[發(fā)明專(zhuān)利]檢測(cè)水稻粒形QTLqGL35.1上細(xì)長(zhǎng)粒等位基因的特異性PCR分子標(biāo)記

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201810068116.7
• 申請(qǐng)日: 2018-01-24
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN108103230B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-03-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張振華;董青;樊葉楊;莊杰云;朱玉君
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 中國(guó)水稻研究所
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 浙江杭州金通專(zhuān)利事務(wù)所有限公司 33100
• 代理人: 劉曉春

本發(fā)明提供了檢測(cè)水稻粒形QTL（quantitative trait loci,數(shù)量性狀座位）qGL35.1上珍汕97細(xì)長(zhǎng)粒等位基因的12個(gè)特異性PCR標(biāo)記，分別為Wn35243、Wn35257、Wn35376、Wn35381、Wn35386、Wn35411、Wn35424、Wn35434、Wn35472、Wn35480、Wn35485和Wn35496，特征在于其PCR引物。利用這12個(gè)標(biāo)記對(duì)水稻DNA進(jìn)行鑒定，可以檢測(cè)待測(cè)材料是否在目標(biāo)座位上轉(zhuǎn)入水稻品種珍汕97的細(xì)長(zhǎng)粒等位基因，即是否具有減小粒寬、增加粒長(zhǎng)、增加稻谷長(zhǎng)寬比的能力，整個(gè)檢測(cè)過(guò)程操作簡(jiǎn)單且準(zhǔn)確性高。

一、技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及水稻育種中的檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，特別是檢測(cè)水稻粒形QTL qGL35.1上珍汕97細(xì)長(zhǎng)粒等位基因的12個(gè)特異性PCR標(biāo)記。

二、背景技術(shù)

隨著生活水平的提高，人們對(duì)稻米品質(zhì)的要求越來(lái)越高。粒形是重要的水稻外觀品質(zhì)性狀，主要由粒長(zhǎng)、粒寬和長(zhǎng)寬比決定。通常來(lái)說(shuō)，我國(guó)南方地區(qū)喜歡食用粒寬小而粒長(zhǎng)大的稻米，即細(xì)長(zhǎng)形稻米。而且，粒寬小的稻米堊白米率和堊白度往往更低，市場(chǎng)價(jià)值更高。但是，粒寬的減小往往會(huì)帶來(lái)粒重的降低，導(dǎo)致稻米產(chǎn)量降低。這在粒形QTL上表現(xiàn)得十分明顯。目前克隆了9個(gè)控制粒寬的QTL，在其中8個(gè)上，小粒寬的等位基因會(huì)導(dǎo)致粒重降低。這給水稻粒形的改良帶了挑戰(zhàn)。選擇對(duì)粒重不具有顯著效應(yīng)的粒形QTL開(kāi)發(fā)DNA標(biāo)記，用于水稻粒形分子輔助育種，能夠有效解決這一問(wèn)題。

專(zhuān)利權(quán)人將控制水稻粒形和粒重的QTL qTGW1.2c^[1]分解為兩個(gè)新的QTL。其中，qGL35.1僅控制粒形，而對(duì)粒重?zé)o顯著作用。該QTL座位上，來(lái)自珍汕97的等位基因可以顯著減小粒寬、增大粒長(zhǎng)、增加稻谷長(zhǎng)寬比，使得水稻粒形變得細(xì)長(zhǎng)。本發(fā)明在此基礎(chǔ)上，根據(jù)水稻品種珍汕97和密陽(yáng)46的重測(cè)序結(jié)果，針對(duì)qGL35.1所在區(qū)間進(jìn)行序列比對(duì)，設(shè)計(jì)插入缺失(InDel)標(biāo)記，并從中挑選出可特異性鑒定珍汕97等位基因的標(biāo)記。本發(fā)明提供的分子標(biāo)記對(duì)水稻粒形QTL qGL35.1上珍汕97細(xì)長(zhǎng)粒等位基因的檢測(cè)具有普遍應(yīng)用價(jià)值，可以廣泛地應(yīng)用于qGL35.1細(xì)長(zhǎng)粒等位基因的轉(zhuǎn)育研究中。

三、發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明解決的技術(shù)問(wèn)題是提供了檢測(cè)qGL35.1上珍汕97細(xì)長(zhǎng)粒等位基因的特異性分子標(biāo)記12個(gè)。

本發(fā)明采用以下技術(shù)方案：根據(jù)密陽(yáng)46和珍汕97的重測(cè)序結(jié)果，對(duì)qGL35.1所在區(qū)間及其緊密連鎖區(qū)間的序列進(jìn)行比對(duì)，根據(jù)插入和缺失情況，在該區(qū)段設(shè)計(jì)了15個(gè)Indel標(biāo)記，經(jīng)實(shí)驗(yàn)室鑒定驗(yàn)證，篩選出12個(gè)在兩個(gè)品種中具有多態(tài)性的標(biāo)記。分別命名為Wn35243、Wn35257、Wn35376、Wn35381、Wn35386、Wn35411、Wn35424、Wn35434、Wn35472、Wn35480、Wn35485和Wn35496；

Wn35243的上游引物序列為5'-CCGGGATGATACATTAAACCAA-3'，所述核苷酸序列為SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列；

Wn35243的下游引物序列為5'-CAGAAATGGCCTAAATCCAC-3'，所述核苷酸序列為SEQID NO:2所示的核苷酸序列；

Wn35257的上游引物序列為5'-CACCCATATATACTGGCAAT-3'，所述核苷酸序列為SEQID NO:3所示的核苷酸序列；

Wn35257的下游引物序列為5'-CCCTTCCGAAATAACCCAA-3'，所述核苷酸序列為SEQID NO:4所示的核苷酸序列；

Wn35376的上游引物序列為5'-CCACATAAAGCCCAAACCAA-3'，所述核苷酸序列為SEQID NO:5所示的核苷酸序列；

Wn35376的下游引物序列為5'-TTTACATAATTAATACGGGATTGC-3'，所述核苷酸序列為SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列；