[發(fā)明專利]一種基于LINE1轉(zhuǎn)座子與微衛(wèi)星引物相結(jié)合的豬基因組分子標(biāo)記的挖掘方法有效
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201810068583.X | 申請(qǐng)日： | 2018-01-24 |
| 公開(kāi)（公告）號(hào)： | CN108179198B | 公開(kāi)（公告）日： | 2020-02-07 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 宋成義;王偉;陳才;張麗;沈丹;王賽賽;王宵燕;高波 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人： | 揚(yáng)州大學(xué) |
| 主分類號(hào)： | C12Q1/6888 | 分類號(hào)： | C12Q1/6888;C12Q1/6858 |
| 代理公司： | 32207 南京知識(shí)律師事務(wù)所 | 代理人： | 盧亞麗 |
| 地址： | 225009 *** | 國(guó)省代碼： | 江蘇;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 分子標(biāo)記 微衛(wèi)星引物 核苷酸序列 特異性引物 豬基因組 多態(tài)性 基因組 轉(zhuǎn)座子 生物信息學(xué)分析 特異性引物組合 標(biāo)記輔助選擇 反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子 分子標(biāo)記引物 基因組樣品 微衛(wèi)星序列 結(jié)果比對(duì) 克隆測(cè)序 擴(kuò)增條帶 品系鑒定 引物組合 挖掘 再利用 清晰 測(cè)序 擴(kuò)增 條帶 引物 育種 篩選 驗(yàn)證 分析 | ||
1.一種基于豬LINE1轉(zhuǎn)座子與微衛(wèi)星引物相結(jié)合的豬基因組分子標(biāo)記挖掘方法，其特征在于，包括以下步驟：
(1)利用豬LINE1轉(zhuǎn)座子的5’端核苷酸序列或3’端核苷酸序列設(shè)計(jì)特異性引物；
(2)利用生物信息學(xué)分析軟件分析豬的基因組，篩選出分布廣泛的微衛(wèi)星序列設(shè)計(jì)微衛(wèi)星引物；
(3)將步驟(1)和步驟(2)中的引物結(jié)合，在不同品種豬中擴(kuò)增檢測(cè)；
(4)篩選條帶清晰、多態(tài)性高，重復(fù)性好的微衛(wèi)星引物組合，擴(kuò)增多態(tài)性條帶，克隆測(cè)序；
(5)將測(cè)序結(jié)果比對(duì)分析，設(shè)計(jì)旁側(cè)特異性引物；
(6)利用步驟(5)所得的旁側(cè)特異性引物與步驟(1)的特異性引物組合，PCR擴(kuò)增不同品種，或同一品種不同個(gè)體基因組樣品，選取能清晰擴(kuò)出條帶且有多態(tài)性的引物組合，獲得分子標(biāo)記。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述基于豬LINE1轉(zhuǎn)座子與微衛(wèi)星引物相結(jié)合的豬基因組分子標(biāo)記挖掘方法，其特征是：步驟(1)所述豬LINE1轉(zhuǎn)座子的5’端核苷酸序列是SEQ ID No.1、SEQID No.2、SEQ ID No.3、SEQ ID No.4、SEQ ID No.5、SEQ ID No.6、SEQ ID No.7、SEQ IDNo.8、SEQ ID No.9、SEQ ID No.10、SEQ ID No.11或SEQ ID No.12；所述3’端核苷酸序列是SEQ ID No.13、SEQ ID No.14、SEQ ID No.15、SEQ ID No.16、SEQ ID No.17、SEQ IDNo.18、SEQ ID No.19、SEQ ID No.20、SEQ ID No.21、SEQ ID No.22或SEQ ID No.23。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述基于豬LINE1轉(zhuǎn)座子與微衛(wèi)星引物相結(jié)合的豬基因組分子標(biāo)記挖掘方法，其特征是：所述步驟(2)是利用生物信息學(xué)分析軟件分析豬的基因組，選擇重復(fù)數(shù)高的微衛(wèi)星序列設(shè)計(jì)相應(yīng)的微衛(wèi)星引物，在微衛(wèi)星引物3'端添加選擇性堿基。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述基于豬LINE1轉(zhuǎn)座子與微衛(wèi)星引物相結(jié)合的豬基因組分子標(biāo)記挖掘方法，其特征是：所述步驟(4)篩選出條帶清晰、易于分辨、具有品種差異性的條帶進(jìn)行克隆。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述基于豬LINE1轉(zhuǎn)座子與微衛(wèi)星引物相結(jié)合的豬基因組分子標(biāo)記挖掘方法，其特征是：所述步驟(5)根據(jù)測(cè)序結(jié)果比對(duì)分析后，選取含有轉(zhuǎn)座子序列的測(cè)序結(jié)果，并依據(jù)側(cè)翼序列設(shè)計(jì)特異性引物，最終使一側(cè)引物位于LINE1插入位點(diǎn)的5’端上游或3’端下游側(cè)翼序列中，另一側(cè)引物位于LINE1的核苷酸序列中，最后獲得待驗(yàn)證分子標(biāo)記引物。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述基于豬LINE1轉(zhuǎn)座子與微衛(wèi)星引物相結(jié)合的豬基因組分子標(biāo)記挖掘方法，其特征是：所述步驟(6)利用待驗(yàn)證分子標(biāo)記引物PCR擴(kuò)增多個(gè)品種不同個(gè)體基因組樣品，選取能清晰擴(kuò)出條帶且有多態(tài)性的引物組合，獲得分子標(biāo)記。
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