[發(fā)明專利]與大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)的SNP標(biāo)記、區(qū)間、引物及應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810084419.8
• 申請(qǐng)日: 2018-01-29
• 公開（公告）號(hào): CN108060260B
• 公開（公告）日: 2021-03-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王躍強(qiáng);王洋;邱紅梅;侯云龍;馬曉萍;高淑芹;陳健;胡金海;王麗
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 吉林省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 西安銘澤知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 61223
• 代理人: 韓曉娟

本發(fā)明屬于大豆分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)的SNP標(biāo)記、區(qū)間、引物及應(yīng)用。所述SNP標(biāo)記位于大豆第10號(hào)染色體的3233657位，所述分子標(biāo)記的核苷酸為G或A；含有所述標(biāo)記序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述標(biāo)記區(qū)間是大豆第10號(hào)染色體的3223657位?3243657位區(qū)間。該SNP標(biāo)記屬于共顯性的標(biāo)記，可靠且使用方便，這為大豆高蛋氨酸含量品系選育提供了極大的便利，可應(yīng)用于大豆種子蛋氨酸含量改良中的分子標(biāo)記輔助選擇以及在種子蛋氨酸含量相關(guān)基因的精細(xì)定位以及圖位克隆中的應(yīng)用，從而加速大豆種子蛋氨酸含量性狀的改良進(jìn)程。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于大豆分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)的SNP標(biāo)記、區(qū)間、引物及應(yīng)用。

背景技術(shù)

大豆蛋白是人類以及禽畜的重要營(yíng)養(yǎng)源之一，氨基酸組成與牛奶蛋白相近，是一種比較完全的蛋白質(zhì)，唯獨(dú)缺乏人體必需的蛋氨酸。大豆蛋白品質(zhì)影響大豆產(chǎn)品的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)力，蛋氨酸含量是首要限制因素。大豆中蛋氨酸含量一般僅為12mg/g蛋白，這與世界衛(wèi)生組織和中國(guó)營(yíng)養(yǎng)學(xué)會(huì)推薦的、符合人體營(yíng)養(yǎng)健康需求的26mg/g差距甚遠(yuǎn)。為滿足人們?nèi)找嫣岣叩臓I(yíng)養(yǎng)需求，提高栽培大豆蛋氨酸組分已成為大豆品質(zhì)改良的重要目標(biāo)之一。通過(guò)常規(guī)育種手段來(lái)提高大豆蛋氨酸組分存在諸多難題，如分析成本高、育種效率低等。因此，分子輔助選育高蛋氨酸大豆品種是大豆品質(zhì)育種的重要課題之一。分子生物學(xué)和現(xiàn)代生物育種技術(shù)的發(fā)展與完善為高蛋氨酸大豆分子育種提供了必要的技術(shù)支撐和保障。

近十余年，伴隨測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，使研究者對(duì)大豆基因組有了較全面的認(rèn)識(shí)。對(duì)17株野生大豆和14株栽培大豆的基因組重測(cè)序研究表明，發(fā)現(xiàn)了630多萬(wàn)個(gè)SNPs，分析表明，大豆存在較高程度的連鎖不平衡(linkage disequilibrium，LD)，有利于對(duì)目標(biāo)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。1996年，首次利用LD定位了躁郁癥相關(guān)基因。關(guān)聯(lián)分析是LD應(yīng)用的一種，其檢測(cè)的是某群體內(nèi)處于LD狀態(tài)的一些標(biāo)記或候選基因的遺傳變異與特定表型顯著關(guān)聯(lián)的頻率是否比期望的高。目前關(guān)聯(lián)分析已廣泛應(yīng)用于植物研究，如大豆籽粒蛋白質(zhì)含量，水稻氨基酸組分，黑小麥鋁毒抗性等。近年利用關(guān)聯(lián)分析法開發(fā)目標(biāo)性狀功能標(biāo)記，已成為分子生物學(xué)研究的熱點(diǎn)之一。SNP標(biāo)記輔助選擇可顯著提高種子蛋氨酸含量遺傳改良進(jìn)程。

迄今為止，通過(guò)連鎖分析對(duì)大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)基因進(jìn)行數(shù)量性狀基因位點(diǎn)(Quantitative trait locus，QTL)定位研究的較多，現(xiàn)發(fā)現(xiàn)10余個(gè)大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)QTL，主要分布在F、G、M、C2、I等連鎖群上，相關(guān)的作用機(jī)理及其應(yīng)用研究還尚未充分進(jìn)行。然而并未發(fā)現(xiàn)與大豆種子蛋氨酸含量性狀相關(guān)的SNP(Single nucleotidepolymorphism，單核苷酸的多態(tài)性)分子標(biāo)記，給大豆種子蛋氨酸含量性狀的遺傳改良和分子標(biāo)記輔助選擇育種帶來(lái)了困難。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供的一種與大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)的SNP標(biāo)記、區(qū)間、引物及應(yīng)用，該SNP標(biāo)記與大豆種子蛋氨酸含量性狀密切相關(guān)，可以更有效反應(yīng)大豆種子蛋氨酸含量，可用于大豆分子標(biāo)記輔助選擇育種和遺傳改良，顯著提高種子蛋氨酸含量較大材料的選擇效率。

本發(fā)明的第一個(gè)目的是提供一種與大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)的SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記位于大豆第10號(hào)染色體的3233657位，所述分子標(biāo)記的核苷酸為G或A。

本發(fā)明的第二個(gè)目的是提供一種含有所述的與大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)的SNP標(biāo)記的標(biāo)記序列，所述標(biāo)記序列的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

本發(fā)明的第三個(gè)目的是提供一種含有所述的與大豆種子蛋氨酸含量相關(guān)的SNP標(biāo)記的標(biāo)記區(qū)間，所述標(biāo)記區(qū)間是大豆第10號(hào)染色體的3223657位-3243657位區(qū)間。

本發(fā)明的第四個(gè)目的是提供一種擴(kuò)增所述的標(biāo)記序列的引物，所述引物為：

M10-1F：5’-ACTCAGCAAGACGATTTCTG-3’，如SEQ ID NO.2所示，