[發明專利]一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法

有效

• 申請號: 201810046831.0
• 申請日: 2018-01-18
• 公開（公告）號: CN108387561B
• 公開（公告）日: 2019-08-09
• 發明（設計）人: 楊成;宋彩僑;孫迎迎
• 申請（專利權）人: 大連理工大學
• 主分類號: G01N21/64
• 分類號: G01N21/64
• 代理公司: 大連理工大學專利中心 21200
• 代理人: 李曉亮;潘迅

1.一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于以下步驟：

(1)將已獲得長鏈核酸適配體作為候選核酸適配體，分成若干個含有G堿基的段，其中每一個段至少含有一個G堿基；

(2)對第一步得到的若干個含有G堿基的段分別設計互補序列，使得互補序列的3’端的對位有G堿基；

(3)根據核酸適配體與靶標分子的結合能力，設計合適的互補短鏈的長度，并對互補短鏈進行熒光素標記；

(4)室溫下，將核酸適配體與靶標分子在結合溶液中反應5-30分鐘后，加入熒光素標記的互補短鏈，根據熒光強度判斷各個區域對結合的影響，判斷結合區域；所述的結合溶液包括溶劑和溶質，其中，溶劑為水；溶質包括NaCl，鈣離子或鎂離子，Tris-HCl緩沖溶液，表面活性劑；

(5)以與中心結合區域互補的探針為指示，通過截短、分割手段獲得能與靶標分子結合的最短核酸序列，作為解析序列；所述的解析序列的長度范圍根據候選核酸適配體的不同進行調整。

2.根據權利要求1所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(1)所述的候選核酸適配體為一種序列或多種序列，包括60-100個堿基。

3.根據權利要求1或2所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(3)所述的互補短鏈長度為8-15個堿基。

4.根據權利要求1或2所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(5)所述的解析序列的長度為14-45個堿基。

5.根據權利要求3所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(5)所述的解析序列的長度為14-45個堿基。

6.根據權利要求1或2或5所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(4)所述的結合溶液中NaCl的濃度為80-200nM；鈣離子或者鎂離子的濃度為1-30mM；Tris-HCl緩沖溶液的濃度為10-30mM，pH為5-10；表面活性劑為Tween20，其質量分數為0.01％-0.2％。

7.根據權利要求3所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(4)所述的結合溶液中NaCl的濃度為80-200nM；鈣離子或者鎂離子的濃度為1-30mM；Tris-HCl緩沖溶液的濃度為10-30mM，pH為5-10；表面活性劑為Tween20，其質量分數為0.01％-0.2％。

8.根據權利要求4所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(4)所述的結合溶液中NaCl的濃度為80-200nM；鈣離子或者鎂離子的濃度為1-30mM；Tris-HCl緩沖溶液的濃度為10-30mM，pH為5-10；表面活性劑為Tween20，其質量分數為0.01％-0.2％。

9.根據權利要求1或2或5或7或8所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(3)所述的靶標為小分子、大分子、細胞及病原體。

10.根據權利要求6所述的一種基于堿基淬滅熒光原理實現低成本高通量核酸適配體最優序列的優化方法，其特征在于，步驟(3)所述的靶標為小分子、大分子、細胞及病原體。