低，很難獲得突破性新品種。西瓜果皮性狀是一種重要的商品性狀，也是育種家重點改良的對象，早在上世紀三十、四十年代研究人員針對果皮性狀預測了多種遺傳模型，Barham(1956)等認為金黃色果皮受單個隱性基因go控制，Yang(2015)等認為果皮性狀受3個獨立的基因位點控制，即S控制條紋，D控制顏色深淺，Dgo控制果皮背景色(底色)，但未見有與西瓜果皮底色性狀緊密連鎖的分子標記開發的研究報道。

發明內容

本發明目的在于克服現有技術的不足，提供與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記及其應用。

本發明的目的之一在于提供與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記，所述SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，SEQ ID NO.1所示序列自5'端起第266位堿基為SNP位點，所述SNP位點位于西瓜基因組的第4號染色體第48456位核苷酸。

進一步地，所述SNP位點的堿基為C的西瓜的果皮底色為黃色，SNP位點的堿基為T的西瓜的果皮底色為綠色。

本發明的又一目的是提供與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記在西瓜分子標記輔助選擇育種中的應用。

進一步地，所述SNP分子標記用于鑒定西瓜的黃色果皮底色和綠色果皮底色。

本發明的又一目的是提供用于檢測與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記的引物對，所述引物對的上游引物是根據西瓜基因組的第4號染色體第48456位核苷酸上游的序列進行設計，下游引物是根據西瓜基因組第4號染色體第48456位核苷酸下游的序列進行設計。

進一步地，所述引物對由兩條單鏈DNA組成，上游引物為5'-TGCATGATGAGCCTTCTTTGAA-3'，如SEQ ID NO.2所示；下游引物為5'-TAGACGGGGCTCACAAGTCA-3'，如SEQ ID NO.3所示。

本發明的再一目的是提供用于檢測與西瓜果皮底色相關的SNP分子標記的引物對在西瓜分子標記輔助選擇育種中的應用。

本發明的再一目的是提供用于鑒定西瓜果皮底色的試劑盒，所述試劑盒包含權利要求5或6所述的引物對。

相比現有技術，本發明的有益效果在于：