[發明專利]一種基于標記位點基因型含有誤差的多性狀多區間定位方法有效
| 申請號： | 201810083627.6 | 申請日： | 2018-01-29 |
| 公開（公告）號： | CN108197435B | 公開（公告）日： | 2022-02-25 |
| 發明（設計）人： | 佟良;周影;馬春華;孫曉霞;鄒大偉;付麗;耿艷秋 | 申請（專利權）人： | 綏化學院 |
| 主分類號： | G16B5/00 | 分類號： | G16B5/00;G16B20/30;G16B25/10 |
| 代理公司： | 哈爾濱市偉晨專利代理事務所(普通合伙) 23209 | 代理人： | 張偉 |
| 地址： | 152061 *** | 國省代碼： | 黑龍江;23 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 基于 標記 基因型 含有 誤差 性狀 區間 定位 方法 | ||
本發明給出一種基于標記位點基因型含有誤差的多性狀多區間定位方法，包括：獲取分子遺傳圖譜；確定出第i個標記區間兩側標記之間的重組率γi和第i個標記區間內QTL與上標記位點之間的重組率γi1；根據所述第i個標記區間兩側標記之間的重組率γi和第i個標記區間內QTL與上標記位點之間的重組率γi1產生標記基因型和QTL基因型；根據配置的誤差率獲得含有誤差的標記基因型；配置參數真值；通過模型得到表型性狀觀察值；配置參數初值；迭代通過EM算法推導出的參數表達式直至收斂；重復循環N次得到參數估計的平均值和均方誤差作為目標值。本發明能很好的解決標記基因信息含有誤差這一問題，并能夠估算標記基因信息的誤差率。
技術領域
本發明屬于分子生物學技術領域,具體地涉及一種基于標記位點基因型含有誤差的多性狀多區間定位方法。
背景技術
人類的遺傳疾病和農作物表型性狀幾乎都與遺傳基因有關，長期以來，為了研究方便，大多數研究忽略標記基因型含有誤差的情形。但由于儀器的精密程度等原因，標記基因信息往往存在誤差。為了預防遺傳疾病的發生，同時也為了更好地利用種質資源中的有利基因，提出了一種新的QTL定位方法。該分析方法可以很好的解決標記基因型含有誤差的多性狀基因定位問題。
發明內容
本發明能很好的解決標記基因信息含有誤差這一問題，并能夠估算標記基因信息的誤差率。使得人們在已知表型值和含有誤差的標記基因信息條件下，估計影響表型性狀的QTL數目、位置和效應更為準確。
本發明可以采用如下方法來實現：
一種基于標記位點基因型含有誤差的多性狀多區間定位方法，包括：
步驟一、獲取分子遺傳圖譜；
步驟二、確定出第i個標記區間兩側標記之間的重組率γi和第i個標記區間內QTL與上標記位點之間的重組率γi1；
步驟三、根據所述第i個標記區間兩側標記之間的重組率γi和第i個標記區間內QTL與上標記位點之間的重組率γi1產生標記基因型和QTL基因型；
步驟四、根據配置的誤差率獲得含有誤差的標記基因型；
步驟五、配置參數真值；
步驟六、通過模型得到表型性狀觀察值；
步驟七、配置參數初值；
步驟八、迭代通過EM算法推導出的參數表達式直至收斂；
步驟九、重復循環N次得到參數估計的平均值和均方誤差作為目標值。
進一步地，所述通過模型得到表型性狀觀察值，具體為通過統計模型得到表型性狀觀察值，其中，是表型性狀矩陣，q為緊密連鎖的q個區間，和分別表示n個個體第i個QTL基因型示性向量，則，
ξji＝1，ηji＝-1/2，當
ξji＝0，ηji＝1/2，當
ξji＝-1，ηji＝-1/2，當
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