[發(fā)明專利]一種水稻抗倒伏基因的SNP標記及其應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201810060028.2
• 申請日: 2018-01-22
• 公開（公告）號: CN108048458B
• 公開（公告）日: 2020-11-13
• 發(fā)明（設計）人: 姚文元;彭佩;李文博;吳云天;鄭秀婷
• 申請（專利權）人: 華智生物技術有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6895;C12Q1/6858
• 代理公司: 北京市中聯(lián)創(chuàng)和知識產(chǎn)權代理有限公司 11364
• 代理人: 謝威;康秀敏

1.一組應用于水稻抗倒伏基因SCM3檢測的SNP分子標記的引物組，其特征在于：所述分子標記為K_030531、K_030532和K_030533，其中，K_030531的多態(tài)性堿基為C或T，K_030532的多態(tài)性堿基為T或C，K_030533的多態(tài)性堿基為C或G；

所述K_030531位于水稻參考基因組MSU7.0第3染色體上第28428063位堿基處；所述K_030532位于水稻參考基因組MSU7.0第3染色體上第28428410位堿基處；所述K_030533位于水稻參考基因組MSU7.0第3染色體上第28428721位堿基處；

用于檢測所述SNP分子標記的引物組包括，

用于檢測分子標記K_030531的引物組，

其特異性引物序列為：

Primer Seq Allele X：TCCTCTGAACCCTACTCGACA

Primer Seq Allele Y：CTCTGAACCCTACTCGACG

通用引物序列為：

TGTATGTTGATGTTGATGAGCT；

用于檢測分子標記K_030532的引物組，

其特異性引物序列為：

Primer Seq Allele X：CTTTGCCTTGTATTCTCCTCC

Primer Seq Allele Y：CTTTGCCTTGTATTCTCCTCT

通用引物序列為：

TGGTCATCGATCAGTCATCA；

和用于檢測分子標記K_030533的引物組，

其特異性引物序列為：

Primer Seq Allele X：AGGAGTAGAACACACACACAG

Primer Seq Allele Y：AGGAGTAGAACACACACACAC

通用引物序列為：

ACTCCACATGAGCCCATGCT。

2.根據(jù)權利要求1所述的分子標記的引物組，其特征在于：特異性引物分別連接不同的熒光接頭序列。

3.根據(jù)權利要求2所述的分子標記的引物組，其特征在于：所述熒光接頭序列為FAM或HEX熒光接頭序列。

4.一種水稻抗倒伏基因SCM3的檢測方法，檢測方法包括如下步驟：

S1、提取水稻樣品基因組DNA；

S2、以水稻基因組DNA為模板，采用如權利要求1所述的引物組對K_030531、K_030532、K_030533這三種SNP分子標記進行檢測；

S3、若三組引物均只檢測到引物Primer Y所對應的堿基，則判斷水稻樣品為純和的SCM3基因型，表現(xiàn)為抗倒伏；若三組引物未同時檢測到引物Primer Y所對應的堿基，則判斷水稻樣品為純和的scm3基因型，表現(xiàn)為非抗倒伏；若三組引物同時檢測到Primer X、PrimerY所對應的堿基，則判斷水稻樣品為雜和的SCM3基因型。

5.根據(jù)權利要求4所述的檢測方法，其特征在于：S2中，利用如權利要求1所述的引物組進行KASP反應檢測，其中，每組引物中不同特異性引物分別連接不同的熒光接頭序列。

6.根據(jù)權利要求5所述的檢測方法，其特征在于：特異性引物5’端連接FAM或HEX熒光接頭序列。

7.權利要求1所述的引物組在水稻抗倒伏育種中的應用。

8.一種檢測SCM3基因SNP分子標記的試劑盒，所述試劑盒包括如權利要求1所述的引物組。